בחודש אוקטובר 2013 נערכה חפירת הצלה בקטע מאמת המים התחתונה, בשכונת אבו טור בירושלים (הרשאה מס' 6933-A; נ"צ 221768-827/630150-73; איור 1), לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון ג' סעיד, נוהלה על ידי ל' עוז (צילום שטח), בסיוע נ' נחמה (מנהלה) וא' האג'יאן (מדידות ושרטוט).
מוצאה של אמת המים התחתונה בבריכות שלמה, בגובה של כ-765 מ' מעפה"י, והיא הובילה מים אל הר הבית, לגובה של כ-735 מ' מעפה"י. עד כה נסקרו ונחפרו קטעים ממנה (למשל, זילברבוד 2011), חצובים ובנויים, בהתאמה לתנאים הטופוגרפיים המשתנים לאורך התוואי. תוואי האמה מפותל ואורכו כ-21 ק"מ. מן המקורות ההיסטוריים ומן החפירות הארכיאולוגיות עולה כי אמת המים התחתונה הוקמה בימי הבית השני, חלו בה שינויים ותיקונים במרוצת השנים והיא שימשה עד ראשית המאה הכ' לסה"נ. במפת הסקר של וילסון נראה כי ממנהרת ג'בל מוכביר (ארמון הנציב) מגיעה האמה, לאחר פיתולים מספר, למדרון המזרחי של שכונת אבו טור, שבה היא עוד נראתה בראשית המאה הכ' לסה"נ בכמה מקומות, ומשם עוברת לגיא בן הינום (מזר 1989).
על מדרון סלע גיר רך, המשתפל למזרח, זוהה קטע מאמת המים התחתונה, שנפגע מבנייה מודרנית. נותרו שני חתכים אנכיים של האמה, המרוחקים כ-20 מ' זה מזה מדרום לצפון (L101 ,L100; איורים 2–4); החתכים נוקו ותועדו. צמוד לחתך הדרומי נחפר בור סיד וממערב לחתך הצפוני נחפר בור חצוב. באמה זוהו לפחות שישה שלבי שימוש, זה על גבי זה. בשלב הקדום ביותר, בימי הבית השני, האמה שנחצבה בסלע הייתה תעלה מדופנת באבנים ומטויחת, וחתכה דמוי האות U, בגובה של כ-739 מ' מעפה"י. בשלב המאוחר ביותר, בתקופה העות'מאנית, שולבו חוליות צינור מחרס (0.26 מ' קוטר) בתוך מילוי של מלט. בין השלב הקדום לשלב המאוחר אפשר להבחין בעוד ארבע שכבות לפחות של מילוי וטיח, זו על גבי זו. במרחק של כ-1.2 מ' ממזרח לאמה, נתגלו שרידי בור סיד חצוב למחצה (L103; מידות 1.1 × 1.9 מ', עומק מרבי 0.8 מ'; איור 5), שמתארו עגול וחלקו הצפוני נהרס. הדפנות והקרקעית חצובים ברישול ועליהם סיד מתפורר. במילוי הבור נתגלו חרסים קדומים אחדים, לצד מעט שברי חרסינה וזכוכית, כנראה מהמאה הכ' לסה"נ. ייתכן שהבור שימש לאחזקה ולטיפול באמה, באחד משלביה המאוחרים, וכשיצא משימוש נסתם ונהרס חלקית. בפינה הצפונית-מערבית של השטח, נתגלו שרידים של בור חצוב דמוי אגס (L104; מידות 1.3 × 2.5 מ', כ-2 מ' עומק; איור 6), שרובו נהרס וכן פתחו המקורי. בתחתית הבור נחשפה שכבת מילוי (0.4 מ' עובי) של אדמה חומה-שחורה ובה מעט פסולת מודרנית, ללא חרסים. בעל השטח העיד כי הבור שימש בור ספיגה עד לפני שנים מספר.
מהחפירה עולה שבקטע זה של אמת המים התחתונה היו לפחות שישה שלבי שימוש, למן ימי הבית השני ועד שלהי התקופה העות'מאנית. בור הסיד נחפר כנראה בזיקה לאמה באחד משלביה המאוחרים ושימש את מי שתיקן או תחזק אותה. הבור דמוי האגס היה בשימוש עד ימינו, וכנראה אינו קשור לאמת המים. בהיעדר ממצא אין אפשרות לתארכו.
מזר ע' 1989. סקר אמות המים לירושלים. בתוך ד' עמית, י' הירשפלד וי' פטריך, עורכים. אמות המים הקדומות בארץ ישראל. ירושלים. עמ' 174–176.