שטח G – תקופת הברזל הקדומה
בעונת 2002 החלה לעבוד באתר משלחת של מכון ויצמן למדע במטרה לבדוק בזמן החפירה יישומים של דגימות סדימנטים בקנה מידה נרחב, לשם הבנה וניתוח של מיקרו-סטרטיגרפיה בחתכים בתל וכדי לאפשר משוב מיידי בין תוצאות הבדיקות המינרלוגיות לתהליך החפירה. בשנים 2003-2002 נלקחו הדגימות בעיקר ממחשופים קיימים, הן מחתכים אנכיים ('בנקטים') הן ממחשופים אופקיים. השנה נבחר ריבוע חפירה אחד בשטח G לשם חפירה אטית שמטרתה העיקרית היתה יישום הבדיקות המינרלוגיות.
 
החפירה התמקדה בחדר אחד, בצד המערבי של מבנה החצר של שטח G, שהוא המכלול האדריכלי העיקרי בשטח במהלך תקופת הברזל הקדומה. בחפירה נחשפה השכבה הלבנה שנתגלתה בחדר זה כבר בסוף העונה הקודמת (איור 1). השכבה שעל פי מראית עין פורשה כרצפת סיד/גיר לבנה, התבררה כמצבור אופקי של שכבות פיטוליתים (השלד המינרלי של צמחים, המורכב בעיקר מן המינרל אופל) שעוביין מסנטימטרים ספורים עד חלקי מילימטר (עובי סך ההצטברות כ-20 ס"מ). מקורם של הפיטוליתים בעשבים חד-שנתיים, בחלקם פורחים, עדות לצמחים שנאספו באביב. את הנפח המקורי של החומר הצמחי בחדר אפשר לחשב על פי ניסויים בחומר צמחי בן ימינו: מתברר שאחרי היעלמות החומר האורגני מן החומר הצמחי, נפח המשקע שנותר (בעיקר הלא-אורגני) הוא כ-3% מן הנפח המקורי. שכבה של סנטימטרים ספורים של פיטוליתים, מייצגת אם כן הצטברות חומר צמחי בגובה של מטר אחד בקירוב. משטחי הפיטוליתים האופקיים היו בעבר ערמות גדולות של חומר צמחי. 'רצפת הגיר' אם כך איננה רצפה כלל, אלא הצטברות חומר צמחי (על מפלס חיים עשוי אדמה). עדות לכך אפשר למצוא באבנים ובכלי חרס (כולל קערה שלמה אחת) שנמצאו בין אופקי הפיטוליתים ובתוכם. נראה אם כן שרצפות 'לבנות דקות' רבות, בדור ובאתרים אחרים כלל אינן רצפות אלא שרידי הצטברויות של חומר צמחי.
 
באחת מפינות החדר, מעל לשכבות הפיטוליתים, הובחנה הצטברות אופקית נוספת של פיטוליתים. בבדיקה מיקרוסקופית התברר כי הפיטוליתים של שכבה זו מקורם משעורים בלבד, שהיו ככל הנראה מאוגדים בחבילות קטנות.
 
לתופעת הפיטוליתים ייתכנו כמה הסברים ונדרשות בדיקות נוספות להכריע ביניהם. ייתכן שזהו חדר שאוחסן בו מזון לבעלי חיים. השכבות מייצגות אולי קציר של כמה עונות או כמה שנים. ייתכן ששכבות הפיטוליתים העליונות מקורן בהתמוטטות של גג סכך ואולי היה סכך עשוי שעורה מעל חדר שאוחסנו בו צמחים אחרים. ייתכן גם כי זוהי מכלאת בעלי חיים וכל הפיטוליתים מקורם בגללים שהצטברו, או אולי נשמרו כאן גללים לצרכי בנייה (טיוח למשל) או לשימושים אחרים (למשל חומר בערה) – כולם שימושים מוכרים היטב מן המחקר האתנוגרפי.
מתחת להצטברות הפיטוליתים נחשפה רצפת אבנים לא מהוקצעות (איור 1). ריצופי אבן בתקופת הברזל הקדומה בדור הם תופעה נדירה (בכלל זה במבני ציבור גדולים). במבנה החצר בשטח G הריצוף היחיד שהיה מוכר עד עתה הוא בחצר המבנה ולכן יש בריצוף כאן רמז לכך שגם המרחב שנחפר השנה הוא מרחב קטור. למרבה ההפתעה, בבדיקה שנעשתה מתחת לאבנים התגלתה שכבה נוספת של פיטוליתים.
 
