בשנים 2006–2007 נערכה חפירה לימודית בחורבת בית שערים (הרשאות מס' 4762-A-5020 ,A; נ"צ 21221-3/73409-11; איור 1). החפירה, מטעם רשות העתיקות – המרכז הארכיאולוגי החינוכי גליל, נוהלה על ידי י' טפר, בסיוע ע' קטלב (ניהול שטח), י' לבן (מנהלה), א' בלומנקרנץ (מדידות), א' שפירו (GPS), י' גורין-רוזן (זכוכית), ע' שטרן (ייעוץ קרמי), ד"צ אריאל (נומיסמטיקה), א' בבאני-שנק ונ' קורן-לורנס (מרכז חינוכי גליל), ור' וייס (גן לאומי בית שערים), ובהשתתפות ילדי בית ספר והוריהם מקריית טבעון.
החפירה נערכה כעשרה מטרים ממזרח למבנה הבזיליקה הדרומי בבית שערים. בעבר נערכו במקום חפירות ונחשפו מפלסי חיים שתוארכו לתקופות הממלוכית והעות'מאנית (נ' אביגד. תשי"ט. עונת החפירות השביעית בבית שערים, תשט"ו [סקירה ראשונה]. ארץ ישראל ה: 171–188).
פני השטח נוקו בשני ריבועים, ונחשפו מפלסי חיים שבהם התגלו ממצאים מהתקופות הממלוכית המאוחרת והעות'מאנית הקדומה, כולל עצמות בעלי חיים, שברי כלי חרס וזכוכית, ומטבעות. המטבעות מתוארכים לתקופות הרומית והעות'מאנית, ובהם מטבע, כנראה מימיו של טריאנוס (98–117 לסה"נ; ר"ע 111926), מטבע מימיו של קונסטנטינוס הא' (341–346 לסה"נ; ר"ע 111922) ומטבע כסף עות'מאני מהמאה הי"ז לסה"נ (ר"ע 111925). על פני השטח, סמוך לחפירה, נמצאו ארבעה מטבעות: אחד תוארך לימיו של פרובוס (276–282 לסה"נ; ר"ע 111928) והאחרים תוארכו לתקופה הרומית (ר"ע 111921, 111924, 111927).
הממצאים מלמדים על יישוב שהתקיים על גבעת בית שערים בתקופות הרומית, הממלוכית והעות'מאנית הקדומה.