בחודש ינואר 2006 נערכה חפירת הצלה בשכונת מצפה אפק שבראש העין (הרשאה מס' 4681-A; נ"צ 196312-37/666043/71), לקראת הקמת בית כנסת. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון מר א' שיפמן, נוהלה על ידי י' אלישע, בסיוע א' בכר (מנהלה), ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות), צ' שגיב (צילום שטח), וא' ברין (שרטוט).
בחפירות קודמות באתר נחשפו שרידי יישוב מתקופות הברזל 1 ו-2 שבו מבני מגורים וחומת סוגרים (חדשות ארכיאולוגיות קז: 58–59) וכן שרידים מהתקופות הפרסית וההלניסטית (חדשות ארכיאולוגיות 119).
נפתחו ארבעה ריבועים (4×4 מ' כל אחד) ממזרח וצמוד לחפירה קודמת (חדשות ארכיאולוגיות קז). בשלושה ריבועים (L15–L13; איור 1) נחשפה שכבת אדמה שהכילה מעט שברי כלי חרס מתקופת הברזל. בריבוע אחד (L10) התגלו רק שרידים בני ימינו.