שטח A (איור 4), בחלק העליון של החורבה ובמרכז האתר, נחפר בשטח מצומצם של חמישה ריבועים בעונת 2011. נמצאו עדויות לשלוש תקופות יישוב: ביזנטית (המאות הד'–הו' לסה"נ), רומית (המאה הא' לסה"נ) וברזל 2א' (המאה הי' לפסה"נ). יש לציין כי לא נמצאו כלל עדויות לתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה המיוצגת בשרידים מרשימים מאוד בשאר שטחי החפירה. השכבה הביזנטית כוללת שרידי חווה מבוצרת או חאן דרכים ונמצאו בה שני שלבי בנייה. בשלב הראשון הבנייה מוקפדת ונאה ואילו בשלב השני היא ירודה למדי. מהשלב של התקופה הרומית נמצא מתקן עגול ומתקן תת-קרקעי מטויח (מקווה?).

השרידים של תקופת הברזל ניזוקו מאוד בפעילויות הבנייה של התקופות המאוחרות. הם כוללים שרידי קירות מסיביים, שעוביים כפול מקירות המבנים בני התקופה שהתגלו בשטחים האחרים. נראה שהמבנים היו גדולים למדיי ואולי בני כמה קומות. מיקומם של שרידים מסיביים במרכז האתר, בנקודה הגבוהה ביותר, מעידה כי אלו מבני המינהל של היישוב. כמויות גדולות של חרסים מתקופת הברזל 2א' נמצאו בשטח זה, אך לא שברי כלים שלמים באתרם. ממצא מיוחד הוא ראש צלמית אדם מחרס, המעוצב בקפידה.
 
שטח B, במערב האתר, מצפון לשער המערבי, נחפר בהיקף נרחב בעונות 2007–2009 ונבדק בצמצום בעונת 2010 להשלמת החפירה במקומות שחקירתם לא הושלמה בעונות הקודמות. מהתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה נחפר רחוב שבשלב ראשון הוביל אל שער שנבנה על גבי השער של תקופת הברזל (איור 5). בשלב מאוחר נסתם השער וברחוב הלניסטי נבנה מתקן עגול גדול שהוציא את הרחוב מכלל שימוש.
נחפר בשלמותו חדר מלבני מתקופת הברזל, סמוך לשער, ונמצא בו טבון גדול. באחד ממבני המגורים נחשפה תעלת ניקוז שנחצבה בסלע האם במפלס הרצפה. 
 
