שטח B
בשוליים המזרחיים של האתר, ממזרח לשרידי הכפר מימי הביניים אותרו ונחפרו בית בד ומקווה תת-קרקעיים שהשתמרו במלואם ומתוארכים לתקופה הרומית הקדומה (איור 3) וכן מערכת מחילות תת-קרקעיות ושרידי קירות ומתקנים ביתיים על פני השטח המתוארכים למן התקופה ההלניסטית המאוחרת ועד לתקופה הממלוכית.
בית הבד תת-קרקעי וחצוב בסלע (איור 4). הכניסה אליו מדרום, בגרם מדרגות חצובות היורד צפונה ותחום בשני קירות מסיביים (W010 ,W009). במבואת הכניסה שלרגלי המדרגות, בור חצוב (לוקוס 004) ובתוכו אבנים מסותתות, חלקן אבני קשת מקמרון שהתמוטט. הכניסה לבית הבד השתמרה במלואה, המזוזות והמשקוף נחצבו בסלע והם מעוטרים בעיטור אטי מפואר. על המזוזה המערבית חרוטות שתי מנורות בעלות שבעה קנים; מנורה נוספת חרוטה במרכז המשקוף שמעל לכניסה. בבית הבד חדר מרכזי (8×5 מ') שבקירו המערבי נחצב חדר (2.0×1.5 מ') ובו מתקן סחיטה שלם. בקיר הצפוני, מול הכניסה, נחצבו שני חדרים גדולים. החדר המזרחי נמצא מלא באבנים. בחדר המערבי
(2.25×1.50 מ'), נמצא מתקן סחיטה שלם ובקרקעיתו אגן חצוב בסלע. הוא היה מלא לחלוטין בלוחות אבן שהתמוטטו ככל הנראה מהתקרה ולא ברור מתי נאספו במסודר אל החדר. בקיר שבין שני החדרים התגלה שקע חצוב ובו שרידי אקנתוס מצויר בפחם. תחת השקע, כניסה למנהרה חצובה בסלע, המתחברת לפרוזדור אחורי. בצפון הקיר המזרחי של החדר המרכזי של בית הבד התגלו שני חדרים צמודים, צפוני ודרומי; בצפוני נמצא מתקן סחיטה נוסף ובדרומי נמצא ים באתרו וממל שנמצא מונח מצפון לו. מעל מרכז הים, התגלתה בתקרה גומחה שאליה הותאמה ככל הנראה קורת עץ. בתקרה שמדרום לים, התגלה פתח המוביל למערכת מחילות תת-קרקעיות בין פני השטח וחלל בית הבד.
הרצפה המקורית של בית הבד הוסרה בשלב שני והיא נחצבה לעומק של כ-3 מ', עת יצא בית הבד מכלל שימוש. על הרצפה נמצאו אבני בנייה מלבניות רבות שנחצבו בסלע הרך וכן כמה משקולות מאבן גיר קשה ששימשו בבית הבד. אל הרצפה המאוחרת ירדו בגרם מדרגות חצוב בסלע. במילוי העפר שמעל הרצפה המאוחרת נמצא מטבע מימי אגריפס השני (מחצית שנייה של המאה הא' לסה"נ) וכן חרסים משלהי ימי הבית השני וראשית המאה הב' לסה"נ.
מקווה טהרה. בחלק המערבי של מבואת הכניסה לבית הבד התגלתה כניסה נוספת אל מקווה תת-קרקעי חצוב בסלע (4.5×5.0 מ'; איור 5). התגלו שבע מדרגות רחבות וגבוהות (0.30×0.45 מ'), מטויחות בטיח הידראולי אפור. בתחתית המדרגה השביעית בריכה עמוקה (כ-1 מ') שעל רצפתה נמצאה קערת טבילה מימי בית שני. בקיר המזרחי של המקווה נחצב חלון מרובע (0.63×0.63 מ', 0.54 מ' עומק) שנפתח לתעלה שנחצבה בסלע, לאורך צדו המערבי של גרם המדרגות המוביל אל בית הבד ואל המקווה. המקווה נמצא מלא במילוי עפר ואבנים גדולות, חלקן אבני בנייה מסותתות. בפינה המערבית של המקווה נמצא פתח למחילה תת-קרקעית משלב שני.
השרידים על פני הקרקע. מעל בית הבד ומקווה הטהרה נחפרו קטעי קירות ומתקנים ביתיים, בהם בריכת מים, מתקן ביתי לאצירת שמן וטבון. נראה כי זוהי חצר של מבנה מגורים שבו עסקו במגוון מלאכות הבית. הקשר האדריכלי בין מכלול המגורים לבין החללים התת-קרקעיים עדיין אינו ברור.

