שטח M. החפירה בעונה זו המשיכה בריבועים שנחפרו בשתי העונות הקודמות. המטרות בעונה זו היו בירור אופיו של השטח בשלב הקדום במאה הט' לפסה"נ וירידה מתחת למפלס המבנים הקדומים של תקופת הברזל, לצורך בירור אופיים ותאריכם של המבנים הקדומים להם בשטח. רוב השרידים שנחשפו במהלך העונה שייכים לשלב הקדום ביותר של תקופת הברזל בשטח ומתוארכים למאה הט' לפסה"נ (איור 1).

ראשית העונה הוקדשה לפירוק שרידי הקירות והמתקנים שיוחסו למאה הח' לפסה"נ ולהסרתם. לשלב זה שייכים שני אסמים מעוגלים, שנמצאו בצפון-מערב השטח כבר בעונות 1991-2 ונוקו לגמרי בעונה זו (איור 1). שני האסמים, שנמצאו מלאים בגרעיני חיטה מפוחמים, חותכים את הקירות הרחבים המיוחסים לשלב הקדום של תקופת הברזל, ולפיכך ניתן לייחסם בבירור לשלב המבנים הפרטיים המאפיינים את השטח במאה הח' לפסה"נ.
בשלב העיקרי שנחשף בעונה זו, חוצים שבעה קירות מקבילים רחבים (כ-1 מ' רוחב) את השטח ממערב למזרח (איור 1). קירות אלה מיוחסים לשני מבנים גדולים, שתוכניתם זהה לזו של מבני שלושת האולמות שנחשפו בשטח א' הן בחפירות ידין הן בחפירות המחודשות (בשטח A2).
שני המבנים חולקים קיר מרכזי משותף, שבמרכזו כניסה (כ-4 מ' רוחב), ולפיכך ניתן לשחזר כאן מתחם מנהלי גדול מאוד שאין דומה לו בחצור ובממלכת ישראל כולה. הקירות החוצצים של שני המבנים בנויים מקיר מסד שעליו מושתתים עמודי אבן גיר מלבניים, שרק מחציתם נתגלו באתרם. שאר העמודים שולבו בשימוש משני במבנים המאוחרים בשטח.
זוהו שני שלבים במהלך קיומם של מבני שלושת האולמות. בשלב המקורי אפיינו רצפות טיח את המרחבים העיקריים של המבנים, ששימשו כנראה מבני מחסנים ציבוריים. שרידי קנקנים ומתקני אחסון שנמצאו במבנים אחרים בחצור החולקים עמם את תוכנית שלושת האולמות מעידים על שימוש דומה גם בשטח M. בשלב מאוחר נבנו קירות דקים שחצצו בין העמודים לבין הקירות החיצוניים של המבנים, והוקמו מתקנים וטבונים אחדים במרחבי שני המבנים. שלב זה מייצג שינוי חשוב בשימוש במבנים, והסבתם לאזורי מגורים ומלאכות.
בחלק הדרומי של השטח , מחוץ לקיר הדרומי של המבנה הדרומי נחשף אזור שכלל משטחי עבודה ומתקנים אחדים. ראויים לציון קערות וחפצי בזלת, בהם אובניים, במגוון שלבי ייצור וגימור. שבבים רבים של בזלת שנמצאו בניפוי מעידים על כך שזהו בית מלאכה לייצור חפצי בזלת, הראשון מסוגו המוכר בא"י של תקופת הברזל. חפצים נוספים שנמצאו באזור, בהם משקולות פלך אחדות וכתריסר משקולות נול שנמצאו באתרם, מעידים על פעילויות טווייה ואריגה.
הממצא שיוחס לשלבי תקופת הברזל בשטח M כלל בעיקר כלי חרס, בחלקם כלים שלמים וכלים הניתנים לרפאות, אך גם קערות תמרוקים מעצם ומאבן רכה, חפצי מתכת, חרוזים וצלמיות חרס.  
 
מתחת למבנים אלה נחשפו שרידים המיוחסים לתקופת הברונזה המאוחרת (איור 2). אלה כוללים מפולות לבנים ושכבות אפר החותמות קירות גדולים אחדים הבנויים מגושי אבן מסותתים חלקית. בצפון השטח נחשף חלק ממבנה גדול, שבמרכזו שורת בסיסי אבן ומדרום להן אבנים מאורכות נפולות. שימושו של מבנה זה ואופיו, וכן הקשר שלו למתחם הפודיום שנחשף בשנות ה-90 מצפון במפלס נמוך יותר, יובהרו רק עם המשך החפירה בעונה הבאה.
 
על פני השטח, בין שטח M לשטח A, נתגלתה תעודה כתובה בכתב יתדות, המתוארכת על פי סגנונה לתקופה הבבלית הקדומה. בתעודה קטעים אחדים של חוקים. פרופ' ווין הורוביץ מהאוניברסיטה העברית בירושלים וצוותו מכינים את התעודה לפרסום.     
 
שימור ושחזור
עיקר עבודת השימור השנה התרכזה  בשטח שמצפון לשער ששת התאים ובשטח M68.
הקצה הדרומי של שני קירות הסוגר הנצמד לשער ששת התאים מצפון נחשף כבר על ידי משלחת ידין בשנות ה-50, ונוקה על ידי משלחת החפירות המחודשות ב-1991. במהלך עונת 2010 נוקו הקירות ונחשף חלק גדול יותר של הסוגר. בהמשך שוחזרו קירות הסוגר לגובה של כשישה נדבכים (איור 3). בשטח M68 נוקו ושוחזרו קירות הסוגר הדרומי בגובה דומה.