בחודש אוגוסט 2006 נערכה חפירה במתחם גן הקבר שמצפון לשער שכם (הרשאה מס' 4873-A*; נ"צ — רי"ח 22193/63232; רי"י 17193/13232). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון קרן Wyatt Archaeological Research מארה"ב, נוהלה על ידי י' זלינגר, בהשתתפות ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות), צ' שגיב (צילום שטח), א' ברין (שרטוט) וכ' הרש (ציור כלי חרס).
החפירה נערכה מדרום למחשוף סלע טבעי, שזוהה על ידי צ' גורדון בשנת 1883 כ'גולגולתא' הנמצאת בתחום 'גן הקבר' מצפון לשער שכם (איור 1). בשנות ה-80 של המאה הכ' נערכה חפירה על ידי ר' וויט ונחשפו בה חללים תת-קרקעיים. בעקבות החפירה האחרונה שנערכה במקום (ר' חדשות ארכיאולוגיות 118) שבה נוקו ותועדו החללים, נפתח ריבוע נוסף (5 × 7 מ') ונמצא בו קיר מהתקופה האסלאמית ושרידי מתקנים חקלאיים מן התקופות הרומית והביזנטית.
שכבה 1
בצדו הדרומי של הריבוע, כ-0.4 מ' מפני השטח, נחשף קיר (W502; גובה 1.2 מ', 4.50 × 0.35 מ' ; איורים 2, 3) בנוי אבני גזית ומילוי אבנים קטנות. נראה כי הקיר הוא חלק ממבנה מהתקופה האסלאמית הנמשך מעבר לגבולות שטח החפירה. לקיר מסד אבנים (0.7 מ' עומק) החורג מרוחבו ותעלת יסוד (1.2 מ') המגיעה לסלע שבה הונח חומר מליטה מעורב באבנים וטיח. תעלת היסוד חתכה שרידי רצפת גיר כתוש מלוכד בסיד ופחם. לא נמצאו חרסים מתארכים תחת הרצפה ולפיכך לא ניתן היה לתארכה.
שכבה 2
כ-4.2 מ' תחת פני השטח נחשף קיר בנוי אבנים קטנות (W510; גובה 1.2 מ') הנסמך לפני הסלע. הוא תוחם גרם מדרגות (0.8 × 0.9 מ') שממנו שרדו שלוש מדרגות שהקשרן אינו ברור. על פי שרידי חבלים, כלי עבודה ואשפה, שנמצאו בתוואי המנהרה שנחפרה סמוך לפני הסלע נראה כי האזור הופרע בחפירת וויט, שפגעה ככל הנראה בהמשך גרם המדרגות. מדרום לגרם המדרגות נחשף בעונה הקודמת חלקו העליון של חדר סגלגל.
בצדו המערבי של הריבוע נחשפה דופנו העגולה של בור מים מטויח (5 מ' קוטר). במילוי הבור (לוקוס 514) נמצאו שברי כלים מן המאות הא'-הב' לסה"נ הכוללים פך (איור 1:4), פכית (איור 2:4) וקנקן (איור 3:4), כלים מן המאות הג'-הו' לסה"נ הכוללים קערות (איור 8-4:4) וקנקן (איור 9:4) ונר תמים (איור 10:4) מן המאות הג'-הד' לסה"נ האופייני לקבוצת נרות בעלי גוף אגסי וידיות זיז, שמוצאה מאזור ירושלים. כמו כן נמצאו כלי עצם, שנחרץ ועובד בחלקו הרחב (איור 11:4), ייתכן ששימש לעיטור כלי חרס, או כלי עזר ליצירת חוטים וטווית אריגים וצדף עם שני חורים (איור 12:4), קרוב לוודאי תכשיט תלוי על שרשרת. רובו של הבור חרג מגבולות הריבוע ובשל בעיות בטיחות לא הושלמה חפירתו.
השרידים מייצגים ככל הנראה מתקנים שנבנו מחוץ לחומות העיר בתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית. בתקופה האסלאמית נבנה מעל המתקנים מבנה, שקיר אחד שלו נחשף, אך מבדיקות רדאר חודר קרקע (GPR) נראה כי המשכו נמצא מדרום לגבולות החפירה.