שטח A
השטח בחלקו הצפוני של האתר צמוד לקו החומה החיצונית לפי אהרוני (איור 1) וגובל באזורים שנחפרו בעבר על ידי אהרוני (1962) וברקאי (1984). אהרוני שיער שכאן עובר קו הביצור המזרחי של הרחבה הגדולה שנבנתה עם הארמון מתקופת הברזל, לפני המפגש שלו עם חומת הסוגרים הצפונית של הארמון. מטרת החפירה המחודשת בשטח היתה לבדוק אם אכן נבנתה הרחבה מצפון-מערב לארמון כחלק מהמכלול של תקופת הברזל, אם היה בנקודה זו קו ביצור חיצוני ואם היו באזור שרידים משלב היישוב הברזלי הקדום (שכבה Vb של אהרוני), שלמעט ידיות 'למלך' רבות, שברי כלי חרס וכמה קטעי קירות אין על אודותיו מידע.
במרבית השטח נתגלה כיסוי של אדמת מילוי (כמטר אחד עומק), על גבי שכבת אדמת טרה רוסה (כ-0.5 מ' עומק) שמתחתיה משטח סלע הקירטון הטבעי, מפולס לאחר שהוסרה ממנו כנראה שכבת הכיסוי של סלע הנארי. אל תוך פני הסלע שהוחלקו בתקופה קודמת נחצבו שישה עשר קברים מלבניים (איור 2) דרך שכבת הטרה רוסה. חמישה עשר מהקברים מקבילים זה לזה ומסודרים בכיוון צפון-צפון-מזרח–דרום-דרום-מערב (0.6 × 1.9 מ' גודל ממוצע). הקברים לא נחפרו ולכן תיארוכם המדויק לא הוברר. אפשר ששדה הקבורה משתייך למכלול הביזנטי באתר (שכבה II של חפירות אהרוני, המאות הה'-הו' לסה"נ), אך על פי הקבלות לקברים אחרים, ממצא כלי החרס והיחס ליתר מבני האתר, סביר שהוא משלב קדום, ושייך ליישוב מן התקופה הרומית המאוחרת (שכבה III של אהרוני, המאה הד' לסה"נ). בשוליים המזרחיים של השטח נמצאו קטעי קירות ותעלת ניקוז מטויחת משולבים בסלע הטבעי ובחציבות עמוקות ונרחבות בסלע. בעבר חפר כאן אהרוני ובהעדר פרסום לא ניתן לתארך במדויק את השרידים. מוצאה של התעלה המטויחת ככל הנראה במיתקן שלא שרד בחלק שחפר אהרוני מדרום. על פי אופי הטיח התעלה קדומה לתקופה ההלניסטית. קטעי הקירות שממזרח לתעלה נבנו בתוך תעלת יסוד שנמצאה בה קרמיקה ביזנטית, ולכן הם אינם קדומים לתקופה זו.
קיר הביצור המזרחי של חצר המצודה מן המאה הז' לפסה"נ על פי אהרוני לא נמצא, ולא קירות מבנים השייכים לשלב קיומה של המצודה או ליישוב קדום יותר. הרחבת השטח מזרחה וצפונה בעתיד תאפשר לקבוע אם אכן האזור היה חלק מחצר חיצונית בנויה, אם הוא היה מבוצר בקיר חיצוני ואם התקיים בו יישוב קדום לבניית המצודה במאה הז' לפסה"נ.
 
