בחודש מרס 2009 נערך סקר ארכיאולוגי בנחל שלחים (רישיון מס' 101/2009-S; נ"צ 16600-710/59500-615). הסקר, מטעם רשות העתיקות ובמימון קרן קיימת לישראל, נוהל על ידי ד' ורגה וו' כרמל.
השטח הנסקר (10–30 מ' רוחב) משתרע לאורך שתי גדות נחל שלחים וסמוך למושב מבועים. נטיעות של קק"ל בתחום הסקר פגעו בפני השטח הטבעיים. חלק מהשטח מכוסה בפסולת בניין וערמות אדמה שהובאו כדי לחסום את מי הגשמים ולהגן על הנטיעות.
לא נתגלו בסקר שרידים ארכיאולוגיים מלבד חרסים מעטים של כלי עזה.