שטח C

בשוליים הצפוניים-מערביים של האתר, מצפון-מערב לשטח P ומצפון-מזרח לכנסייה הביזנטית נחפרה קפלת תפילה ביזנטית תת-קרקעית (5×8 מ'; איור 6) מהמאות הה'–הח' לסה"נ. בכניסה לקפלה ממערב חדר מבואה קטן חצוב בסלע ובו שתי מדרגות חצובות אף הן. הקיר המערבי ברובו חצוב בסלע ובחלקו בנוי מאבנים גדולות. בקפלה חדר מרכזי ובחלקו המזרחי אפסיס המופרד מהאולם בקיר סורג חצוב בסלע.
 
שטח M
בצדה הצפוני-מערבי של חורבת בית לויה, ממזרח לשטח C ומצפון לשטח P אותרה מערה חצובה שבה שרידי בית בד וממנה יוצאת מחילה תת-קרקעית ארוכה המובילה לקולומבריום רחב מידות. בחלקו הדרומי של השטח התגלתה אורווה תת-קרקעית ובה שקתות ובורות לאיסוף צרכים.
הקולומבריום גדול (כ-15.5×17.5 מ'; איור 7), חצוב כחלל ריבועי הנתמך במרכזו בארבע אומנות בצורת האות ר'. על קירותיו חצובות מאות גומחות משולשות. בתקרתו אותרו שלושה פירים עגולים ובהם גומחות חצובות ששימשו ככל הנראה שלבי סולם. הכניסה המקורית לקולומבריום הייתה דרך פתח שנחצב בתקרת החלל. עם סיום חציבת הקולומבריום או בשלב שני, סגרו את הפתח המקורי בלוחות אבן גדולים, הנתמכים בחצי קשת בנויה, ופתח משני, קטן יותר נחצב בקיר הצפוני של החלל. הפינה הדרומית-מזרחית של הקולומבריום נפגעה מחציבת בור פעמון.
אורווה תת-קרקעית נמצאה בשטח M2 (איור 8), על טרסה מלאכותית במדרון הצפוני-מערבי של האתר, בנקודה הצופה ישירות אל תל מרשה. בשטח מעל לפני הקרקע מערכי קירות השייכים כנראה לשרידי היישוב הממלוכי. אל האורווה התת-קרקעית מוביל פרוזדור (1.1-0.9 מ' רוחב) ובו חמש מדרגות חצובות (רום 30/50 ס"מ ושלח 40/60 ס"מ לסרוגין). המדרגות הרחבות והגבוהות מאפשרות מעבר קל להולכים על ארבע.
האורווה היא אולם מרובע חצוב (6.0×5.8 מ') המחולק בקיר אבוסים חצוב בציר צפון–דרום (4.75 מ' אורך, 1 מ' רוחב). הכניסה לאורווה נפתחת אל אגף מערבי של האולם. פתח נוסף ממזרח לפתח הראשי מוביל אל אגפו המזרחי של האולם. על מזוזות הפתחים קדחים שככל הנראה שימשו להצבת מחיצות לבעלי חיים. בקיר החוצה את האולם שישה אבוסים בגובה אחיד (כ-0.6 מ' מפתח אבוס, 0.6 מ' גובה מהרצפה). בין האבוסים נותרו כמה קדחים ששימשו כנראה לקשירת בעלי חיים. רצפת האולם כוסתה בשכבה קרטונית רכה ודחוסה, שמקורה אולי בהתפוררות התקרה ודחיסת החומר על ידי בעלי החיים או מכיסוי מכוון. מגובה האולם (כ-1.8 מ') נראה כי האורווה שימשה לחמורים.
באגף המערבי חצובות ברצפה שתי מהמורות (עד 0.4 מ' עומק), מלבנית (כ-0.5×0.4 מ') וקעורה (כ-0.4 מ' קוטר); ייתכן ששימשו בורות לערבוב מזון לבעלי חיים. לאורך קירות האורווה גומחות לנרות ובקיר המזרחי גומחה קמורה גדולה (0.6 מ' גובה, 0.4 מ' רוחב). בפינה הצפונית-מזרחית של האגף המזרחי אגן שנחצב אל פינת הקיר (כ-0.5 מ' גובה הפייה מהרצפה) ושימש כנראה שוקת קטנה לחמורים. ברצפת האגף המערבי של האורווה חצובים שני בורות פעמוניים (0.60-0.45 מ' קוטר, כ-2 מ' עומק); על פי הבור הצפוני נמצאה אבן הכיסוי המקורית. באגף המזרחי של האורווה חצובים שלושה בורות כאלו.

