בחודשים יוני–יולי 2006 נערכה חפירת הצלה ברחוב העלייה השנייה, סמוך לטיילת נחום גולדמן, מצפון-מערב למבנה המשטרה הישן ביפו (הרשאה מס' 4675-1-A; נ"צ 177035/662580), לקראת הנחת קו ביוב. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון עיריית תל אביב-יפו, נוהלה על ידי פ' וולינסקי וי' ארבל (צילום), בסיוע ש' יעקב ג'אם (מנהלה), ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), מ' פיילשטוקר (ייעוץ ועיבוד כלי חרס), ל' ראוכברגר (עיבוד מקטרות חרס) ומ' שויסקיה (ציור כלי חרס). כמו כן סייע צ' שחם ממוזיאון עתיקות תל אביב-יפו בייעוץ ובאחסון זמני של הממצא.
שטח החפירה נמצא בשיפוליו הצפוניים-מזרחיים של תל יפו (איור 1), על דרך שהובילה מהעיר ונמלה אל פנים הארץ. אין עדויות היסטוריות לשימוש בשטח לפני המאה הי"ח לסה"נ. מאמצע מאה זו נודע לשטח ולדרך המובילה אליו תפקיד חשוב בעקבות הקמת שוק מרכזי במבואות הנמל. במהלך המאה הי"ח לסה"נ הוקמה בו מצדית שחלשה על נקודת המפגש בין החומה המזרחית של העיר לחומת הים. במרס 1799 ערכו כוחות נפוליאון מתקפת הסחה בקרבת המצדית כדי לפצל את מגיני העיר ולדלל את כוחותיהם לאורך החומה הדרומית. עם נסיגת הצרפתים לאחר כישלונם בעכו שיפץ את הביצורים הקצין הבריטי סידני סמית'. בתחילת המאה הי"ט עסק המושל המקומי מחמוד אגא אבו-נבוט בפעילות בנייה אינטנסיבית, ובמסגרתה בנה שוק מסחרי גדול שגבל בשטח החפירה והתפרש עד הנמל. כמו כן שיפץ אבו נבוט את הביצורים והקים את מסגד המחמודייה.
במהלך המחצית השנייה של המאה הי"ט לסה"נ פורקו ביצורי העיר באישור השלטונות העות'מאניים. במקום המצדית נבנה מתחם צבאי ומשטרתי, שכלל גם בית אסורים. לימים שירת המתחם את המשטרה הבריטית ועד שנת 2005 גם את משטרת ישראל. את שוק אבו נבוט פירק המושל חסן בק בשנת 1915, במסגרת סדרת מפעלי בנייה שחותמם ניכר בתוכנית העיר יפו עד ימינו. בתקופת המנדט הבריטי עברה ליד שטח החפירה מסילת רכבת מקומית שקישרה בין תחנת הרכבת של יפו ובין הנמל. שטח החפירה משמש היום מעבר פתוח לתנועת תיירות ומסחר בין נמל יפו למרכזה של העיר המודרנית במתחם כיכר השעון.
גבולות החפירה המצומצמים לא אפשרו למצות את המחקר הארכיאולוגי של מכלולי הבנייה שהתגלו, ותשתיות מודרניות פגעו בקירות וברצפות או חסמו חלקית את הגישה אליהם. עם זאת ממצאי החפירה נותנים מושג כללי על הפעילות בסוף התקופה העות'מאנית, שבה עברה העיר תמורות היסטוריות ואדריכליות רבות.
נפתחו שבעה חצאי ריבועים (G–A; מידות 2.5×5.0 מ', עומק 2.5 מ'; איורים 2, 3), בתוואי קו הביוב המתוכנן. מרבית השרידים האדריכליים שנחשפו היו קרובים לפני הקרקע (0.5–1.0 מ' עומק), חלקם תחת מצע אבנים שהיה תשתית לאספלט מתקופת המנדט.
בשני ריבועים (E ,D) נחשפו קירות (W6–W1; כ-0.3–0.4 מ' עובי) הבנויים מאבני כורכר מהוקצעות או מסותתות, ומעט אבני גוויל. בין האבנים חומר מליטה. רוב הקירות מטויחים בטיח לבן, למעט קירות 5, 6 שנמצאו עליהם שרידי טיח צבעוני, בעיקר כחול וירוק. אל הקירות ניגשות רצפות עשויות טיח אפור או עפר מהודק. הרצפות הושתתו ברובן על משטח עפר מהודק המונח על הצטברות עפר שכללה אבני מפולת, חול וריכוזי צדפים. בריבוע D יש שתי שכבות: בשכבה העליונה קירות 1, 2, שאליהם ניגשת רצפה (L316; איור 4), ובשכבה התחתונה קירות 3, 4, שבוטלו בעת בניית רצפה 316. באחד החדרים בריבוע E שלוש רצפות (L328 ,L327 ,L321; כ-2 ס"מ עובי ממוצע; איור 5) הניגשות לקירות 5 ו-6. רצפה 321 התגלתה משני צדיו של קיר 5, ותחת חלקה המערבי, סמוך לפינה הדרומית-מערבית של הריבוע, נחשפה תעלת ניקוז הפונה אל הים (0.15 מ' רוחב, 8 ס"מ עומק). לצדי התעלה נחשפו אבני מפולת גדולות (0.3×0.4 מ') שמקורן אינו ברור. אבני מפולת נוספות, בהן אבני בנייה מהודקות בחומר מליטה, נמצאו בקרבת מקום.