בשטח C, בדרום-מזרח האתר, התמקדה עיקר החפירה בשתי העונות (כ-1000 מ"ר). בשכבה העליונה שרידי קיר טרסה ומילויים של אדמה וכמות גדולה של חצצי אבן שנמצא בהם מטבע מראשית התקופה האסלאמית. נראה כי לאחר נטישת המבנה הגדול מהתקופה הביזנטית בראש האתר הפך המקום לשטח חקלאי. בתקופה הביזנטית, בהמשך למצב בתקופה הפרסית המאוחרת והתקופה ההלניסטית הקדומה, נפרץ באזור זה פתח המוליך מהאתר אל עמק האלה. הפתח הרס את הסוגר הרביעי של חומת הסוגרים מתקופת הברזל. 
בשכבה המתוארכת לשלהי התקופה הפרסית ולראשית התקופה ההלניסטית (שכבה III) נבנה על גבי השער של תקופת הברזל ורחבת השער הצמודה לו ממערב מבנה גדול (700 מ"ר). בוני המבנה ניקו ביסודיות את השער הקדום, הרסו שלוש מאומנות השער וחילקו אותו לחדרים קטנים. נמצאו טבונים, ממגורות ואמבט ישיבה מטיח. שרידי מבנים קטנים יותר נמצאו ממזרח למבנה הגדול, במצב השתמרות גרוע, ולא ניתן לעמוד על תוכניות מבנים שלמים, אלא קטעי קירות בלבד. בתקופה זו נחפר במלואו כל החדר של תקופת הברזל הצמוד לסוגר השמיני ממזרח לשער, ונמצאה בו רצפת טיח ומספר גדול של מטבעות וחצים. זהו כנראה מרתף של מבנה הלניסטי שחדר עד סלע האם. השכבה ניטשה באופן מסודר, ועל רצפות החדרים נמצאו שברי כלי חרס מעטים ושברי כלי אבן.
מתקופת הברזל נחשף בשלמות שער עיר שני, שמידותיו דומות לאלה של שער שטח B. גם בשער זה נמצאה תעלת ניקוז. צמוד לשער מצפון וממערב נותר שטח פתוח ששימש רחבה גדולה ('רחוב השער') לאורך שלושה סוגרים (איור 6). רחבת השער תחומה בדרום בשער ובחומה, במזרח ובמערב במבנה מגורים, ובצפון בקיר אבן מסיבי שיש בו פתח (כ-2 מ' רוחב). הקירות הסוגרים על הרחבה מארבעת צדדיה מעידים כי הכניסה לעיר הייתה מתוכננת כך שתנועת האנשים בתוך היישוב הייתה מוגבלת.  
ממזרח לשער נחפרה חומת הסוגרים של היישוב. נחשפו במלואם תשעה סוגרים וחלק מהסוגר העשירי. בעונת 2010 נחפר רק חלקם המזרחי של המבנים הצמודים לחומת הסוגרים והתקבל דגם שבו לכל בית סוגר אחד. בעונת 2011 בחפירת חלקם המערבי של מבנים אלו התברר כי המבנים גדולים יותר וכוללים למעשה שניים עד שלושה סוגרים לכל בית (איור 7). המבנים מחולקים לכמה יחידות נפרדות ונראה ששימשו למגורי משפחה מורחבת שכללה שלוש עד ארבע משפחות גרעיניות. חדר אחד יוצא דופן וכולל שלושה עמודי אבן מסיביים ושני אבוסים, כנראה שימש אורווה קטנה. בשטח זה נמצא גם חדר פולחן שכלל ספסל אבן, שתי מצבות אבן (איורים 8, 9), מזבח בזלת מגולף, אגן אבן וכלי נסך מחרס המורכב משני גביעים צמודים ומחוברים זה לזה. כן נמצאו בחדר חרפושית וחותם קוני. 
כל המבנים חרבו בפתאומיות ועל הרצפות נמצאו מאות כלי חרס מרוסקים, עשרות כלי אבן ועשרות כלי מתכת. הסדימנט משכבת החורבן נופה במלואו (2 מ"מ גודל הרשת) והתקבל מדגם יפה של ממצא קטן ומיוחד שכלל חרפושיות מצריות, חותם קוני וחרוזים. ממצא מיוחד אחר הם שברים של שני כלי אבן מאלבסטר ושתי פכיות קיפריות.
ממערב לשער נחפרה חומת הסוגרים לאורך חמישה סוגרים נוספים. שלושת הסוגרים הצמודים לשער עמדו חופשיים, ללא מבני מגורים. לסוגרים הרביעי והחמישי הוצמדו מבנים. גם בחדרים הצמודים לסוגרים, בבית הראשון לאחר רחבת השער, נתגלתה שכבת חורבן עשירה בכלי חרס, כלי אבן וממצאים קטנים. ממצאים מיוחדים הם מגוון חפצי פולחן, בהם שני דגמי מקדש, אחד מגולף באבן ושני עשוי חרס ומעוטר בעיטור פלסטי הכולל פתח בן שני עמודים ושני אריות, אחד מכל צד.
היבט נוסף שנחקר בעונת 2011 הן העדויות הרבות לחציבת הסלעים שמהם נבנתה חומת העיר של תקופת הברזל. מחשופי אבן ובהם שרידי מחצבות תועדו בפירוט וניתן ללמוד מהם על שיטות החציבה.
השכבה של תקופת הברזל נבנתה על גבי סלע האם. נראה כי בעת הבנייה נהרסו לחלוטין שרידים משתי תקופות קדומות, המוכרות בעיקר מן החרסים. הקדומה היא התקופה הכלקוליתית המאוחרת שממנה נמצאו שברי בזיכים, קדרות גדולות, שבר קובעת בזלת ושבר ראש אלה מהמטיט. השכבה השנייה, מתקופת הברונזה התיכונה, מתאפיינת בסירי בישול ישרי דופן המעוטרים ליד השפה בעיטור חבל מודבק ושורה של נקבים קטנים.
 