על סמך הסטרטיגרפיה וכלי החרס יש לשייך את הצטברות הפיטוליתים לשלב 9 בשטח זה (החלק המאוחר של תקופת הברזל 1א לפי המינוח הנהוג בדור). שלב זה מסתיים בחורבן, שבחדר זה מעידים עליו מעט כלי החרס שנתגלו באתרם (בחלקים הדרומיים של השטח יש גם עדות לשרפה עזה). ריצוף האבן  ניגש לקירות של שלב 10 (החלק הקדום של תקופת הברזל 1א).
בסינון ההצטברות שמעל לשכבת הפיטוליתים התחתונה נתגלו עשרות חרוזים זעירים דמויי דיסקוס (1 מ"מ קוטר), חלקם עשויים מתכת וחלקם עשויים חומר סיליקטי (החומרים טרם זוהו) וכן חרוזי אבן (כ-3 מ"מ גודל).
כמות הפיטוליתים הגדולה (כאן ובשטחים אחרים בדור) משמשת בין השאר לתיארוך בשיטת פחמן 14 חדשה שפותחה במכון ויצמן.
מעל לשרידים אלה, בהכנת השטח לחפירה, נחשף קטע קטן של רצפה משלב 6 (תקופת הברזל 2א), שהיא חלק של חדר שנחפר כבר בעבר והוא המכלול העיקרי משלב זה בשטח
G. נתגלו קנקן באתרו, שקוע ברצפה, כלי חרס קיפריים מסוג 'שחור על אדום' ואבן שחיקה מבזלת.
 
שטח D2 – תקופת הברזל המאוחרת והתקופות הפרסית-הלניסטית (איור 2)
החפירה התמקדה בחמישה ריבועים מצפון וממערב למרכז השטח שנחפר בעבר (עד לסלע האם). מטרת החפירה בריבועים אלה היתה להנמיך ולדרג את החתכים הגבוהים שבשולי השטח המרכזי ותוך כך לבחון סוגיות הנוגעות לתקופת הברזל המאוחרת ולמעבר לתקופה הפרסית.
 
תקופת הברזל המאוחרת
בחפירתו של א' שטרן נחשפה במערב החלק המרכזי, העמוק של שטח D2 פינה חיצונית של מבנה גזית (1 × 0.5 × 0.5 מ' גודל אבנים) שנשתמרו ממנו שני נדבכים בלבד, כנראה נדבכי יסוד. ממזרח לו, מעל שכבת תקופת הברזל 2א (שלב 8b),משתרעת רצפה לבנה גדולה שטיבה טרם הוברר (שלב 7), שחותכים אותה בורות רבים (שלב 6). על הרצפה התגלו שברי כלי חרס מעטים השייכים כנראה למאה הח' לפסה"נ; הבורות שייכים בחלקם לפחות, למאה הז' לפסה"נ, אך לא הובהר סופית התאריך של הרצפה הגדולה וכן לא התברר היחס הסטרטיגרפי בינה לבין מבנה הגזית. בעונה זו נפתחו ריבועים בתוך מבנה הגזית ומחוצה לו. נחשפו כמה רצפות כורכר, חלקן מעל ריצוף אבן. היחס בין הרצפות למבנה הגזית טרם התברר סופית; הן ככל הנראה מאוחרות למבנה, בשני מקומות נראה שהן עולות על אבני הגזית שלו. כמו כן נתגלה אגן שקוע שנמצאה בו כמות גדולה של זרעים מפוחמים. על הרצפות לא נתגלה מספיק ממצא מתארך. שברי החרסים המעטים שנמצאו (כולם מלוקוסים לא חתומים) נראים שייכים לתקופת הברזל 2 א/ב. עניין זה והמשך חשיפתו של מבנה הגזית יתבררו בעונות הבאות.
ריצוף האבן שנזכר לעיל נחתך על ידי בור שבתוכו נתגלה קנקן באתרו, מן המאה הז' לפסה"נ. בור זה הוא חלק מסדרה גדולה של בורות מן המאות הח' והז' לפסה"נ, כנראה שרידים של אזור תעשייה. הבור הגדול במערכת זו הוא בור ענק (כ-4 מ' קוטר, יותר מ-3 מ' עומק) שבעונה זו נחפר חלקו הצפוני. בבור התגלו, גם בעונות קודמות, כמויות גדולות מאוד של כלי חרס מן המאה הז' לפסה"נ, בעיקר קנקני מסחר פניקיים ופכים, וכן מעט כלי חרס בסגנון אשורי. עם כלי החרס התגלו סיגי מתכת רבים, כנראה של נחושת, גושי קוורץ מזוגג, פסולות תעשייה אחרות וכן קרן ושנהב מעובד.
הפעילות באזור התעשייה נפסקה באמצע המאה הז' לפסה"נ בקירוב או מעט מאוחר יותר. אופי המעבר מתקופת הברזל לתקופה הפרסית בדור נתון במחלוקת. נעשה ניסיון לברר מתי נבנתה לראשונה אינסולת המגורים מעל אזור התעשייה. בכמה לוקוסים נמצאה קרמיקה מעורבת של סוף תקופת הברזל והתקופה הפרסית, אך לא ניתן היה להגדיר במפורש שלב מעבר כיוון שאף לוקוס לא נמצא חתום.

