מטרות החפירות היו ארכיאולוגיות וחברתיות: להתחקות אחר תולדות היישוב, גודלו ואופיו וכן לעודד את מעורבות הקהילה בחקר האתר, טיפוחו ושימורו ולמצוא דרכים חדשות ליצירת זיקה בין תושבי האזור לאתר העתיקות הסמוך לביתם.
נפתחו שלושה שטחים (A1-3; איורים 1, 2) הפרושים על כל שטח החורבה. עד כה נחשפו שרידים ארכיטקטוניים רק משכבת היישוב המאוחרת שבשטח A3. במילויי העפר המכסים את שטח החורבה נמצא ממצא קרמי ונומיסמטי רב המסייע בתיארוך תקופות היישוב באתר. ניתוח ממצאי החפירה מעלה שבמקום התקיים יישוב בשלושה פרקי זמן עיקריים: התקופות ההלניסטית המאוחרת, הביזנטית-אומיית והממלוכית.

התקופה ההלניסטית המאוחרת (המאות הב'-הא' לפסה"נ)
הממצא הקרמי מתקופה זו כולל מעט קערות, קנקנים ונרות, רובם מתוצרת מקומית. ראויים לציון שבר גוף של נר חשמונאי מקופל וידית מקופלת, מחופה אדום, של נר סגור עשוי באובניים – כנראה חיקוי מקומי של נר הלניסטי מיובא. נרות מטיפוס זה נדירים ודוגמאות אחדות התגלו במערת קבורה יהודית בנחל דוד בעין גדי, אשר תוארכה למאה הא' לפסה"נ (לא פורסם). הממצא הנומיסמטי מתקופה זו כולל שלושה מטבעות סלווקיים (אנטיוכוס הג', אנטיוכוס הד' ואנטיוכוס הז') ושני מטבעות של אלכסנדר ינאי. כמו כן נתגלה שלא באתרו תליון ברונזה קטן, כנראה מן התקופה ההלניסטית-רומית, המתאר את האל המצרי הורוס הרפוקרטס (איור 3).
 
התקופה הביזנטית-אומיית (המאות הה'-הח' לסה"נ)
במהלך הסקר המקדים נמצאה אבן גזית גדולה המעוטרת בשני צלבים שמקורה כנראה במבנה כנסייה או מנזר (ר' חדשות ארכיאולוגיות 117). בחפירה נמצאה כמות גדולה של אבני פסיפס לבנות וגדולות. ממצא כלי החרס גדול מאוד וכולל הן כלים מקומיים הן כלי ייבוא. הכלים מתוצרת מקומית הם נרות (רובם מטיפוס 'המנורה'), קערות ממשפחת ה-Fine Byzantine Ware (FBW) (איור 4: 4-1), קדרות (איור 4: 5), סירי בישול, קנקנים, פכים וכן שברי רעפים. כלי הייבוא הם קערות מיובאות מחופות אדום (Late Roman Red Ware [LRRW]) המיוצגות בעיקר בקערות ממערב אסיה הקטנה (LRC; איור 4: 10-6), לעתים עם עיטורי צלב (איור 4: 11, 12) וכן בקערות שמוצאן מאפריקה (ARS; איור 4: 13), מקפריסין
(CRS; איור 4: 14) וממצרים (ERS; איור 4: 15). לתקופה זו שייכים גם שברי כלי זכוכית רבים: קערות, גביעי יין, בקבוקים ופכיות. הממצא הנומיסמטי מתקופה זו כולל ארבעה מטבעות מסוף המאה הד'–ראשית המאה הה' לסה"נ וכן שני מטבעות מהמאות הו'-הז' לסה"נ.
 
התקופה הממלוכית (המאות הי"ג-הט"ו לסה"נ)
בכל הריבועים בשטחA3  נחשפה שכבת יישוב המתוארכת לחלקה המאוחר של התקופה הממלוכית. שרידים ארכיטקטוניים נמצאו בשני ריבועים והם כוללים מפולות אבן, תעלות שוד של קירות ורצפה (2.5X2.5 מ' בקירוב) העשויה אדמה קשה ומהודקת. סמוך לרצפה נחשפה מפולת אבנים ובתוכה מכלול קרמי הומוגני בן התקופה (איור 5): נרות עשויים בדפוס המעוטרים בדגמים גיאומטריים, קערות, מיעוטן מזוגגות, חלקן עשויות ביד וחלקן באובניים, קנקנים ופכים, רובם עשויים ביד. רוב הכלים העשויים ביד מעוטרים בכל שטחם בעיטור גיאומטרי צפוף בגווני אדום וחום המשוח לרוב על חיפוי צהבהב. כלים מעוטרים מטיפוס זה מופיעים לראשונה כבר במאה הי"ב לסה"נ והם נפוצים גם במהלך התקופה העות'מאנית. הממצא הנומיסמטי מתקופה זו כולל מטבע איובי אחד מימיו של אלמלכ אלעאדל, אחיו של צלאח א-דין, ושלושה מטבעות ממלוכיים שבשל השתמרותם הגרועה לא ניתן לתארכם במדויק.

שכבת היישוב מהתקופה הממלוכית היא השכבה העליונה באתר ותחתיה שרידים קדומים מהתקופות ההלניסטית המאוחרת והביזנטית-אומיית. נראה שעיקר היישוב הממלוכי התקיים בחלקה הדרומי של החורבה (שטח A3) ואילו בתקופה הביזנטית-אומיית, ואולי אף בתקופה ההלניסטית המאוחרת, התקיים היישוב בחלקה הצפוני של החורבה (שטחים A1-2).
חורבת שר סמוכה מאוד לאתר אום אל-עומדאן, שבו היה יישוב מרכזי בתקופה ההלניסטית המאוחרת (החשמונאית) וייתכן שהיא יישוב בת של אום אל-עומדאן או שימשה עורף חקלאי שלו.
הממצא הקרמי הרב מהתקופה הביזנטית-אומיית וכן אבן הגזית המעוטרת בצלבים מעידים על יישוב נוצרי שהתקיים במקום שכלל כנראה כנסייה או מנזר.