שטח D, במערב האתר, מדרום לשער הוא המשכו של שטח B. נתגלו ממצאים משלוש תקופות עיקריות. מן התקופות הביזנטית והאסלאמית לא נתגלו שרידי בנייה של ממש אלא שימוש במערה טבעית (איור 10).
בתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה נבנה מבנה רחב מידות (כ-700 מ"ר) שבו שלוש יחידות צמודות זו לזו. בכל אחת משתי היחידות הצפוניות חצר גדולה וחדרים אחדים סביבה. נמצאו טבונים רבים, שתי אמבטיות ישיבה מטיח וממגורות גדולות. בצד המערבי נבנה לכל יחידה פרוזדור ארוך הצמוד לחומת הסוגרים של תקופת הברזל. לעתים שולבו הסוגרים הקדומים במבנה המאוחר ולעתים נסתמו ולא השתמשו בהם שוב. בחלק מהסוגרים נמצאה רצפה ברזלית ועליה כלים מתחת למפלס ההלניסטי. היחידה השלישית, בדרום, היא בית בד שנמצאו בו יותר מ-1600 חרצני זיתים, מתקן סחיטה, ארבע משקולות אבן בשורה וארבע משקולות נוספות, חלקן בשימוש משני בקירות. המבנה של שטח D מצטיין בכמות גדולה במיוחד של מטבעות, שברי כלי חרס אטיים מיבואים מיוון ושבר כלי אבן מצפחה. נראה שהיה זה מבנה המינהל הראשי של האתר, שהיה ממוקם ליד שער הכניסה. כמו בשטח C, גם כאן הובהר כי המקום ניטש באופן מסודר שכן לא נמצאו על הרצפות ריכוזי כלי חרס לרפאות או כלי אבן שלמים באתרם.
בתקופת הברזל היה כל החלק הצפוני של שטח D, במקביל לארבעת הסוגרים הראשונים מדרום לשער, רחבת שער פתוחה ולא נתגלו בו מבני מגורים. הבניין הראשון בשטח זה מתקופת הברזל נבנה צמוד לסוגר החמישי. רחבת השער השתרעה על פני ארבעה סוגרים (לעומת רחבת השער בדרום שהשתרעה על פני שלושה סוגרים). נראה כי הצד המזרחי של רחבת השער היה תחום בקיר ששרידיו נמצאו מתחת לקיר הסוגר של המבנה המאוחר. מדרום לרחבת השער נמצאו קירות וחדרים של שני מבנים הצמודים לחומת הסוגרים. המבנה הצפוני נפגע קשות כאשר נבנה מעליו בית בד בתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה. למבנה הדרומי, הנמשך אל מעבר לשטח הבנוי, כמה חדרים גדולים. בולט בייחודו הארכיטקטוני חדר גדול הצמוד לסוגר החומה שלו פתח כניסה מודגש בעמוד אבן גדול וכן הותקנה בו רצפת חלוקי נחל מחוזקים בטיח. על הרצפה שהשתמרה רק בחלק הצפוני של החדר נמצאו באתרם קנקני חרס שעונים על קיר המבנה וקדרה מרובת ידיות.  
 
בשטח E, במרכז החלק המזרחי של האתר, נחפרו שני ריבועים בכוונה לבדוק את תוכנית האתר ואת דגם בניית הסוגרים והבתים. בחלק העליון נמצאו שרידים מהתקופה הפרסית המאוחרת–ההלניסטית הקדומה ומתחתם ממצאים מתקופת הברזל (איור 11).
 
טבלה 1: רצף התקופות בח' קיאפה
שכבה
תקופה
אופי הממצא
אופי הישוב
I
עות'מאני?
שני מבנים חרבים, שביל, גדר המקיפה כ-160 דונם סביב האתר
חווה
II
א. אסלאמי קדום
מטבעות, כלי חרס
שטח חקלאי
ב. ביזנטי
מבנה גדול בראש האתר
חאן או מצודה
ג. רומי מאוחר
מטבעות
שטח חקלאי
ד. רומי קדום
מטבעות, כלי חרס
שטח חקלאי
ה. חשמונאי
מטבעות
שטח חקלאי
III
פרסית מאוחרת–הלניסטית קדומה
קיר היקפי, שער, מבני מגורים, ממגורות, מטבעות, כלי חרס
מרכז מינהל?
IV
ברזל 2א'
חומת סוגרים, שני שערים, מבני מגורים, שכבת חורבן
עיר מבוצרת
V
ברונזה תיכונה 2
חרסים
כפר קטן?
VI
כלקולית מאוחר
חרסים, כלי צור ובזלת, ראש אלה
כפר קטן?
 
