בחורף שנת 2000 נערכה חפירת בדיקה בבארותיים (רשיון מס' 12/00-G; נ"צ — רי"ח 14826/52203; רי"י 09826/02203). החפירה, מטעם המחלקה לאנתרופולוגיה באוניברסיטת הרווארד ובמימון מענק מטעם בית הספר האמריקאי למחקר פרהיסטורי באוניברסיטת הרווארד, נוהלה על ידי ב"א זיידל וט' אריקסון-גיני, בסיועם של ל' מצוב ונ' שמשון-פארן וכן ג' רוזנברג (מדידות ושרטוט), י' ורדי וס' רוזן (עיבוד כלי צור), א' מאהר (בדיקת עצמות בעלי חיים) וח' גרינפלד (סימני חיתוך בעצם).
במהלך סקר בנחל בארותיים (מפה 156) אותר על ידי ט' אריקסון-גיני רוגם אבן וסמוך אליו מכלאות בעלי חיים (איור 1) בראש גבעה הצופה אל יובל של הנחל. הממצאים באתר מלמדים שהוא היה מיושב בתקופות הב"ק 1ב' והב"ק 4/ב"ת 1.
בחפירה נחשף רוגם סגלגל, שציר האורך שלו צפון-מזרח-דרום-מערב. חלקו העיקרי של האתר, ללא מכלאות בעלי החיים, משתרע בשטח של כ-18 × 35 מ'. יחידת החפירה הבסיסית היתה ריבוע של 2 × 2 מ'. נחשפו שלוש שכבות: פני השטח הם שכבה של לס מורבד, תחתיהם שכבה של מפולת אבן וזו מונחת על שכבה של משקעי טין ואפר מעל הסלע. כל המשקעים בשכבה התחתונה סוננו בכברה של 3-2 מ"מ. מניתוח ראשוני של העבודה נראה כי לא התגלו כל חפצים בפני השטח או במפולת האבן שמתחתם. הממצאים במשקעי האפר בשימוש משני, והם כוללים שרידי פאונה, כלי צור, בהם מקדחים מיקרוליתיים, ושברי כלי חרס מתקופות הב"ק 1ב' (איור 1:2) והב"ק 4/הב"ת 1 (איור 2:2). בהר הנגב התגלו מקדחים מיקרוליתיים דומים במכלולים מתקופת הברונזה הקדומה באתר הגמל וברכס נפחה, אתר 396. הממצאים מלמדים על התיישבות באתר בתקופות הב"ק 1ב' והב"ק 4/ב"ת 1, ונראה כי השרידים הבנויים מתוארכים לתקופת הב"ק 4/ב"ת 1. נדרשת עבודת שדה נוספת כדי להבהיר את ההיסטוריה היישובית של האתר.