תת-שטח A1 נמצא בחלקה הצפוני של הכניסה למערה, סמוך למקווה הטהרה. בהמשך לחפירה מהעונה הראשונה נפתח ריבוע (4×4 מ'). החפירה העמיקה (51.59–51.79 מ' מתחת לפני הים) במילוי של אדמה בהירה מעורבת בממצא מגוון הכולל שברי כלי חרס, פיסות בד ועצמות בעלי חיים. כמו כן נמצאו מטבע ברונזה, שנה ב' למרד הגדול (איור 3), שרידי סנדל עור וחלק תחתון של קרן בעל חיים מעובדת, ייתכן שזהו שופר.

 
תת-שטח A2. בחלקה הדרומי של חזית המערה נחפרה מעין גומחה (כ-1.5×3.0 מ'; איור 4), תקרתה משתפלת מטה לדרום-מערב. ממזרח לגומחה הובחנו שרידי קיר בציר צפון–דרום שסגר את פתח המערה. לפי סימני החציבה בדופנות המזרחית, המערבית ובתקרה, נראה כי יש לתארך את הגומחה לתקופה הרומית.
לגומחה שתי כניסות המופרדות בגוש אבן גדול: מחוץ למערה מצפון-מזרח, ומתוך המערה מצפון.
בחזית הגומחה (לוקוס 21001, 51.0-–50.8 מ' מתחת לפני הים גובה עליון משופע, 52.17 מ' מתחת לפני הים גובה תחתון) נמצאה אדמה אפורה-שחורה מעורבת באבנים ובחצצים. בתקרת הגומחה, בין הסדקים, נמצאו שרידים דלים של חומר קלציטי בהיר.
במהלך החפירה התברר שהגומחה מולאה בחומר החצצי שהובא מן החוץ, ככל הנראה בידי אדם.
השרידים כללו שברי כלי חרס, עצמות בעלי חיים, צור, שברי זכוכית, שרידי עץ מעובד, שרידי אילנות, חומר אורגני וגלעינים, בעיקר של תמרים. עוד נמצא במילוי שבר של מקבת אבן סגלגלה, דומה לה נתגלתה בעונה הראשונה וייתכן כי שימשו בחציבת הגומחה.
בחלק הדרומי-מערבי הנמוך של הגומחה (כ-54.0 מ' מתחת לפני הים), נחשפה שכבת עפר ובה שרידי כלי צור מהתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית.
החפירה נפסקה בעומק של 4.46 מ', בגוש סלע גיר גדול, שככל הנראה נפל מפתח הגומחה פנימה.
 
תת-שטח A3. ממערב לתת-שטח A1 נערכה לאחרונה חפירת שוד ולפיכך הוחלט לחפור חתך (כ-2×1 מ') בציר צפון–דרום.
החפירה מפני השטח (גובה 51.1 מ' מתחת לפני הים) הייתה באדמה אפורה-שחורה ואבקתית מעורבת בחומר אורגני (לוקוס 21002; כ-0.4 מ' עומק). מתחתיו (לוקוס 21004; כ-0.4 מ' עומק) נחשפו שרידי מוקד, שברי כלי חרס, עצמות בעלי חיים, גלעינים, שרידי עץ, צור וזכוכית המצביעים על מפלס חיים.
מתחת ללוקוס 21004 נחפר מילוי של עפר בגוון אפור ובו קנים רבים (לוקוס 21005, כ-0.6 מ' עומק) וממצא עשיר המעידים על מפלס חיים: מוקד אש, שברי כלי חרס, שברי זכוכית, צור, גלעינים, צדף ימי מעובד ושרידי אילנות. חפירה מתחת למוקד (לוקוס 21006, כ-0.1 מ', עד גובה 52.17 מתחת לפני הים; איור 5) העלתה שזה הושתת על גבי סלע טבעי.
 
כלי החרס משטח A תוארכו לשתי תקופות, הרומית הקדומה והכלקוליתית, לכולם ניתן למצוא השוואות במערות מדבר יהודה, או מאתרים רחוקים יותר. מן התקופה הרומית נמצאו שתי קערות (איור 1:6, 2), חמישה סירי בישול (איור 7-3:6), שלושה קנקנים (איור 11-9:6), שלושה פכים (איור 14-12:6) ושלוש פכיות (איור 17-15:6). מן התקופה הכלקוליתית נמצאו שני פריטים אינדיקטיביים: בסיס שטוח של פערור (איור 18:6) וידית נקב (איור 19:6).