בחודשים פברואר, אוגוסט ונובמבר 2006 נערכו סקרים ארכיאולוגיים בכפר וולג'ה ובשוליו (הרשאות מס' 4337-A-4917 ,A; נ"צ 2140-60/6260-80), לאורך התוואי המתוכנן של גדר ההפרדה. הסקר, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הביטחון, נוהל על ידי י' דגן (צילום), בסיועם של ל' ברדה (GPS), ט' קורנפלד (מדידות), וכן א' נגר וע' אייזנברג.
הכפר וולג'ה שוכן על מדרון המשתפל צפונה אל עבר נחל רפאים. הגרעין המקורי של הכפר היה בחלק הגבוה של השלוחה, אך עם הגידול באוכלוסייה התרחב הכפר אל המדרון, שם הכשירו המתיישבים את השטח לבנייה וכן לעיבוד חקלאי באמצעות הקמת מדרגות עיבוד (איור 1); קירות התמך ברבות ממדרגות העיבוד החקלאיות נבנו מאבני בנייה בשימוש משני שנלקחו מחורבות בסביבה הקרובה. נסקר חלקו הצפוני, התחתון, של הכפר, ובעזרת תושבי הכפר תועדו שמותיהם המסורתיים של המעיינות והחורבות בסביבה. השרידים שנסקרו (1–149) נחלקו לחמישה מקבצים עיקריים לאורך תוואי נחל רפאים (E–A; איור 2). השרידים העיקריים מתוארים להלן לאורך תוואי הנחל, ממערב למזרח.
עין אל-הדף (A; נ"צ 214744/626752). מעיין שכבה הנובע על מדרון הפונה לצפון-מערב (איור 57:2). בנקודת הנביעה הוקמה בריכה לאיגום המים (איור 3), וסביב המעיין נחפרו תעלות מים שהוליכו אל החלקות החקלאיות שעל מדרגות העיבוד במורד המדרון. בקרבת המעיין נבנו בתים מודרניים והשטח עובד באינטנסיביות, ולפיכך אי אפשר היה לקבוע במדויק את מקום היישוב הקדום שהתקיים סמוך למעיין. על פני השטח במדרגות העיבוד שסביב המעיין נמצאו חרסים ספורים מתקופת הברזל, ושברי כלי חרס רבים יותר מן התקופות הרומית הקדומה והמאוחרת, הביזנטית והעות'מאנית.
מצפון למעיין נמצאה מחצבה ובה 52 גושי אבן מסותתים (איורים 68:2; 4) – אבני בנייה גדולות (0.5×0.6×2.0 מ'; איורים 5, 6), עמודים, בסיסי עמודים ומשקופים (איור 7) – וכן גושי סלע שסיתותם לא הושלם. על פי סגנון פריטי האבן יש לייחס את המחצבה לתקופה הרומית הקדומה, ממצא נדיר בסביבות ירושלים. סמוך למחצבה נמצאו שברי כלי חרס מתקופת הברזל 2.
אתרי נחל רפאים [2] (B; נ"צ 214994/627379). על המדרון תועדו שני מבנים (איור 72:2), מדרגות עיבוד חקלאיות שבקירות התמך שלהן שולבו אבני בנייה קדומות (איורים 125:2; 8), שומרה מלבנית (איור 131:2), חציבות בסלע (איור 133:2) ומערה טבעית (איור 149:2). על גבי מדרגות העיבוד נמצאה פזורת של חרסים מן התקופות ההלניסטית, הביזנטית והעות'מאנית.
אתרי נחל רפאים [3] (C; נ"צ 215043/627706). מתקנים חצובים לעיבוד תוצרת חקלאית ומדרגות עיבוד חקלאיות. על אחת ממדרגות העיבוד נמצאה פזורת של שברי כלי חרס רבים (איור 138:2). נלקטו בה שברי כלי חרס שזמנם תקופות הברונזה הקדומה, הברזל 2, ההלניסטית, הרומית הקדומה והמאוחרת והביזנטית הקדומה. אפשר שהחרסים הגיעו עם אדמה שנאספה מן החורבה שבחלק העליון של הכפר, או משתי גדותיו של נחל רפאים.
אתרי נחל רפאים [4] (D; נ"צ 214967/627428). סביב מחצבה לאבני בנייה (איור 73:2) תועדו שרידי מבנה, מתקנים חצובים, מערות וחרסים רבים הפזורים על פני השטח.
אתרי נחל רפאים [5] (E; נ"צ 215878/627185) שייכים לשרידי חורבה בקצה שלוחה (איור 69:2); על פני השטח נראות עדויות לחפירות שוד. בשטח החורבה תועדו בריכה חצובה (איורים 103:2; 9), בריכה מטויחת (מקווה; איור 10), מערות קבורה, שאחת מהן הוסבה לשמש בור מים (איור 11), מתקן פשוט להפקת שמן (בודדה; איור 12) ואבני בנייה.
ממצאי הסקר מעידים על עיבוד חקלאי אינטנסיבי בשטח היכול ליהנות מהשקיה שמקורה במי המעיין. במעלה המדרון מן המעיין הוקם הכפר, אך בשל בנייה מודרנית ועיבוד חקלאי – עד כדי שינוי פני השטח – קשה לאתר את תחום ההתיישבות בעת העתיקה. עם זאת, אין ספק כי מקור המים השופע לאורך כל השנה בעין אל-הדף משך מתיישבים החל מן האלף השלישי לפסה"נ ואולי אף קודם לכן, בדומה לדגם ההתיישבות המוכר באתרים אחרים לאורך נחל רפאים. על מחשופי הסלע ובמקומות שלא היו ראויים לחקלאות נחצבו מתקנים לעיבוד תוצרת חקלאית; חלק מן המתקנים העתיקים המשיכו לשמש עד לעת החדשה.