התקופות הפרסית וההלניסטית
בתעלות השוד הרבות ובתעלות היסוד של שלב 5 מן התקופה הפרסית, שנחפרו בעונה זו, ניתן היה לאשש את הסטרטיגרפיה הבסיסית של שלושה תת-שלבים (5c-5a). שלב 5 הוא השלב הקדום ביותר שבו נבנתה בתל עיר בתכנון אורתוגונלי, אולם עקב שוד רב נותרו בו שרידי קירות ורצפות בלבד. על פי תעלות השוד של קירות שלב זה אפשר להסיק שחלקם היו בנויים בשיטת הבנייה ה'פניקית' המשלבת לסירוגין קטעי גוויל וגזית. מתחת לאחת הרצפות של שלב 5 נתגלה חתום אחד הממצאים החשובים – טטרדרכמה אתונאית מכסף שיש לתארכה ככל הנראה לאמצע המאה הה' לפנה"ס. לא ברור אם זו הרצפה הקדומה ביותר של שלב 5 אך המטבע שייך ללא ספק לשלב קדום יחסית ברצף שכבות התקופה הפרסית בדור. זהו חיזוק נוסף לרושם המתקבל שפריחת ההתיישבות הפרסית בדור מאוחרת יחסית (אמצע המאה הה' לפסה"נ?), כך שהפער לכאורה בין תקופת הברזל לתקופה הפרסית מתרחב לכדי מאתיים שנה.
עוד נמשך בעונה זו פירוק אחד מקירות הגזית המסיביים של שלב 4b הקשור סטרטיגרפית לשלב 4 בשטח D1, שם נבנה בשלב זה מבנה הציבור שכונה 'הארמון הפרסי' (ר' להלן). זה מכבר התברר שה'ארמון' איננו פרסי אלא הלניסטי; פירוק הקיר בשטח D2 אישש קביעה זו – נמצאו בו שברי כלי חרס הלניסטיים.

שטח D1 – התקופות ההלניסטית והרומית
השטח הורחב מזרחה וצפונה בתשעה ריבועי חפירה חדשים שנועדו לחבר את שטחים D2 ,D1. כן נמשכו בדיקות מצומצמות בריבועים שנחפרו בעבר.
 
התקופה ההלניסטית
נמשך בירור היחס הסטרטיגרפי בין קיר הגזית הגדול הבנוי ראשים ופתינים שכיוונו מערב–מזרח, המוכר משלב 4b בשטח D2 (לעיל) לבין מבנה הציבור הגדול שבשטח D1. התברר מעל לכל ספק שהפינה הצפונית-מזרחית של המבנה הגדול ניגשת לקיר הגזית. המבנה מאוחר על כן, ולוא קונסטרוקטיבית, לקיר הגזית. לפיכך לא זו בלבד שאינו פרסי (עניין זה הוברר כבר בעבר) אלא שאף אינו קדום במיוחד בתוך התקופה ההלניסטית (איור 3).
מעל המפגש שבין החלק המזרחי של ה'ארמון הפרסי' לחלק המערבי של קיר הגזית הגדול נחשפה הפינה הדרומית-מערבית של מבנה רומי גדול (להלן). רוב קירותיו נשדדו אך גבולותיו עדיין ברורים וניתן להבחין בחדרי שירות קטנים שנבנו מחוצה לו (איור 4).
 
