בחודש ספטמבר 2006 נערכה חפירת הצלה ברמת ישי (הרשאה מס' 4895-A; נ"צ 216165-230/734600-57), לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת יסודות העמק בע"מ, נוהלה על ידי ב' חנא, בסיוע י' יעקובי (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות ושרטוט), ה' סמיטליין (צילום) וע' שטרן (כלי חרס).
החפירה נערכה סמוך לח'אן מן התקופה העות'מאנית, על המדרון המערבי של הגבעה שעליה בנוי החלק הוותיק של רמת ישי (איור 1). בסביבה נערכו בעבר חפירות (חדשות ארכיאולוגיות 117; חדשות ארכיאולוגיות 119; חדשות ארכיאולוגיות 120; חדשות ארכיאולוגיות 122), ובהן נחשפו שרידים מן התקופות הרומית, הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית, הממלוכית והעות'מאנית. בסקר שנערך בעבר תועדו בקרבת מקום חורבות יישוב גדול וחרסים למן התקופה הרומית ועד לתקופה העות'מאנית (מפת נהלל [28], אתר 48).
נחפרו שני ריבועים (1, 2; איורים 2, 3), המרוחקים כ-20 מ' זה מזה. בריבוע 1 נחשפה מחצבה מהתקופה הרומית (שכבה VII) ובריבוע 2 נחשפו שרידי בנייה מהתקופות האומיית (שכבה V) והעבאסית (שכבה IV) ובורות אשפה מהתקופה הממלוכית (שכבה II).
שכבה VII (התקופה הרומית). בריבוע 1 נחשף חלק ממחצבה לאבני גזית (0.2–0.6×0.5–1.0×0.8–1.0 מ' מידות האבנים). ניכרים היטב סימנים של אבנים שנחצבו והוצאו ממקומן. לאחר שהמחצבה יצאה משימוש היא התמלאה בפסולת סיתות ואדמת סחף; מילוי זה הכיל חרסים המתוארכים לתקופה הרומית.
שכבה V (התקופה האומיית). בריבוע 2 נחשפו שרידי קיר ורצפה (L110 ,W11; איורים 3, 4). הקיר (1.8 מ' אורך חשיפה, 0.54 מ' גובה השתמרות מרבי) נבנה בניית גזית מאבני גיר בציר צפון–דרום. הוא הושתת על שכבת מילוי שכללה חרסים מהתקופות הרומית, הביזנטית והאומיית. אל הקיר ניגשת ממזרח הרצפה, העשויה מחומר לבנים, אפר, אבנים קטנות וחרסים מהודקים מהתקופה האומיית.
שכבה IV (התקופה העבאסית). בריבוע 2 נחשפו שני קירות מקבילים וביניהם רצפה
(L105 ,W12 ,W10; איורים 3, 5). שני הקירות (כ-0.35 מ' רוחב כל אחד, 0.9 מ' גובה השתמרות מרבי) נבנו באבני גזית מגיר. הרצפה נבנתה מאבני גוויל וגיר כתוש. הקירות והרצפה הושתתו על מילוי של אדמה ואבנים קטנות, שהכיל חרסים מן התקופות הביזנטית, האומיית והעבאסית. על הרצפה נחשפה שכבת אדמה שהכילה חרסים מהתקופה העבאסית.
שכבה II (התקופה הממלוכית). בריבוע 2 נחשפו חלקית שני בורות אשפה (כ-2.3 מ' קוטר כל אחד), שנחפרו לתוך שכבות IV ו-V. הבורות היו מלאים בשכבות פסולת של אדמה, אבנים קטנות, אפר וחרסים מהתקופות הרומית, האומיית, העבאסית והממלוכית.