שטח C1. נחשף מפלס עשוי אבני כורכר במגוון גדלים ואדמה צהבהבה (לוקוס 101a). שכבת אדמה דומה התגלתה גם בשאר ריבועי החפירה במגוון עוביים (להלן) ונראה כי זוהי תשתית ששימשה לפילוס פני החצר. צמוד לקיר האולם הצפוני התגלה  משטח בטון    (0.4 מ' רוחב) בין שתי אומנות תמך (איור 5). הקצה הדרומי של המשטח נחתך, אולי במהלך דחיסת הפסולת במחצית המאה הכ'. לפיכך לא ברור אם זהו אכן מפלס ריצוף של החצר או מעין מדרגה שנבנתה צמוד לקיר. את משטח הבטון ותשתית לוקוס 101a יש לתארך לשלב האחרון של השימוש במבנה. הפרש הגובה בין אבן הסף של האולם הצפוני (47.7 מ') לזה של משטח הבטון (47.82 מ'), אם הוא שריד מרצפת החצר, מרמז שהמשטח נוסף בשלב מאוחר מאחר שברוב מבני החצר מהתקופה האסלאמית, מפלס החללים הסגורים גבוה מזה של המרחב הפתוח. יש לציין שפנים האולם לא נבדק והוקפד לא לפרק את מפתן הכניסה שלו, לפיכך לא ניתן לקבוע אם זהו סף הכניסה המקורי ומהו תאריכו.
לאחר חשיפת שכבת הכורכר התמקדה החפירה ברצועה צרה (1.5 מ' רוחב) מקיר האולם וצמוד לפתחו. בגובה של כ-47.25 מ' בחתך התגלה ריצוף אבן עשוי אבנים קטנות שטוחות (לוקוס 109; איור 6) שנחשף במקביל לפתח האולם ונמשך מערבה במקביל לקו הקיר ולקו האומנה. מול פתח האולם הצפוני השתמר הריצוף רק בשטח צר

(0.4 מ' רוחב), אך מהאומנה מערבה נחשפה הרצפה כמעט בשלמותה. שריד מהריצוף נראה גם בחתך בדיקה בריבוע C2 (בגובה 47.18 מ') וייתכן לפיכך שהריצוף נמשך בכל רחבי החצר. על גבי הריצוף התגלתה שכבה הכוללת אבנים מעוגלות במגוון גדלים ושפע רב של חרסים (לוקוס 108); ייתכן שזהו מילוי מהודק או שכבת חיים שהצטברה מעל למפלס הריצוף.
נחשפו יסודות קיר האולם – אבנים מעורבות בחומרי מליטה (דבש) ללא סדר ברוחב גדול מרוחב הקיר, וסף הכניסה לאולם שתחתיו נראו כמה אבנים מסודרות בקשת (46.61 מ' גובה ראש הקשת) שהן ככל הנראה חלק מיסוד המבנה ולא מחדר תחתון. מדרום לתשתית הקיר נמצאו רבדים נוספים של אדמה אך בשל החשיפה המצומצמת קשה מאוד להבין את מהותם ואת הקשר הסטרטיגרפי בינם לבין יסוד פתח האולם.


שטח C5. צמוד לאולם האגף הצפוני ממערב נחשפו קירותיו הצפוני והמזרחי של מבנה נוסף בעל קמרון (איור 7), מעוגנים באומנה הקיצונית של האולם הצפוני של הח'אן. על הקיר המזרחי שרד טיח בגוון כחול 'אולטרה מרין', שהחל לשמש במחצית השנייה של המאה הי"ט. מחשיפת ראש הקמרון הצולב של המבנה (כ-45.5 מ' גובה צמיחת הקשת), יש להניח שמפלס רצפת הבית נמצא תחת פני השטח. מציאת המבנה במקום זה ממחישה את הנראה בצילומי אוויר – לפחות בשלב השימוש האחרון בח'אן לא היה אגף בנוי שסגר את המבנה ממערב. סגירת החצר, לא לפני התקופה העות'מאנית המאוחרת, הייתה בסדרת מבנים שנבנו צמוד לח'אן וללא קשר אליו.

שטח C2. לאחר הסרת שכבות הזבל המודרני (כ-2 מ' עובי) נחשף בכל שטח הריבוע מפלס בגוון צהוב, בגובה כ-47.6 מ' (לוקוס 102, איור 8). המפלס דומה מאוד באופיו למפלס לוקוס 101 בריבוע C1 (לעיל). נראה כי גם כאן זהו רובד שנועד ליצור מילוי ותשתית, שיצרה רצפה מפולסת למדיי, לשלב האחרון של חצר המבנה. לעומת זאת יש הבדלים יחסיים בגובה הכניסות לחדרי האגפים מדרום ומצפון. הכניסה לחדר בקצה הדרומי של ריבוע C2 גבוהה בכ-0.5 מ' (48.23 מ' גובה) מהכניסה לאולם הצפוני (ריבוע C1).
צמוד לקיר החדר תחת רובד התשתית נחשפו יסוד הקיר ויסוד פתח החדר (איור 9) במפלס גבוה (0.8-0.5 מ') מאלה של האולם הצפוני. בדומה ליסוד הקיר באגף הצפוני, גם כאן התגלה יסוד הכולל אבנים וחומרי מליטה ללא סדר וברוחב גדול מרוחב הקיר. תחת פתח החדר התגלו אבנים סדורות בקשת, שוב בדומה לקשת שנחשפה בכניסה לאולם הצפוני. מתוכנית המבנה ברור שהאגפים הצפוני והדרומי אינם מקבילים זה לזה. בבניית האגף הצפוני נעשה שימוש בקמרונות צולבים בעלי מפתחים רחבים הנתמכים באומנות בנויות היטב. לעומת זאת האגף הדרומי בנוי מקמרונות צולבים צרים ללא אומנות. נראה אם כך שלמרות הדמיון בטכניקת בניית היסודות של שני האגפים, ניכר שהם לא בני זמן אחד ונראה כי האגף הדרומי הוא תוספת מאוחרת למבנה שבמהלך בנייתו הוסף מילוי אדמה נרחב לחצר כדי לפלס בין חלקה הצפוני לחלקה החדש מדרום.
מרבית שברי כלי החרס שנאספו בכל רובדי האדמה וריצוף המבנה הם מן התקופה העות'מאנית. נמצאו גם חרסים מהתקופה הממלוכית ומהתקופה האסלאמית הקדומה ואולי אף חרסים קדומים לה, אך על פי הכמות הגדולה של החרסים מהמאה הי"ט, נראה כי החרסים הקדומים הובאו עם מילויי האדמה מסביבות המבנה ואינם בהכרח קשורים למבנה הח'אן.
נמצאו גם כמה מקטרות חרס מהמאות הי"ח והי"ט וכן מטבע זהב המתוארך לשנת ה-30 לשלטונו של מחמוד ה-II (שנים 1839-1808, איור 10, צילום: דוד סלברמן), שנתגלה באזור הפתח לאולם הצפוני במילוי שהיה מעורב עם ממצאים מודרניים.