בחודש מאי 2005 נערכה חפירה באתר הנמצא ביער יתיר (הרשאה מס' 4473-A; נ"צ — רי"ח 20116/58514; רי"י 15116/08514), לקראת הקמת גדר ההפרדה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הביטחון, נוהלה על ידי מ' היימן (צילום) בסיוע א' פרייברג (ניהול שטח) וא' האג'יאן (מדידות).
בראש גבעה שטוחה (כ-40×40 מ'), המרוחקת כ-600 מ' מצפון לחורבת יתיר, נבדקו שבע ערמות סיקול, שני קירות ומתקן בנוי. סמוך לגבעה אותרו שני בורות מים וגת, שלא נבדקו.
ערמות הסיקול (עד 6 מ' קוטר, עד 0.8 מ' גובה) כללו אבנים במגוון גדלים. בחמש מהן נערכו חתכי בדיקה (כ-1×1 מ'): ערמה 100 (סגלגלה; 2.5×3.5 מ', 0.5 מ' גובה; איור 1); ערמה 103 (עגולה; 2.5 מ' קוטר; איור 2); בערמה 106 (עגולה; כ-3 מ' קוטר, 0.4 מ' גובה) נמצאו שברי גוף של קנקן מהתקופה הביזנטית; ערמה 107 (עגולה; כ-3 מ' קוטר, כ-0.4 מ' גובה; איור 3); בערמה 108 (סגלגלה; 3×5 מ', 0.6 מ' גובה; איורים 4, 5) נמצאו שברי כלי חרס מהתקופה הביזנטית.
קירות. על המדרון הדרומי של הגבעה השתרעה חלקה חקלאית ששרדו ממנה שני הקירות שתחמו את פינתה הצפונית (איור 6): קיר הנמשך בציר צפון-מזרח–דרום-מערב (W113; כ-100 מ' אורך) וקיר שצירו דרום-דרום-מערב–צפון-צפון-מזרח (W127; כ-120 מ' אורך). לצד הפן הצפוני-מזרחי של קיר 113, סמוך לנקודת המפגש שלו עם קיר 127, נפתח ריבוע (3×3 מ'). בבדיקה התברר כי שני הקירות בנויים משורה אחת של אבנים גדולות (עד 1 מ' אורך) שהונחו על פני הסלע.
מתקן בנוי. לצד הפן הצפוני-מערבי של קיר 113, הוקם מתקן רבוע (לוקוס 109; כ-1×1 מ'; איור 7), הבנוי מנדבך אחד של אבנים (עד 0.5 מ' אורך). בתוך המתקן נמצאו שרידי מוקד ושברי כלי חרס מהתקופה הביזנטית, בהם שבר של טס אפיה, המרמזים כי המתקן שימש תנור אפייה.
דומה כי מתקנים אלה והמתקנים החקלאיים הסמוכים להם, האופייניים לאזורים בשולי יישובים מהתקופה הביזנטית בחבל ההר, השתייכו לחורבת יתיר.