שטח A (ריבועים 3740)

נתגלו שרידים מועטים, אשר אי-אפשר לקשור אותם עם השלבים שהוגדרו בשאר שטחי החפירה, ובהם קטעי רצפות וקירות מעטים, מתקן, כנראה לנוזלים, ומשטח עפר מהודק שעליו פסולת אבני בנייה ושברי כלי חרס שנותרו משוד מבנה.
 
שטח B (ריבועים 3036)
זהו השטח הגדול ביותר שנחפר; זוהו בו שלוש שכבות.
שכבה IV. נחשפו קטעים משני מבני מגורים וחלק ממבנה ציבור המזוהה כבית כנסת. על רצפות המבנים נתגלתה שכבת מפולת עבה שהכילה אבני גזית גדולות, שברי רעפים, חוליות צינור חרס, ושברי כלי חרס רבים. מן המבנה המזוהה כבית כנסת, המשתרע ברובו תחת פסי הרכבת, נחשפו שלושה קטעי פסיפס רציפים; בקטע הפסיפס הצפוני-מזרחי שולב מדליון שבמרכזו כתובת ביוונית 'ייזכר משה' (איור 2).
שכבה III. נחשפו שרידי שני מבנים. אחד בצפון-מזרח – מבנה מגורים מרוצף באבנים. השני, במערב, נחפר חלקית אך ברור כי היה זה מבנה גדול ומרשים. התגלו בו רצפות פסיפס אחדות שעל חלקן אפשר היה להבחין בסימני בערה, וביניהן תעלות שוד ובדלי קירות. את המבנה הקיפה תעלת מים, שממזרח לה רצפת גיר כתוש עבה שכיסתה את שרידי שכבה IV.
שכבה II. מבני המגורים משכבה IV כוסו ברצפות (כ-8 ס"מ עובי) עשויות שתי שכבות גיר כתוש וביניהן עפר. את מבנה בית הכנסת כיסתה רצפה עבה דומה, אשר ביטלה אותו והפכה אותו למשטח חצר. מבנה הפסיפסים משכבה III הפך למבנה ציבורי, כנראה כנסייה. בחלקו המזרחי נבנה קיר אפסידלי החותך את רצפות שכבות IV ו-III, והאפסיס רוצף בפסיפס לבן שאבניו גדולות. בניית האפסיס הביאה לביטול תעלת המים בצפון ובצפון-מזרח; אבני הכיסוי הוסרו ובמקומן הונחה רצפת גיר כתוש (8 ס"מ עובי; איור 3).
 
שטח C (ריבועים 1827)
זוהו ארבע שכבות ובהן קטעי מבנים המיוחסים לבתי מגורים.
שכבה IV. נחשפה רצפת פסיפס לבנה שהובחנו בה לפחות שלושה שלבי תיקון. בשוליה בצפון הובחנה מפולת אבני גוויל בינוניות עם חומר מליטה אפור.
שכבה III. שכבה זו היא העיקרית בשטח זה וכוללת בעיקר חלקי מבני מגורים (איור 4) שבהם משולבות מערכות מים, בעיקר לניקוז. בתוך אחת המערכות נתגלה מטמון של שבעים ואחד מטבעות בגוש אחד שכנראה היה עטוף בשקיק. מכלול המגורים נתחם מדרום בקיר עבה שממנו שרד רק הפן הדרומי.
שכבה II. רוב מבני שכבה III המשיכו להתקיים. נוספו שלוש רצפות גיר כתוש אשר הונחו על רצפות שכבה III.
שכבה I. בכל השטח התגלו מפלסים של אבנים קטנות, מעין משטחי עבודה, אשר כיסו את השרידים הקדומים.
 
שטח D (ריבועים 3–17)
זוהו ארבע שכבות ובהן שרידי בתי מגורים, בית יוצר עם מחסנים ומערכת מים גדולה.
שכבה IV. נתגלו רק שני יסודות קירות, כנראה של בתי מגורים.
שכבה III. השכבה העיקרית בשטח: נחשפו מתקנים, מערכת מים, ובית מגורים אשר שימש גם בית יוצר שבו נתגלו אובני קדר. סמוך לבית התגלו מחסני בית יוצר שמתארם עגלגל, תחומים באבנים קטנות ושבתוכם התגלו שברים רבים מאוד של קנקנים וסירי בישול (איור 5); נראה שתקרת המחסנים קרסה פנימה וגרמה להרס הרחב. מדרום לבית היוצר נחשפו ערמות של חרסית ירקרקה וסביבה שברי כלי חרס מעוותים.
שכבה II. נחשפו מפולות של קירות על רצפת טיח וקטעי מתקנים הרוסים.
שכבה I. נחשף מפלס מהודק של אבנים קטנות, מעין משטח עבודה הדומה לאלה שהתגלו בשכבה I בשטח C. הממצא המועט כלל שרידי טבון וקנקן שקוע לתוך משטח האבנים הקטנות.
 
שטח E (ריבועים 1, 2)
זוהו שלוש שכבות עיקריות.
שכבה III. נחפר חלקה המערבי של גת תעשייתית גדולה (איור 6), שחלקה המזרחי מחוץ לשטח החפירה, תחת פסי הרכבת. נחשפו שלושה משטחי דריכה וממערב להם שלושה בורות איגום. רצפות משטחי הדריכה ובורות האיגום כוסו בפסיפס לבן. סימני תעלות שוד של קירות מעידים כי בגת היה משטח רביעי בצפון.
שכבה II. קירות שני בורות האיגום הדרומיים הוגבהו, ואילו משטח הדריכה ובור האיגום הצפוניים פורקו.
שכבה I. על הגת ומצפון לה נחשפו קטעים ממשטחי עבודה בנויים אבנים קטנות וטיח שעליהם נתגלו שברי כלי חרס רבים. משטחים אלה ביטלו את השימוש בגת.
 
החפירות הקודמות מעידות כי ראשית היישוב באתר במאה הד' לסה"נ, באזור שמדרום-מזרח לתל הגבוה. בחפירה הנוכחית כמעט ולא נתגלו ממצאים מתקופה זו ונראה כי רק במאה הה' לסה"נ התרחב היישוב אל השטח שכיום נמצא ממערב לפסי הרכבת.
קלרמון-גנו מצא באתר קערת נחושת שעליה עיטור בתבליט של מנורה עם שבעה קנים וארון קודש עם גמלון, ושבר כותרת עמוד שעליו כתובת ביוונית 'ה' אחד'. על סמך ממצאים אלה, צ' הציע אילן שבאתר עמד בית כנסת שומרוני (בתי כנסת קדומים בארץ ישראל, עמ' 286–287). בחפירה נתגלה שבר אריח ועליו עיטור גמלון על עמודים הדומה לזה שמופיע על קערת הנחושת, ובדיקת עצמות בעלי החיים העלתה כי עצמות חזיר נעדרות לחלוטין. נראה, לפיכך כי צ' אילן צדק. ביטול בית הכנסת ובניית הכנסייה במקומו בשכבה II מעידים שהאוכלוסייה התחלפה או התנצרה. גם משכבה II נעדרו עצמות חזיר, חיזוק להשערה שלפיה התושבים המירו את דתם.
האתר ניטש ברובו בתחילת התקופה האומיית ורוב אבני קירותיו נשדדו. סימני חורבן ושרפה עשויים להעיד שחרב ברעידת האדמה של שנת 633 לסה"נ.