התקופה הרומית
הישר מתחת לפני השטח התגלה מבנה גדול מן התקופה הרומית המאוחרת, שקירותיו עבים מאוד ובמצב השתמרות גרוע, ושבחלקו מרוצף ברצפות בטון עבות. במערב המבנה שורת חדרונים קטנים (1 × 1 מ') וממזרח להם שלושה מרחבים מאורכים שכיוונם מזרח–מערב (איור 5). הדרומי מרוצף באבני פסיפס לבנות גדולות; ברצפה שולבה אבן עגולה גדולה, אולי בסיס עמוד או ים של בית בד בשימוש משני. המרחב המרכזי רוצף בבטון ובתשתית הריצוף שלו נמצאה תעלת מטויחת שחיברה אותו למרחב הדרומי. החלק הצפוני הוא מעין מסדרון שגם בו תעלת ניקוז והוא מוביל לחדר נוסף במזרח שלא נחפר. מצפון לו שורת חדרונים נוספת, שגם היא כמעט ולא נחפרה. 
בכמה מקומות במבנה נמצאו עדויות ברורות לשני שלבי בנייה (1, 2). נראה שהשלב התחתון בנוי גזית ואילו קירות שנוספו או תוקנו בשלב השני נוצקו בטון. במרחב הדרומי נתגלו שרידים של צינורות חרס ואריחי היפוקאוסט רבועים. אריח אחד נמצא באתרו וטביעות אריחים התגלו ברצפה.
שתי השערות עלו בנוגע לייעודו של המבנה: בית מרחץ, על פי האריחים (ייתכן שבחדרים הקטנים היו תנורים ומכלי מים), אך הפסיפס הגס והלא מעוטר אינו מתאים למבנה מסוג זה. השערה שנייה היא שזהו מבנה תעשייתי שעובד בו נוזל שהצריך מערכת ניקוז (יין?), אך צינורות החרס תחת הרצפות אינם עולים בקנה אחד עם פירוש כזה.
בחלק הדרומי של השטח נעשה ניסיון למצוא חלקים נוספים של פסיפס 'המסכה והזר' המרהיב שנתגלה בשנת 2000, ולעמוד על שיוכו הסטרטיגרפי. החלקים שהתגלו עד עתה נמצאו בהרבדה משנית בתוך מצבור אשפה. נחשף חלקו הצפוני של המצבור ונמצאו בו פריטים אדריכליים רבים, שברי פרסקו וכן שברי פסיפס לבן, השייכים כנראה לאותה רצפה, אך לחלקים לא מעוטרים שלה; לא נתגלו חלקים צבעוניים נוספים. אפשר לקבוע בוודאות כי המבנה הרומי הגדול מאוחר לבור האשפה שבו נמצא הפסיפס, שכן שברים קטנים של הפסיפס נמצאו חתומים מתחת לאחת מרצפות המבנה.
 
שימור
עבודות שימור נערכו בעיקר בשטחים שחפרה בעבר משלחתו של א' שטרן.
בשטח D2 הוסרו באמצעות כלי מכני שני קירות הענק של התקופה הרומית המאוחרת שנשארו 'תלויים' מעל שרידי תקופת הברזל הקדומה.
שטח G העמוק שבמרכז התל הוכן לכיסוי וכוסה בסוף העונה, למעט הקטע הקטן שנחפר.
בשטח H הוחל בעבודות שימור בווילה הרומית שממזרח לטמנוס הרומי. העבודות כללו ניקוי, פילוס מפלסי קרקע, חיזוק וייצוב קירות, ותיעוד.
כמו כן נעשו עבודות תשתית – בעיקר הכנת שבילים ומדרגות בכמה מדרכי הגישה לתל.