שטח B
נחפר חתך שכיוונו צפון–דרום (5 × 25 מ'), במרכז חלקה הצפוני של הרחבה שלפי אהרוני הוקמה ופולסה בשלב בניית המצודה משלהי תקופת הברזל (שכבה Va של אהרוני). מטרת החפירה היתה לבדוק אם אכן בשלב כלשהו בתולדות האתר נבנה קיר שנועד לתחום מצפון את החצר החיצונית ואם הונחו לצדו מילויים שנועדו לפלס את פני השטח וליצור חצר רחבה ומפולסת במורד הצפוני של הגבעה. מטרה נוספת היתה לבדוק את הטופוגרפיה הטבעית המקורית של הגבעה לאחר ששכבות היישוב שינו אותה לחלוטין ואת שאלת קיומם של שרידי יישוב קדומים לארמון ולמצודה שנבנו במהלך המאה הז' לפסה"נ (שכבה Vb של אהרוני, שממנה שרדו טביעות 'למלך' רבות, חותמות פרטיים וכלי חרס).
השלמת החתך עד לסלע הבהירה את הטופוגרפיה הטבעית במורד הצפוני של הגבעה שעליה הוקם האתר בתקופת הברזל. בשני הריבועים הדרומיים של החתך נמצא הסלע  סנטימטרים אחדים מתחת לכיסוי האדמה של פני השטח. גם כאן כמו בשטח A, היו פני הסלע מוחלקים וללא כיסוי 'נארי'. נראה כי היישור וההחלקה נעשו על פני שטחים נרחבים של האתר, לניצול מחשופי ה'נארי' לצורכי בנייה. בריבוע המרכזי נמצאה תעלת קשר חצובה בסלע ועמדת מקלע שזמנם מלחמת השחרור או מעט אחריה. בתעלה שחצתה את מרכז השטח ופגעה בחלק מהממצאים הקדומים נמצא מילוי גדול של חרסים, שברי פריטים ארכיטקטוניים וממצא אחר שהושלך למקום במהלך מיון כלי החרס בחפירות אהרוני, פריטים רבים נושאים מספרי רישום. תעלת הקשר המודרנית נחצבה בקצה המדרון המתון של הגבעה; צפונה נעשה המדרון תלול והסלע נמצא בו בעומק הולך וגדל מתחת לכיסוי האדמה המודרני (עד לשני מטרים). בצפון החתך, במורד המדרון שמתחת לתעלת הקשר המודרנית, נתגלתה מחצבה בת תקופת הברזל המשלימה את ממצאיו של אהרוני: חציבות דומות בסלע נתגלו על ידו בעבר בכל מקום שבו נבדקו פני הסלע לאורך המדרון המערבי של הגבעה, ובמיקום דומה לזה של המחצבה שנמצאה בעונה זו. כלי החרס שנמצאו בתוך המחצבה מעידים כי חציבתה נעשתה בשלהי המאה הח' או במהלך המאה הז' לפסה"נ. מתקופה זו נמצאה גם ידית קנקן בלוקוס לא משוכב ועליה טביעת חותם פרטית 'אחזיה / ו תנחם'. טביעות חותם זהות נמצאו במצפה, בלכיש, בבית שמש וטביעה נוספת נרכשה בשוק העתיקות (N. Avigad & B. Sass, Corpus of West Semitic Stamp Seals, Jerusalem, 1997: 244-245 [num. 665])
 
בתקופה הביזנטית או הרומית המאוחרת נחצבו אל תוך פני הסלע תשעה קברי כוך (0.60 × 1.78 מ' בממוצע); שישה בכיוון צפון-צפון-מערב–דרום-דרום-מזרח ושלושה בכיוון מזרח–מערב, עם נטייה קלה צפונה. קבוצת הקברים היא המשכו של שדה הקבורה משטח A ולפיכך תיארוכם דומה. גם כאן נראה ששדה הקבורה נחצב לאחר שפני הסלע הוחלקו ולאחר שציפוי הנארי הוסר בפעילות חציבה בתקופות קדומות.
הקיר המשוער שתוחם את חצר המצודה החיצונית מצפון לא אותר וכן לא נמצאו שרידי יישוב או מילוי מתקופת הברזל.