שטח P

על ראש הגבעה של חורבת בית לויה, כ-200 מ' צפונית-מזרחית לכנסייה הביזנטית וכ-50 מ' דרומית-מערבית לשטח B, שרידי בנייה רבים ובהם מבני מגורים, מתקנים וטרסות חקלאיות מימי הביניים המאוחרים.
חורבת ימי הביניים (איור 9). בחלק הגבוה של האתר שרידי מבנים ומפולות של החורבה מימי הביניים. החפירה התמקדה בצד הדרומי של החורבה ונחשפו בה שני חדרים של מבנה מהתקופה הממלוכית. החדר המזרחי (5.25×9.25 מ'), תחום במערב בקיר החוצץ בינו לבין החדר המערבי ונראה מאוחר לקירות המבנה האחרים, כנראה היה זה חדר (או חצר) שחולק לשני חדרים. הקירות בנויים משתי שורות אבני גיר קשות, מהוקצעות בדרך כלל בפן החיצוני שלהן, שביניהן אבני גוויל ואבני גיר רכות. ליבת הקיר עשויה מאבנים קטנות וחומר מליטה רך בצבע אפור. במרכז הקיר המערבי של החדר נמצאה אומנה ועליה אבן קשת. לאורך הקיר הדרומי של החדר נמצאו שתי אומנות נוספות ונראה כי תקרת החדר נתמכה בקשת מרכזית שנבנתה בציר מזרח–מערב ושתי קשתות ניצבות בציר צפון–דרום. לאורך הקיר הצפוני של החדר נמצאו שלושה מתקנים. על רצפת החדר נמצאה טבעת כסף מעוטרת. תחת הרצפה נחשפו שלבי בנייה קדומים לתקופה הממלוכית: קיר מונומנטלי הבנוי משורה אחת של אבנים גדולות מסותתות (אחת מהן עם סיתות שוליים וזיז בולט) ופתח כניסה עם אבן סף. ייתכן שהקיר שייך למבנה ציבור כלשהו מצפון לשטח החפור. מצפון ומדרום לקיר זה נחשפו קטעי רצפה או תשתית הבנויה משכבה דקה של אבני גיר כתושות. בריבוע בדיקה תחת הרצפה נמצאו שלוש רצפות חתומות ושכבת שרפה ונמצאו בהן חרסים מסוף התקופה ההלניסטית.