 
בח' קיאפה נחשפו שלוש שכבות יישוב עיקריות. השכבה העליונה מן המאות הד'–הו' לסה"נ כללה מבנה גדול בראש האתר, אולי מצודה או חאן דרכים.
בשכבה האמצעית, שלהי התקופה הפרסית וראשית התקופה ההלניסטית (350–270 לפסה"נ) נחשפו בשלמות שני מבנים גדולים, בשטח C ובשטח D וכן שרידי קירות דקים של מבנים קטנים בשטחים B ו-C. בראש האתר בשטח A לא נמצאה כלל פעילות בנייה הלניסטית. בשכבה זו נעשה שימוש רב בקירות ובחדרים מתקופת הברזל. בעת הקמת היישוב השתמשו מחדש בשער המערבי של תקופת הברזל, אך פתח הכניסה הוצר לכ-2 מ' בלבד. בשלב מאוחר נסתם הפתח ובמקומו נפרץ פתח בצד המזרחי של האתר, באזור הסוגר הרביעי ממזרח לשער של שטח C. השינוי בדרכי הגישה לאתר מעיד על שינוי באוריינטציה. היישוב בתקופה זו התרכז ברצועה צרה בלבד. שכבה זו מתאפיינת במכלול עשיר של מטבעות, חלקם נדירים מאוד. נראה שזהו מרכז מינהל ששלט על צומת הדרכים בעמק האלה וניטש בימי תלמי השני באופן מסודר – התושבים לקחו את רכושם וסתמו בשיטתיות פתחי חדרים ומבנים.
השכבה התחתונה, מתקופת הברזל 2א', מתוארכת לשלהי המאה הי"א–תחילת המאה הי' לפסה"נ. עד כה נחשפו ממנה שני שערים, שתי רחבות שער, 28 סוגרים (20 במלואם), 10 מבני מגורים ושרידי מבנים מינהליים בראש האתר. בכל שטח נמצאו כמויות גדולות במיוחד של ממצאים על רצפות הבתים, הכוללים מאות כלי חרס המתאימים לרפאות, מאות כלי אבן, עשרות כלי מתכת וממצא קטן. ברור ששכבה זו נהרסה במפתיע. נמצאו עדויות רבות לפעילות פולחנית, הכוללות מצבות, חדר פולחן, דגמי מקדשים (שניים מחרס ואחד מאבן) וצלמית.
לעיר של תקופת הברזל ממצאים אדריכליים וחומריים מרשימים:
1. תכנון עירוני בדגם האופייני לממלכת יהודה ומוכר גם באתרים: בית שמש, תל נצבה, תל בית מרסים ובאר שבע, שבכולם נבנתה חומת סוגרים ובתי העיר הצמודים אליה משלבים את הסוגר כאחד מחדרי הבית. דגם זה אינו מוכר באף אתר כנעני, פלשתי, או בממלכת ישראל.
2. ביצור מסיבי של האתר ושימוש באבנים שמשקלן מגיע עד 8 טון.
3. שני שערים. עד היום לא נמצאו בתקופת הברזל בישראל או ביהודה ערים שבהן שני שערים.
4. ליד כל שער הושאר שטח פתוח לרחבת שער. בשטח C הושאר שטח המקביל לשלושה סוגרים ובשטח D שטח המקביל לארבעה.
5. בתי העיר נבנו בצפיפות רבה והבתים נושקים זה לזה.
6. נמצאו כ-500 ידיות קנקנים הנושאים טביעת אצבע אחת ולעתים גם שתים או שלוש טביעות. סימון ידיות קנקנים אופייני לממלכת יהודה ונראה כי החל כבר בתחילת תקופת הברזל 2א'.
7. נמצא שפע של כלי ברונזה וברזל. מברזל נמצאו שלוש חרבות, כ-20 פיגיונות, ראשי חצים ושני ראשי חנית. מברונזה נמצאו גרזן, ראשי חץ, טבעות וקערה קטנה.
8. מסחר וחפצי יבוא. נמצאו כלי חרס מטיפוס 'כלי אשדוד' שיובאו ממישור החוף, כלי בזלת שיובאו ממרחק של יותר מ-100 ק"מ, פכיות חרס מקפריסין ושני כלי אלבסטר ממצרים.    
 
ח' קיאפה מעידה בוודאות על חברה עירונית ביהודה כבר בשלהי המאה הי"א לפסה"נ. שוב לא ניתן לטעון כי ממלכת יהודה התפתחה רק בשלהי המאה הח' לפסה"נ, או כל תאריך מאוחר אחר.