שטח C1
השטח בדרום-מערב האתר נחפר בהמשך לחפירות אהרוני בניהולו של מ' בן-דב (1963) וג' ברקאי (1984) שחשף מקווה טהרה גדול סמוך; שם שחזר אהרוני את הפינה הדרומית-מערבית של המצודה מתקופת הברזל (איור 1). תוצאות החפירה של אהרוני באזור לא פורסמו ולא ניתן לשחזר את השכבות שהוסרו. בלב השטח נעשו לפני כמה שנים פעולות שימור והוצב פסל שנועד לציין את פינת המצודה הקדומה. בסיס הפסל ויציקת התמיכה שלו לא הוסרו משיקולים בטיחותיים, תכנוניים ותיירותיים, ולכן לא ניתן לדעת מה נמצא מתחתם.
 
עיקר הממצא בשטח קשור למערכת להובלה ואגירה של מים (איור 3), ואולי גם למיתקן תעשייתי שתכליתו עדיין לא ברורה. נחשפו שרידי ארבע בריכות מטויחות, שני מרזבים מקורים ומטויחים ותעלה מקורה ומטויחת. נראה כי למערכת הבריכות והתעלות לפחות שני שלבים.
 
אזור הבריכות הונמך בחציבה ממפלס המצודה של שלהי תקופת הברזל. גם הבריכות נחצבו לתוך הסלע, ובמקומות אחדים הושלם מתארן בבנייה. הבריכות מטויחות בשכבות רבות של טיח בכל צדדיהן. מפלס בריכות 1 ו-2 גבוה מזה של שתי הבריכות האחרות ומרזבים מקורים הזרימו מהן מים אל הבריכות התחתונות. נראה כי הבריכות הן חלק ממערכת נרחבת יותר ורב-שלבית, שהיקפה יתברר עם הרחבת שטח החפירה בעונה הבאה.
 
התעלה המקורה נחצבה אל תוך בריכה 3 והוציאה אותה משימוש. היא נוקתה בחפירות קודמות ונוקתה מחדש בעונה זו (איור 4). התעלה חצובה לתוך הסלע, דופנותיה מטויחות והיא מקורה בלוחות אבן גדולים. אורכה כ-9.2 מ' בכיוון מזרח–מערב, היא פונה בזווית ישרה צפונה ונמשכת עוד כ-4 מ', שם היא חסומה או שחציבתה הופסקה (1.55 מ' גובה כמעט למלוא האורך, כ-0.5 מ' רוחב ממוצע). ניתן לשער שבמדידה ובבנייה של המערכת שימש תקן האמה הברזלית הארוכה. כ-7.5 מ' מהקצה המזרחי הושאר פתח רבוע בתקרת התעלה ששימש כנראה לתחזוקתה. מוצא התעלה לא אותר.
 
עדיין לא ניתן לתארך את זמנה של המערכת ואת הקשר שלה למכלול המבנים מתקופת הברזל. אם יתברר שהיא היתה חלק ממכלול המבנים משלהי תקופת ברזל, יהיה בכך שינוי בתפיסת מתארה של המצודה על פי אהרוני.
שטח C2
השטח בחלקו המערבי הגבוה של האתר, מצפון לשטח C1 ובקצה השלוחה הצופה צפונה, מערבה ודרומה, שולט על הדרך הראשית העוברת לרגלי הגבעה ומוליכה מירושלים לבית לחם, ונישא מעל לכל החלק העליון של נחל רפאים. השטח נמצא בגבול המערבי של חפירות אהרוני ומעט מערבה (איור 1). אהרוני שיער שכאן הקיר המערבי של המצודה משלהי תקופת הברזל. מטרת החפירה היתה לחשוף מחדש את שרידי קירות המצודה שאהרוני חשף בעבר, לעמוד על תוכניתם ועל זמנם ולבדוק אם ישנם שרידים בני התקופה ממערב לקיר הסוגר המשוער. בעונות הבאות יורחב שטח החפירה מזרחה לבחינת הקשר של חלק זה של המצודה הברזלית לשרידים האחרים משלהי תקופת הברזל (הארמון והחצר).
 
