באתר מתחם רבוע (100×100 מ') מוקף בגדרה, בתוכה שרידי מבנה מרכזי ולידו פיר כניסה למערת קבורה. בקרבת המבנה מתקנים חקלאיים חצובים, בהם גת ובית בד שאגן הריסוק שלו השתמר באתרו. קירות תמך מסיביים בנויים במורדות הדרומיים והמזרחיים של האתר, מערות ובורות מים חצובים בעיקר במורדות הצפוניים, פריטים אדריכליים בהם אבני גזית, משקופי אבן, ספים, מזוזות וחלקי חוליות אבן של תעלת מים פזורים בכל האתר, וסלע האם חשוף בחלקים נרחבים ממנו. בתקופה העות'מאנית הייתה באתר עִזְבֶּה והמערות שימשו מכלאות צאן. חלק מאבני הבנייה שולבו בעִזְבֶּה בשימוש משני.

התיעוד בעקבות השוד כולל את שרידי המבנה המרכזי, שני משקופי אבן מעוטרים בצלב ומערת קבורה עם מקמרים שנמצאת תחת המבנה.
 
המבנה המרכזי
במרכז האתר מבנה (12.0×25.5 מ'; איור 1) בנוי מאבני גזית גדולות (עד 1 מ' אורך, 0.5–0.7 מ' גובה). בכמה מקומות השתמרו הקירות לגובה שני נדבכים (עד 1.5 מ'). המבנה מחולק לשלושה מרחבים – חצר ושני אולמות.
האולם הדרומי-מזרחי (7×12 מ'; 0.5–0.6 מ' רוחב הקירות) מחולק בקיר לשני מרחבים שהיחס ביניהם הוא 2:1. מזוזות הפתח שבין שני חלקי האולם השתמרו באתרן. מתחת לפינה הצפונית של האולם התגלתה מערת קבורה (להלן). בקיר הצפוני-מערבי של האולם נמצא פתח המקשר בינו ובין החצר המרכזית; סף הפתח (2.5 מ' רוחב) השתמר באתרו.
החצר המרכזית (11×12 מ') מוקפת בקירות מכל צדדיה. הפינה הצפונית מסיבית במיוחד ובנויה מאבנים שאורכן מטר אחד. אין בתוך החצר שרידי בנייה שאפשר לתאר ללא חפירה. בחצר פזורים פריטים אדריכלים ובהם חלקי חוליות צינור מאבן (איור 2) ושבר משקוף (0.47×1.06 מ', 0.68 מ' עובי; איור 3) מעוטר בצלב החקוק בתוך עיגול
(0.46 מ' קוטר). המרחק בין העיגול לקצה השלם של המשקוף הוא 0.5 מ' ועל פי זה אפשר לשחזר את אורך המשקוף ל-1.46 מ'. המשקוף עמד חשוף לפגעי הזמן בחלק הדרומי של החצר, והשתמרות העיטור אינה טובה.
10 מ' מדרום-מערב לחצר נמצא משקוף אבן נוסף (0.68×1.75 מ', 0.42 מ' עובי; איור 4), עשוי מאבן גיר קשה, מעוטר בצלב בתוך עיגול (0.46 מ' קוטר, 0.65 מ' מרחק מקצות המשקוף). בצדו התחתון נחצבה מגרעת להתקנתו.
באולם הצפוני-מערבי (7.5×12.0 מ') יש עדויות לחלוקה פנימית, אך לא ברור כיצד היא נעשתה. הקיר המפריד בין האולם לחצר אינו נראה בפינה המזרחית של האולם, וסביר שהיה שם פתח (2.5 מ' רוחב משוער) שקישר בין החצר לאולם. צמוד לקיר הדרומי-מערבי של האולם נמצאת מזוזה באתרה. בפינה הצפונית של האולם נעשתה חפירת שוד ונחשף קיר (3.4 מ' אורך, 1.9 מ' גובה) ובו מזוזה. בחלקו התחתון יש נדבך יסוד הבנוי אבני גוויל ובולט כ-10 ס"מ מרוחב הקיר. חפירות השוד חשפו את עצמת ההשתמרות של הקירות באולם. סמוך לקיר ולמזוזה נמצא משקוף אבן (0.7×1.6 מ') ובו מגרעת. חלקי הקירות, המזוזות והמשקוף שנמצאו באולם מעידים על חלוקתו לשני מרחבים לפחות.
 
סמוך לפינתו המערבית של המבנה ניגש קיר (5.7 מ' אורך) הבנוי אמנם בכיוון דומה לכיוון המבנה, אך אינו ממשיך אף אחד מהקירות, ומשולבות בו אבני גזית בשימוש משני.ניכר כי הוא מאוחר למבנה.
מחוץ לאולם, במרחק 1.5 מ' מהפינה הצפונית-מזרחית שלו, אותרה כניסה לחלל תת-קרקעי, אולי מאגר מים, וכ-0.5 מ' מהקיר הצפוני-מזרחי נמצא פיר כניסה למערת קבורה (להלן).
 