גם בריבועים C–A נמצאו רצפות, אך הן אינן ניגשות לקירות
(L315 ,L307 ,L306 ,L300; ר' איור 2). לא נמצאו עדויות היכולות לרמוז על תפקוד הממצאים האדריכליים בריבועים E–A. הממצא הקטן שהתגלה בתוכם הצטבר אחרי שהם יצאו מכלל שימוש. מאופי הארכיטקטורה ועומקה בחפירה סביר להניח שהחדרים מייצגים מרתפים של מבנים עליונים שלא שרדו מסוף התקופה העות'מאנית.
בריבוע F, הסמוך לקיר החיצוני של מכלול המשטרה (הקישלה), נחשף פן חיצוני של פינת מבנה יוצא דופן מבחינת סגנון הבנייה ואיכותה (W8 ,W7; מידות 1.3×1.7 מ'; איור 6). ארבעת הנדבכים העליונים בנויים מאבני גזית (0.2×0.2×0.4 מ'), מלוכדות בטיח אפור-לבן. הנדבך שמתחתם, גם הוא מאבני גזית, בולט 8 ס"מ תחת הנדבכים העליונים של קיר 7, ואינו מקביל להם. המבנה מושתת על מסד בנוי מאבני כורכר מהוקצעות. חלקו הדרומי-מזרחי של קטע המבנה בנוי על קמרון יסוד מאבנים מסותתות שהשתמרו ממנו חמישה נדבכים. המשך הקמרון נהרס בעת הנחת תשתיות מודרניות. שרידי קמרון יסוד נוסף מאבני גזית נחשף חלקית בקצה המערבי של קיר 7. ממדי החשיפה הצרים והעדר מפלסים חתומים אינם מאפשרים לתארך את המבנה או לזהות את תפקידו. מהמפלס הגבוה שבו התגלה המבנה ומבנייתו המסיבית והמוקפדת סביר להניח שהוא חלק ממערך הביצורים העות'מאני, וייתכן שהוא חלק מהמצדית שנבנתה בתחילת המאה הי"ט בעקבות ההרס שגרם כיבוש נפוליון.
הממצא הקרמי שנאסף מתוך המילוי שמעל שרידי המבנים, מסביבם ואף מתחתם, רובו ככולו מהשלבים המאוחרים של התקופה העות'מאנית (המאות הי"ט–תחילת הכ' לסה"נ). עם זאת התגלו גם שברי קערות מזוגגות מן המאות הי"ב או הי"ג לסה"נ (איור 1:7–3), וידית של פך הלניסטי (איור 4:7). לא זוהו שכבות ארכיאולוגיות שניתן לתארכן לתקופות אלה.
בממצא העות'מאני שברים רבים של 'כלי עזה', כגון קערות (איור 5:7–8) וכלים עם זרבובית (איור 9:7), האופייניים לתקופה העות'מאנית המאוחרת. בממצא גם מקטרות בסגנון האופייני לסוף התקופה העות'מאנית, ובעיקר לשלהי המאה הי"ט (איור 10:7–12), ראש נרגילה מחרס אפור שתוארך גם הוא על פי סגנונו לתקופה זו (איור 13:7), ורעפי מרסיי (איור 14:7), שיובאו לארץ לראשונה במחצית המאה הי"ט לסה"נ. נמצאו גם חמישה מטבעות עות'מאניים, כולם מפני השטח או מהצטברויות עפר בתוך המבנים, ולא מהקשרי רצפות: מטבע כסף משנת 1808, מטבע ברונזה משנת 1839, מטבע ברונזה של עבד אל-עזיז (1861–1875) שהוטבע באיסטנבול, מטבע כסף ממצרים משנת 1909 ומטבע ברונזה של הסולטן עבדול חמיד השני (1875–1909).
ממדי החפירה מנעו חשיפת מכלולים שלמים אך אופיים הכללי של החדרים מעיד על מגורים, אחסון או אולי מבני מסחר הקשורים לשוק. מאפייני הבנייה של הפינה שנחשפה בריבוע F מעידים על מבנה ביצורי. מאפייני הלוקוסים שהניבו ממצאים מתוארכים אינם מאפשרים תיארוך מוחלט של המבנים, אך סביר לייחס אותם לשלהי התקופה העות'מאנית. יצוין שגם שכבות III–I בחפירה ברחוב רוסלן, כמה עשרות מטרים דרומה, הן מן התקופה העות'מאנית (‘Atiqot 47:194–197; ר' איור 1, 'חפירות קלטר'). עם זאת השוואה בין תוכנית המבנים שהתגלו בשתי החפירות אינה חושפת הקבלה ארכיטקטונית או זהות בתוואי הקירות, ונראה ששרידי הבנייה משתי החפירות שייכים למכלולי בנייה נפרדים.
בשטח החפירה לא נמצאו קברים או עצמות אדם ומכאן שהיה מחוץ לתחומי בית הקברות שבתקופה העות'מאנית המאוחרת התפרש מצפון לכיכר השעון הנוכחית.
החפירה מוסיפה מידע לגבי שני שלבי יישוב. החרסים מהתקופה הצלבנית חסרים אמנם הקשרים אדריכליים, אבל הם מתייחסים לשכבות מתקופה זו שנחשפו ברחוב רוסלן, עשרות מטרים בלבד מדרום לחפירה (
‘Atiqot 47:197–198), וכן בחפירות חדשות ברחוב זה (הרשאה מס' 5883-
A) ובחפירות הקישלה (
חדשות ארכיאולוגיות 121). הממצא הצלבני מהחפירות מעיד על התפשטות העיר בתקופה זו מהתל העתיק אל השוליים הנמוכים הסמוכים לשפת הים. המבנים העות'מאניים מהמחצית השנייה של המאה הי"ט
לסה"נ שהתגלו בחפירה מעידים על הרחבת היקף הפעילות בחלק זה של העיר במהלך עשרות השנים האחרונות של השלטון העות'מאני ביפו.