בחודש אפריל 2007 נערכה חפירת הצלה בכפר כנא (הרשאה מס' 5089-A; נ"צ — רי"ח 23216-20/73890-92; רי"י 18216-20/23890-92), לאחר חשיפת ממצאים עתיקים בעקבות בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי נ' פייג, בסיועם של י' לבן (מנהלה), ו' פירסקי (מדידות), ה' סמיטליין (צילום), ע' שטרן (זיהוי כלי חרס), ל' פורת (רפאות), ח' טחן (ציור ממצא) ופועלים של רשות העתיקות מאום אל-פחם.
האתר בחלק העתיק של הכפר, סמוך לכנסייה המלקיתית-קתולית וכ-150 מ' מצפון-מזרח למעיין במרכז הכפר. בחפירות קודמות בכפר כנא סביב המעיין נחשפו שרידים מהתקופות הממלוכית והעות'מאנית (הרשאה מס' 3549-A). שרידים נוספים מהתקופה הממלוכית נחשפו לאחרונה קרוב לחפירה הנוכחית (הרשאה מס' 5083-A). ליד המעיין נחפר אתר חשוב מהתקופות הניאוליתית הקדם-קרמית עד הברונזה הקדומה 1א' (הרשאה מס' 3534-A).
בשטח החפירה (5×6 מ'; איור 1) נחשפו שרידים מהתקופות הרומית (שכבה IV) והממלוכית (שכבות I-III).
שכבה IV (התקופה הרומית). נחשף קיר בנוי אבני גוויל (W4) ורובד גיר מהודק (לוקוס 514; איור 2). מהקיר שרד נדבך תחתון ורובד הגיר היה כנראה רצפה שניגשה לקיר 4 מצפון. הרובד העליון של הרצפה נפגע ממבנה של שכבה III. נמצאו שברים אחדים של קערות המתוארכות לשלב האחרון של התקופה הרומית.
שכבה III (התקופה הממלוכית). נחשף קיר ארוך ורחב (W1; אורך 7.1 מ', רוחב 1.1 מ') שכיוונו מזרח–מערב, בנוי אבני גוויל והשתמר לגובה נדבך אחד. בכל השטח החפור הובחנה רצפת עפר מהודק צהוב בהיר (לוקוס 508) שניגשה אל הקיר מצפון ומדרום (לוקוסים 503, 512; איור 3). על רצפה זו נמצאו כמויות גדולות של כלי חרס, בעיקר מזוגגים. קיר 1 נמשך מעבר לגבולות החפירה מזרחה ומערבה ונראה ששני המרחבים מצפון ומדרום לו היו חדרים גדולים. המבנה הוקם מעל שרידי שכבה IV הרומית.
שכבה II (התקופה הממלוכית). רובד של אבנים קטנות שהונח מעל רצפה 508 משכבה III היה כנראה חלק מתשתית של חצר פתוחה ומרוצפת (לוקוס 511; 3×4 מ'; איור 4). בריצוף החצר שולב הנדבך היחיד של קיר 1. רצפה 511 השתמרה היטב גם מצפון לקיר 1 ודומה שהיא במפלס גבוה מהקיר. מתאר החצר לא הוברר בשל הפרעות ושטח חפירה מצומצם. עם זאת, החרסים שנמצאו על ריצוף החצר הם מן התקופה הממלוכית.
שכבה I (התקופה הממלוכית). בפני השטח של הפינה הצפונית-מזרחית של החפירה נחשף קטע קטן של קיר ובו שלוש אבנים גדולות (W3; אורך 1 מ'), שכיוונו צפון-מערב–דרום-מזרח. מסד הקיר בנוי על מילוי (0.3 מ' עובי) שכיסה על החצר משכבה II. החרסים מעל הקיר תוארכו למאות הי"ד-הט"ו לסה"נ.
שברי כלי החרס שנמצאו בחפירה משקפים את שלוש השכבות מהתקופה הממלוכית. המכלול האופייני למאות הי"ד-הט"ו לסה"נ כולל קערה עשויה ביד (איור 1:5), חרסים לא מזוגגים ובהם קערה (איור 2:5), קדרה (איור 3:5), קנקן (איור 4:5) ופך (איור 5:5), כלי בישול ובהם קערת בישול מזוגגת ומזווה (איור 6:5) וסיר בישול עשוי ביד (איור 7:5), קערה עם צביעה בחיפוי (slip painted; איור 8:5), קערות מזוגגות ירוק ממשפחת המונוכרום (איור 9:5, 10) משני טיפוסי הקערות המרכזיים בתקופה הממלוכית, כלי פריט (soft paste ware; איור 11:5) וספלים מזוגגים (איור 12:5, 13).
שרידי הרצפה הרומית ומעט שברי הקערות שנמצאו בשטח מצומצם מאוד אינם מאפשרים קביעה ודאית של יישוב מהתקופה הרומית באתר.
תפקודו של היישוב מהמאות הי"ד-הט"ו לסה"נ אינו ברור די צרכו בשל השתמרות גרועה של קירות ורצפות. השרידים האדריכליים בשכבה III שייכים ככל הנראה למבנה מגורים גדול.
לעומת זאת, שברי כלי החרס כוללים את כל טיפוסי הכלים של אחסון, בישול וכלי שולחן, וכן שבר של אבן שחיקה ששימשה כנראה לטחינת מזון. מכלול זה מעיד על יישוב מקומי. המבנה משכבה III נהרס ומעליו נבנתה החצר הפתוחה בשכבה II. שרידי קיר 3 מעידים על שלב חיים נוסף וכן על התיישבות מוגברת באתר בתקופה הממלוכית. האתר נעזב לאחר מכן וכוסה במילוי, כמו שני האתרים האחרים בכפר מן התקופה הממלוכית. החפירה המצומצמת הוסיפה אך מידע צנוע על ההיסטוריה של כפר כנא בתקופה הממלוכית.