במהלך החודשים פברואר–מרס 2007 ופברואר–אפריל 2008 נערכה חפירת הצלה במושב ציפורי (הרשאה מס' 5362-A; נ"צ 2264-6/7389-90), לקראת בניית ברכת שחייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון המושב, נוהלה על ידי ל' פורת בהשתתפות י' יעקובי וי' לבן (מנהלה), א' האג'יאן, ר' מישייב וט' מלצן (מדידות ושרטוט), א' שפירו (GPS), ה' סמיטליין (צילום שטח), ד' גהלי מחברת סקיי ויו (צילום אוויר), ע' נג'אר (בדיקות מקדימות), ופועלים מכפר מנדא.
האתר נמצא על המדרון הדרומי של גבעת קירטון במרכז המושב, מדרום לציפורי הקדומה; עד לאחרונה שימש מוסך לכלים חקלאיים, שלצורך הקמתו יושרה הקרקע. במדרון המזרחי של הגבעה נחפרה בעבר מערת קבורה מן המאה הב' לסה"נ (ארץ צפון: 147–151).
נחפר שטח (כחצי דונם) מכוסה ברובו בשרידי מחצבות אבן, שבמרכזו מערכות תת-קרקעיות: שתי מערות, בור מים, קולומבריום ומתקן מרובע מטויח (איור 1).
מחצבות
נחשף שטח נרחב של מחצבות אבנים לבנייה (איור 2). בחלק מהמקומות העמיקו החציבות עד כמטר מפני השטח. במקומות אחדים נמצאו תעלות ניתוק סביב גוש אבן ולפי סימני החציבה נראה כי נחצבו אבנים במגוון גדלים. במזרח נמצא סלע קירטון רך, ושם מוקדי החציבה מטים יותר. באדמה שכיסתה את המחצבות נמצאו חרסים אחדים מהתקופה הרומית.
מערה דרומית
פתח הכניסה למערה נחשף בצדה הדרומי (איור 3); ראשו קמור ובחלקו הפנימי שקע לציר דלת ומגרעת לבריח. מהפתח נוטה הרצפה קלות צפונה, אל מרכז המערה. בדופן המזרחית חצוב פתח בור מים, קמור ומטויח בחלקו. בצפון, מתאר החציבה והעדר שרידי טיח על הדופן המזרחית מצביעים על חלל קדום שלא שרד, כנראה שבוטל בחציבות מאוחרות; הרצפה בחלק זה שטוחה ונמוכה יותר. בקצה הצפוני פתח המוביל למערה נוספת. במילוי שנחפר נמצאו אבני בנייה במפולת וכן חרסים רבים מהתקופה הרומית הקדומה, מרביתם מטיפוס אחד של קנקן.
בור מים
שלוש תעלות חצובות, שבוטלו בשלב מאוחר בחציבה, מובילות אל פתחו הסגלגל של הבור. הפתח חצוב בשכבת סלע נארי קשה, ואילו הבור, שצורתו קמרון, חצוב בשכבת הקירטון הרכה. על רצפת הבור ותקרתו שכבות של טיח הידראולי אפור. בדופן המערבית חצוב פתח שחלקו העליון קמור וגם עליו שרדה שכבת טיח הידראולי (איור 4); בשלב מאוחר הפתח הוקטן בבנייה בחלקו התחתון. על רצפת הבור נמצאו שברים של קנקנים מהתקופה הרומית הקדומה.
מערה צפונית
מצפון למערה הדרומית ולצד בור המים התגלה חלל נוסף שנחצב בקירטון רך ולו מתאר מאורך, דפנות שאינן ישרות ורצפה ישרה. על הרצפה נמצאו שברי קנקנים מהתקופה הרומית הקדומה ומעליהם רסק גירי ושברי אבנים, שרידי תקרת המערה שקרסה. מעליה נמצא מילוי של אדמה, אבנים וחרסים מהתקופה הרומית.
קולומבריום
התגלה חלל עגול, חלקו חצוב וחלקו בנוי מאבנים קטנות שכוסו בטיח דק, שבדופנותיו נחצבו כוכים: שלוש שורות במזרח, ושורה אחת בצפון ובמערב (איור 5); התאים שבדופן המערבית בנויים בחלקם. שרידי טיח נמצאו על דופנות הכוכים שבראש המתקן ועל פתחו. נמצאו מעט חרסים מהתקופה הרומית.
מתקן מרובע
הקולומבריום מחובר בדרום בפתח חצוב ומטויח למתקן מרובע (איור 6), חלקו חצוב וחלקו בנוי, שקירותיו מטויחים. קירות המתקן נבנו במגוון דרכים: הקיר המזרחי בנוי מאבנים גדולות וטויח גם מצדו החיצוני, הקיר הדרומי נבנה מאבנים גדולות ובינוניות על הסלע, והקיר המערבי בנוי מאבנים קטנות על סלע חצוב. רצפת המתקן, שנפגעה מקידוח בן זמננו, נחצבה בשיפוע קל לצפון, ונמצאו עליה חרסים מעטים מהתקופה הרומית.
ניתן למנות באתר שלבי שימוש אחדים, כולם מהתקופה הרומית. על רצפת בור המים, במערה הדרומית ובמערה הצפונית נמצאו שברי קנקנים מהתקופה הרומית הקדומה, עדות לזמן השימוש האחרון בהם, לפני נטישתם הסופית. המילוי המכוון של המערה הצפונית מעיד על מפלס המאוחר למתקנים התת-קרקעיים, ככל הנראה לצורכי חקלאות מטעים. נראה כי אבני בנייה נחצבו לכל אורך התקופה, לפני חציבת החללים התת-קרקעיים ולאחר נטישתם.