בשולי השטח המערביים נחשפו שלוש קבורות חצובות בסלע. שניים מהקברים מלבניים (0.5 × 1.9 מ'; 0.6 × 1.7 מ'), וכיוונם דומה לזה של הקברים החצובים בשטחים A ו-B. הקבר השלישי קטן יותר (0.5 × 1.1 מ'), ונמצאה בו תיבה עשויה עופרת (איור 5) ובתוכה שיני חלב של ילד או ילדה, שני תכשיטים עשויים זהב ועצם וארבעה מסמרי ברזל. מידות התיבה (0.5 × 0.8 מ', 0.3 מ' עומק) מרמזות ששימשה לקבורת ילד.
 
נחשפו חלקים נוספים של הקיר, שלפי אהרוני תחם את המצודה ממערב (WC50; איור 6). הקיר בנוי אבני שדה קטנות שהנחתן יצרה משטח בגובה אחיד: במקומות שבהם פני הסלע שקועים הונחו שלושה  נדבכי אבן ובמקומות שפני הסלע גבוהים, הם שולבו בבסיס הקיר. לא נמצאה רצפה המיוחסת לקיר. סביר להניח שהרצפה היתה במפלס גבוה שלא השתמר והקיר הנראה היום שימש יסוד מתחת למפלס הרצפה. עם זאת, זוהו כתמי גיר כתוש אשר נמרחו על גבי סלע האם, אולי בניסיון להשטיחו ולהחליקו לקראת שימושו כתשתית לרצפה. עד עתה לא נמצאו קירות או רצפות ממערב לתוואי קיר 50 ולכן אין ראיות לכך שהמצודה מתקופת הברזל נמשכה מערבה.
 
שטח D
השטח בחלקו הדרומי של האתר, מדרום לבריכת המים המודרנית של הקיבוץ (איור 1), לא נחפר בעבר, והוא סמוך לארמון משלהי תקופת הברזל, ל'מצודה הפרסית' ששחזר אהרוני, ובקו הבנייה של הקיר הקדום של המצודה (שכבה Vb) שנחשפה בחפירות אהרוני. מטרת החפירה בשטח זה היתה לבדוק את הסטרטיגרפיה של התל על כל שלביה, לאתר את המשך הקירות מתקופת הברזל ומהתקופות הפרסית וההלניסטית, שנחשפו בשטחים הסמוכים בחפירות אהרוני, ולעמוד על תוכנית האתר בתקופות אלה. ההנחה היתה שזהו המרכז האדמיניסטרטיבי מהתקופות הפרסית וההלניסטית, מקור שפע טביעות החותם שנמצאו באתר מתקופות אלה.
בעונת החפירות הראשונה נפתחו ארבעה ריבועים ונחשף בהם מקבץ צפוף של קירות ורצפות משלושה שלבי בנייה לפחות, כולם התאפיינו בבנייה ציבורית באיכות גבוהה ובממדים מרשימים.
בחלק הצפוני של השטח נמצאו מרצפות אבן גדולות וקטעי קירות המתוארכים הן לתקופה הרומית המאוחרת (שכבה III של אהרוני) הן לתקופה הביזנטית (שכבה II). על גבי המרצפות נמצאה מטבע מן התקופה העבאסית (איור 7). זהו עד כה המטבע המאוחר ביותר שנמצא באתר והוא מתארך את שלב היישוב האחרון שהתקיים בו.
 
בחלקו הדרומי של השטח נחשפו קירות מבנה ציבורי גדול (איור 8), קבור תחת מפולת אבן גדולה; רצפתו טרם נחשפה למלוא אורכה. בחתך שנעשה בחלקו המזרחי של המבנה אותרה הרצפה, שעליה מונחת אבן סורג גדולה. ברצפת המבנה שולב מיתקן מטויח ועליו כיסוי לוחות אבן גדולים במיוחד. מוקדם עדיין לתארך את המבנה או לעמוד על תוכניתו. בעונה הבאה יורחב שטח החפירה דרומה ומזרחה כדי להתחקות אחר קירות המבנה.