בחודשים פברואר-מרס 2004 נערכה חפירת הצלה מצפון-מערב לח' מידיה לקראת הקמת גדר ההפרדה (רשיון מס' 285/2004-B; נ"צ — רי"ח 200141-550/649682-650050; רי"י 150141-550/149682-150050). החפירה, מטעם המכון לארכיאולוגיה על שם סוניה ומרקו נדלר באוניברסיטת תל אביב והעמותה הישראלית לארכיאולוגיה, ובמימון משרד הביטחון, נוהלה על ידי י' פז וא' נתיב. כן השתתפו בחפירה ש' דיבון (ניהול שטח), וד' פורוצקי (שרטוט ומדידות).
החפירה נערכה בשולי שלוחת גיר מתונה שבראשה הכפר אל-מידיה. כדי לעמוד על אופי השרידים שולבו בחפירה כלים מכניים על פני שטח של כ-120 דונם. החפירה הופסקה בהוראת היזם ולפיכך המידע העולה ממנה חלקי בלבד. נחפרו עשרים וחמישה ריבועים ושמונה מתקנים (איור 1). למעט שני ריבועים בקצה הדרומי-מערבי של השטח שבהם נחשף מכלול ארכיטקטוני המתוארך לתקופת הברונזה הקדומה 1ב' (ריבועים B1/a ו-B1/b), בשאר הריבועים נמצאה קרמיקה מעורבת ללא הקשר ברור אשר רובה תוארך לתקופות הכלקוליתית, הברונזה הקדומה, הברונזה התיכונה והביזנטית.
במכלול הברונזה הקדומה 1ב' שני קירות מקבילים שהשתמרו לגובה מרבי של שני נדבכים. הקירות שכיוונם צפון–דרום הושתתו ישירות על גבי הסלע. לא ברור אם שני הקירות שייכים למבנה אחד או לשני מבנים סמוכים. לצד הקירות, על רצפת המכלול, נמצא מפלס אבנים לא אחיד, ככל נראה מפולת וכן שברי כלי חרס רבים ובסיסו של קנקן שלם אשר הושקע לתוך הרצפה סמוך לקיר W714 (איור 2).
בשטחי החפירה האחרים נמצאו ריכוזים אקראיים של קרמיקה מעורבת על פני הסלע ומגוון מיתקנים וחציבות. נמנו שבעה פירים, ארבעה פתחי מערות, גת אחת ושלושה מיתקנים חצובים שמהותם אינה ברורה.
רק פיר אחד נחפר במלואו (לוקוס 112). הפיר חצוב (1 מ' קוטר, 1.5 מ' עומק), מתרחב בקצהו ומוביל לבור דמוי פעמון (כ-2.5 מ' עומק) שתחתיתו מרחב סגלגל (1.2 × 1.5 מ'). בשני פירים נוספים שנחפרו לא הושלמה העבודה (לוקוס 512, כ-0.9 מ' קוטר, כ-1.7 מ' עומק חפירה ולוקוס 513, כ-0.7 מ' קוטר, 1.5 מ' עומק חפירה). בכל הפירים לוקטה קרמיקה מעורבת שמקורה ככל הנראה מסחף.
נחפר פתחה של אחת מארבע המערות (לוקוס 514, כ-1.2 מ' קוטר) המוביל כנראה לחלל תת-קרקעי.
מן החפירה עולה כי ח' מידיה היתה מוקד פעילות בעיקר בתקופות הכלקוליתית, הברונזה הקדומה 1, הברונזה התיכונה והביזנטית. אולם, למעט שרידי המבנה מתקופת הברונזה הקדומה 1ב' המרמזים על מגורים, לא ניתן לאפיין את הפעילות האנושית באתר בתקופות אלה.