האתר שנחפר נמצא כמה מאות מטרים מבית הכנסת מהתקופה הביזנטית, בשולי חלקת 'המחצבה', שבה נראו בסקר פני קירות מאבני גוויל, חרסים ושכבת אפר (איור 1). בשנת 1984 נערכה במקום בדיקה על ידי המחבר; נחשפו ראשי קירות ונאספו חרסים ושברי 'כלי מידה' עשויים מאבן גיר רכה, השכיחים בימי הבית השני.
 
בשלוש עונות החפירה נחשף מכלול מבנים, שבו שני מבני מגורים שלמים צמודים זה לזה: 'בית החלוקים' ו'הבית הצפוני' (איור 2), שאליהם משיקים מבנים נוספים מדרום, ממערב ומצפון. ממזרח למכלול נחשפו קירות היוצרים את 'בית צוקים' (איור 3). קירות המבנים בנויים מאבני גוויל עם טיט בוץ (0.6 מ' רוחב ממוצע, כ-1 מ' גובה השתמרות). החלק העליון של הקירות נבנה מלבני בוץ מיובשות בשמש, שהתפוררו לאחר חורבן האתר ומילאו את חלל המבנים. טיח בוץ ציפה את הקירות, הרצפות והתקרות. התוכנית הכללית של מבנה מגורים כוללת חצר וחדר מגורים.
 
תוכנית 'בית החלוקים' מלבנית (כ-9X11 מ') ובו שתי יחידות מגורים: בית החלוקים והמעון המערבי. הכניסה לחדר המגורים (לוקוס 2012) היא מן החצר (לוקוס 3014) שבה נחשפו שישה תנורים וכירה אחת, המעידים על שימוש ממושך במבנה (איורים 4, 5). גם בחדרי המבנים נמצאו כיריים. בחצר המעון המערבי נחשפו ממגורה, תנור וכיריים ולידם כלי חרס מנופצים (איורים 6, 7). מתחת לרצפת החדר נחשף מיתקן שטיבו טרם הוברר (לוקוס 3024; איור 8).
 
'הבית הצפוני' גם הוא מלבני (6X11 מ') ובו חצר קדמית (לוקוסים 1004, 3025), חצר פנימית (לוקוס 2025) וחדר מגורים (לוקוס 3017). בחצרות נחשפו תנורים וכיריים. בחדר נמצאו כיריים ומתחת לרצפת החדר נמצאו שתי תעלות ניקוז צרות.
 
מ'בית צוקים' נחשף רק חדר אחד (3.5X4 מ') שממנו נמשכים קירות לדרום.
 
במכלול כלי החרס היו בעיקר כלי בית ומטבח כגון קנקנים, פכים, פכיות שלהן ידית מעוותת וקעריות חרוטיות. כלים מעטים נמצאו שלמים באתרם, מרביתם סירי בישול שנטמנו מתחת לרצפות, לעתים עם אבן כיסוי (איור 9). נמצאו כמה חרטומים מקורצפים של נרות הרודיאניים ושני נרות שלמים, נר הרודיאני ונר אפור שכמותו נמצאו בעין גדי ובמצדה.
 
בכל שטח החפירה נמצאו שברים רבים של כלים העשויים מאבן גיר רכה, 'כלי מידה', בעיקר קעריות כדוריות העשויות במחרטה, ספלים מקורצפים, ומעט אגנים רבועים (איור 10). כמו כן נמצאה משקולת מאבן גיר, מנה. נמצאו מעט אבני חול נוביות, אבן אחת שימשה אבן משחזת והיתר אבני בנייה.
 
בכל שטח החפירה נמצאו שרידי עצים מפוחמים, מרביתם קורות של דקל התמר, וכן אשל, שיזף ועצים מיובאים.
 
ליד פתח הכניסה ל'בית החלוקים' נמצאו מסמרי ברזל גדולים שנותרו כנראה משרפת הדלת. במעון המערבי ובבית הצפוני  נמצאו ריכוזי מסמרים גדולים ורבים עם הרבה עצים מפוחמים.  עוד נמצאו להבי ברזל של סכינים ושבר קטן של להב משור.
 
בכל שטח החפירה נמצאו נטיפות עופרת זעירות רבות ונתכי עופרת המעידים על המסה בחום, ככל הנראה משרפת האתר. עם זאת נמצאו שתי משקולות עופרת ריבועיות (איור 11).
 
נמצאו מעט מסמרי ברונזה וידית ברונזה של פך רומי.
נמצאו כמה מאות מטבעות ברונזה, מחציתן פרוטות של אלכסנדר ינאי, וכן מעט מטבעות הלניסטיים וכמה מטבעות כסף, ביניהם שקל צורי ומטבעות נבטיים.
 
האתר חד-שכבתי וחד-תקופתי. מתברר כי מבני המגורים נמשכים צפונה ומערבה מן המבנים שנחשפו. בחצרות הבתים נמצא מספר רב של תנורי בישול וכיריים המעידים על חיי היום-יום באתר בימי הבית השני וממחישים את קיום דיני ההלכה העוסקים בתנור וכירה. עובי שכבת החיים מגיע לחצי מטר. בקירות הבתים נראים שינויים או תיקונים המעידים על קיום ממושך של מבני המגורים.
 
תושבי המבנים היו ככל הנראה אנשים פשוטים, אולי פועלי הנווה שהשתמשו במעט מאוד כלי זכוכית ולא השתמשו בכלי חרס מיובאים. ייתכן כי 'כלי מידה' היו הכלים היחידים שיובאו לעין גדי. האתר נחרב ונשרף במאה הא' לסה"נ, כך לפי כלי החרס, נרות החרס והמטבעות שהמאוחרים שבהם משנה ב' של המרד ברומאים, 67 לסה"נ.
 
שרידי יישוב משלהי תקופת הבית השני נחפרו בעין גדי לראשונה בשנות השישים על ידי ב' מזר שחשף בתל גורן בניין מגורים הרודיאני ובית מרחץ רומי במטע התמרים הסמוך. ליד בית הכנסת מן התקופה הביזנטית, במקומות הבודדים שבהם העמיקו החופרים (הירשפלד י', קדמוניות 128: 65-64) אל מתחת לשכבת החיים הביזנטית, נמצאה שכבת חיים מתקופת הבית השני. בחפירה סמוך לבית הכנסת (הדס, עתיקות 49: 71-41), נחשפה שכבת חורבן הכפר מתקופת בר כוכבא.