מערת קבורה – קריפטה(?)
פיר מרובע ( 1.15 מ' אורך, 1.1 מ' רוחב, 0.9 מ' גובה; איור 5: חתך 2–2) יורד מפני השטח אל פתח מערת קבורה. שלוש מדופנותיו בנויות משלושה נדבכים של אבני גזית (1.10×1.15 מ' גודל האבנים). הדופן הדרומית-מערבית חצובה בסלע, ובחלקה התחתון חצוב פתח טרפזי (0.6–0.7 מ' רוחב, 0.5 מ' גובה; איור 5: חתך 11) שדרכו נכנסים למערה. בתחתית הפיר חצובה מדרגה (0.3 מ' רוחב) היורדת אל הכניסה למערה. את אבן הסגירה עקרו ככל הנראה שודדי עתיקות, והיא נמצאה מונחת על צדה בתחתית הפיר. ניכר שבעת העתיקה נפגעה המערה מחציבה שפגמה בתוכניתה, ולאחרונה משוד עתיקות.
פתח הכניסה מוביל לחדר קבורה רבוע (3×3 מ'; איור 6), ורצפתו נמוכה כ-2 מ' מסף הכניסה. משלושת צדיו נחצבו מקמרים (כ-0.8×1.8 מ') היוצרים יחד עם החלל המרכזי תוכנית דמוית צלב (3.2×4.7 מ'; ר' איור 5). במקמרים לא היו משכבים. קירות המערה טויחו בשלוש שכבות טיח אפור על תשתית שברי כלי חרס קטנים. על גבי הטיח שמצפה את קירות המערה אפשר להבחין בעדויות מועטות לצבע דהוי בגוני אדום ושחור. על רצפת המערה הצטברה שכבת סחף.
הפינה הדרומית-מערבית של חדר הקבורה נפגעה מחציבה ולכן למקמרים הסמוכים לה חסרה אחת הדפנות. מפינה זו יוצא מסדרון מעבר (איור 7), קיר אחד שלו חצוב בסלע, והקיר השני (כ-1 מ' אורך) בנוי מאבני גוויל. הקיר הבנוי נועד כנראה לסתום פרצה או לתמוך בתקרת הסלע של המערה. שפך רב שנמצא במסדרון אינו מאפשר מעבר, וללא חפירה אי אפשר לדעת להיכן מתחבר המסדרון, אך על פי תוכנית המערה סביר שהוא נחצב במערה מלכתחילה, והוביל לחדר נוסף מדרום לחדר הקבורה החשוף. השערה זו מבוססת על הרווח הגדול יחסית (כ-0.9 מ') בין קצות המקמרים לפינות החדר ועל החציבה הישרה של הקיר הדרומי של המסדרון, שאינה אופיינית לפריצות מאוחרות. שודדי העתיקות פעלו לאחרונה במסדרון וניסו לפרוץ בו דרך, ושפכי חפירתם נותרו בחלל המרכזי של המערה (ר' איור 6).
המערה חצובה מתחת למבנה המרכזי, ואבני הפיר המוביל אליה דומות לאבני הבנייה של קירות המבנה. במערה לא התגלה ממצא מתארך, אך נמצאו שברים אחדים של עצמות אדם בהשתמרות גרועה. המערה מתוארכת על פי צורתה לתקופה הביזנטית וייתכן שהייתה קריפטה של המבנה שמעליה.
 
המשקופים המעוטרים בצלבים, אבני הסף המעוצבות והמזוזות שנמצאו במבנה מעידים כי היה זה מבנה ציבורי גדול ומרשים. תוכנית מבנה הכוללת חצר מרכזית ושני אולמות הנסמכים אליה משני קצותיה מוכרת בתקופה הביזנטית. על פי שם החורבה 'דיר', סביר שבאתר היה מנזר. הגדרה המקיפה את המתחם ומפרידה אותו מסביבתו מחזקת השערה זו.
באזור דיר אבו עלי נסקרו במסגרת סקר ישראל (מפת נס הרים [104]) יותר מתשעים אתרים המתוארכים לתקופה הביזנטית. מתחמים נוצריים נחפרו בח' חנות, מטע מזרח, ח' בית בד וח' ג'רפה. הממצא באתר משתלב בממצאי הסקר והחפירות באזור, וככל הנראה זהו אתר נוצרי נוסף מהתקופה הביזנטית. מכלול הנתונים מעיד על פריחה יישובית שידע חבל ארץ זה בתקופה הביזנטית ועל חשיבות הקרבה של המתחמים הנוצריים לדרכים העולות ממישור החוף, לשפלת יהודה ולאזור ההר. עוצמת השרידים באתר ומיקומו בראש גבעה שולטת מלמדים על תפקידו האסטרטגי.