שטח A
ליד פתח המערה, במזרח, בחלק הגבוה שלה, הובחנו שרידי קיר בנוי אבני גוויל גדולות, כנראה הקיר שמתאר סנדל. מדרום לפתח, נחצב כנראה לתוך סדק קרסטי חדרון מלבני
(2 × 3.5 מ'). השטח נוטה בשיפוע מתון ממזרח למערב. נחפר ריבוע (3 × 3.5 מ') ונחשפו בו ארבע שכבות:
שכבה 1. חומר הרבדה איאולי בגוון צהוב אפור שמשולבות בו אבנים בגדלים שונים. נתגלה ממצא רב בן זמננו. על פני השטח נתגלו שתי אבני שחיקה מאבן גיר קשה ובמרכזן ספלול.
בשכבה 2 נחשף מפלס חיים בגוון אפור-שחור (0.15 מ' עובי ממוצע) ובו הצטברות של שרידי עצמות, מחצלות, חבלים, בדים בגוון אדום, פחם עץ, גלעיני תמרים, שברי זכוכית ושברי כלי חרס רבים, רובם מהמאה הא' לפסה"נ ומיעוטם מהמאות הא' והב' לסה"נ. מתחת למפלס החיים התגלתה רצפת אבני גוויל קטנות, כיוונה הכללי צפון-מזרח–דרום-מערב והיא הושתתה על גבי חומר מילוי (כ-0.3 מ' עובי, להלן תיאור הבריכה).
שכבות 3 ו-4 הן שכבות גיאולוגיות (0.6 מ' ו-0.8 מ' עובי).
 
הבריכה
בשכבה 1 נמצאה בריכה שלמה במצב השתמרות טוב מאוד. בחפירה לעומק של 1.8 מ' התברר שדופנות הבריכה הושתתו על גבי שכבת מילוי שהונחה על הסלע הטבעי. צמוד לדופן החיצונית של הבריכה נתגלו שרידיו של גרם מדרגות בן שתי מדרגות ולמרגלותיו משטח
(0.8 × 0.8 מ') אשר שימש כנראה את הנכנסים והיוצאים מהטבילה (איור 3). הבריכה מטויחת בשלוש שכבות של טיח בגוון אפרפר. זהו טיח אופייני למקוואות מהמאות הא' לפסה"נ והא' לסה"נ והוא מתקבל מהוספת פחם התורמת לעמידותו ומונעת חלחול.
נפח הבריכה 12 מ"ק והיא קיבלה את מימיה ממשטח דמוי משפך שניקז מי גשם לתוך חריץ חצוב שהוביל את המים לתוכה (איור 4).
מדרום לבריכה, בעומק של כ-0.2 מ' נחשפה רצפה (2 × 3 מ"ר) שתוארכה לימי בית שני על סמך שברי כלי החרס וממצא בד שנמצאו עליה. כיוונה הכללי מזרח–מערב והיא ניגשת אל דופן הבריכה, הרצפה חסרה בקטע שהיה הבסיס לגרם המדרגות.

