בחודש נובמבר 2003 נערכה חפירת בדיקה בחורבת כנס שבכרמיאל (הרשאה מס'
4035-A*; נ"צ — רי"ח 22780-5/75801-2; רי"י 17780-5/25801-2) בעקבות בניית מגרשי ספורט. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון עיריית כרמיאל, נוהלה על ידי ל' פורת בסיוע א' שפירו (מדידות ושרטוט).
נפתחו שני ריבועים, האחד במרחק של כ-3 מ' צפונית לכנסייה שנחפרה בשנה 1993 (ר' חדשות ארכיאולוגיות קג: 21) והשני במרחק של כ-20 מ' צפונית- מערבית ממנה. מן הכנסייה השתמרו בעיקר היסודות החצובים בסלע ורצפות הפסיפס. בשני הריבועים נחשף הסלע בעומק 0.3-0.1 מ' מפני השטח ללא שרידי בנייה. נאספו כמה אבני פסיפס, שבר שיש ושברי כלי חרס מעטים בלבד, שתוארכו לתקופה הביזנטית.
בהמשך החפירה נערכה חשיפה של הסלע בשטח המתוכנן לבנייה ולא נמצאו שרידים ונראה כי הכנסייה הייתה מבנה מבודד.