שטח B
נחפר ריבוע צמוד לדופן הצפונית של המערה. סלעי ענק שנתגלו הם כנראה חלק מהתקרה שהתמוטטה. בצפון-מזרח השטח נתגלתה בין אבני המפולת מחילה שטיבה עדיין לא נתברר. נחשפו שתי שכבות:
שכבה 1 חומר הרבדה שעיקרו אדמה בגוון אפור שמשולבות בה אבני מפולת בגדלים שונים, על גבי שתיים גדולות נתגלו ספלולים. נמצאו שברי כלי חרס, בעיקר מהתקופה הרומית הקדומה וכן ממצא מעורב של עצמות רבות, כלי צור (מקדח ומרצע; איור 5: 1, 2), שרידי מחצלות ומזון מן התקופות הכלקוליתית ועד ימינו. כן נתגלו שרידים רבים של חומר אורגני: גלעיני תמרים, זיתים, שרידי בד שתוארכו למאה הא' לסה"נ ופחם.
שכבה 2 לאחר הסרת המילוי של שכבה 1 נתגלתה בקטע הצפוני-מערבי שכבה של גללי בהמות (כ-7 ס"מ עובי) על פני כמטר מרובע אחד. סמוך לקטע זה נתגלו עצמות בהמות וייתכן שהיה קשר בין השניים.
בדרום-מערב נתגלה קיר ששרד לגובה שני נדבכים (כ-0.5 מ') ולידו כמה אבנים, אולי ריצוף. ממערב וסמוך לקיר נמצאו שני מטבעות אגריפס הראשון, בקבוק זכוכית וראש חץ מברזל בעל שלושה להבים מן התקופה הרומית הקדומה וכן חותם מחומר שעליו עיטור גיאומטרי, כנראה מהתקופה הכלקוליתית.
 
שטח C
השטח משתפל במתינות מערבה עד קצה המערה, שם התגלתה חפירת שוד. בצדו הצפוני-מזרחי ובמקביל לקיר המערה נמצא מצבור אבני מפולת בגדלים שונים, שסוקלו כנראה מחפירות קודמות.
נחפר ריבוע סמוך למדרגה גבוהה המפרידה בין השטחים B ו-C.  בשטח החפירה היו פזורות כשמונה אבני מפולת גדולות וביניהן ניתן להבחין בבור טבעי עמוק. עם פינוי חלק מהאבנים נתגלה ראשו של סלע גדול, ככל הנראה חלק ממפולת התקרה. במקומות שבהם פונו הסלעים נתגלתה שכבת עפר חום-כהה מעורב בחומר אורגני רב שהובחנו בו ענפי עץ רבים בגדלים שונים, בעיקר ענפי דקל וקנים, שהובאו למערה מנווה המדבר של עין גדי.
בחלקו הצפוני-מערבי של הריבוע נתגלה מוקד אפר (כ-0.6 מ' קוטר, כ-0.2 מ' עובי) ובתוכו אבני גיר שנשרפו  לסיד וכן פחמים ושברי כלי חרס מפויחים מהתקופה הרומית הקדומה.
הממצא הקדום נמצא מעורב בממצא בן זמננו, עדות לחפירות שוד ונבירות מטיילים. נתגלו שרידים רבים של ממצא אורגני: חבלים, מחצלות, בדים, גלעיני תמרים, זיתים ועצמות בעלי חיים.
נחשפו שתי שכבות:
שכבה 1. עשויה בעיקר חומר הרבדה של אבנים קטנות ובינוניות ועפר אפור ובו ממצא בן זמננו משולב בממצא קדום הכולל חלקי חבלי נצרים, פיסות סלי נצרים, פיסות מחצלות ואריגים, גלעיני זיתים, תמרים, קליפות אגוז, וחלקי קליפת רימון, גרעיני שעורה ועצמות. כמו כן נתגלו ראש חץ מאבן צור (חוד 'אל-חיאם'; איור 5: 3) מהתקופה הניאוליתית הקדם-קירמית א' ומעט שברי כלי חרס כלקוליתיים. ייתכן קשר בין המוקד לבין שרידי המזון הרבים שנתגלו סמוך. לאחר ניקוי פני השטח, מעל אבני המפולת הגדולות, נמצא מפלס אדמה שהכילה ממצא אורגני ושברי כלי חרס מן התקופות הכלקוליתית והרומית הקדומה.
שכבה 2. עשויה עפר חום-בהיר ואבנים קטנות. משכבה זו הוצאו שלוש אבנים גדולות שתחמו את הבור העמוק מצפון וממערב והתאפשרה גישה אל תוך הבור, לצורך בחינת שכבת ההתמוטטות.
החפירה בשטח הופסקה מטעמי בטיחות.