אתר שבטה (כ-90 דונם, 350 מ' מעפה"י) שוכן באזור צחיח למחצה, במרחק כ-40 ק"מ מדרום לבאר שבע, בשוליים הדרומיים של בקעת קרחה. במרכז האתר שני מאגרי מים, כנסייה (הדרומית) ומסגד, ובצפונו עוד שתי כנסיות (המרכזית והצפונית). באתר נערכו חפירות רבות והתגלו בו עשרות מבני מגורים וסמטאות במערך צפוף (סג"ל תשמ"ו; טפר ובר עוז 2018; Baly 1935). היישוב שבטה, שנזכר בתעודות ניצנה מהמאה הו' לסה"נ, הוקם ככל הנראה כבר במאה הב' לסה"נ, הגיע לשיאו בתקופה הביזנטית וננטש בראשית התקופה האסלאמית הקדומה (סג"ל תשמ"ו; צוק תשס"ג; Shereshevski 1991; Hirschfeld 2003; Tepper, Weissbord and Bar-Oz 2015; Tepper at al. 2018).

נפתחו עשרה שטחי חפירה (AJ). בחלקו הדרומי של האתר נחשפו בית מגורים ומאגר המים הדרומי (שטחים AC), ובחלקו הצפוני, סמוך לכנסייה הצפונית ולכיכר שלצדה, נחשפו חלקית מבני מגורים, מערכת תעלות מים שהובילה מי נגר אל היישוב והקפלה בכנסייה הצפונית (שטחים DJ). בחפירה נחשפו שתי שכבות יישוב. השכבה הקדומה והמשמעותית שבהן נחשפה בכל השטחים שנחפרו והיא מתוארכת לתקופה הביזנטית (המאות הה'–הז' לסה"נ). השכבה המאוחרת מתוארכת לתקופה האסלאמית הקדומה (המאות הז'–הח' לסה"נ), ושרידיה נחשפו בשטחים A ו-G; בשטחים אלו התגלו גם שברי כלי חרס מהמאה הכ' לסה"נ.

 

שטח A. ממערב למאגר המים הצפוני נחשף בית חצר (איור 1), ובו שלושה מפלסי בנייה. במפלס התחתון התגלו בור מים, חללים וחדרים שנבנו בתת-הקרקע. מתחת לחצר נבנתה תעלה שהובילה אל בור מים שנחצב בסלע. הבור מטויח ותקרתו נשענת על עמוד מרכזי שעל אחת מפאותיו חריתות. בחלקו העליון של בור המים התגלו ממצאים מימי המנדט הבריטי (המאה הכ' לסה"נ), המעידים על נוכחות ארעית. בחלקו הדרומי-מזרחי של המבנה התגלו חללים תת-קרקעיים. ממערב לחצר נחפר בשלמותו חדר (איור 2), שתקרתו נשענת על שתי קשתות שהשתמרו בשלמותן, ועליהן כמה קורות אבן שנשאו את הרצפה במפלס הביניים; בשניים מקירותיו תועדו פתחים שנאטמו בבנייה. סמוך לחדר נחשף חדר נוסף ובקירו פתח ששרד מגובה מפתן הסף ועד המשקוף, גם הוא חתום בבנייה ונראה כי הוביל לחדר או למכלול נוסף של חדרים (טרם נחפרו). משקוף הפתח עוטר ברוזטות ומתוארך לתקופה הביזנטית. בהצטברות אדמה מאחורי הפתח החתום התגלו ממצאים משלהי התקופה הביזנטית. במפלס הביניים — חלקו המרכזי של המבנה — נחשפה חצר מרוצפת בחלקה וסביבה שמונה חדרים רבועים. רצפות החדרים עשויות עפר מהודק, פרט לחדר אחד שבו נחשפה רצפה של לוחות אבן; על הרצפות התגלה ממצא דל המעיד על נטישה מסודרת. צמוד לקירות החדרים נחשפו אומנות שנשאו קשתות אבן; אבני הקשתות ולוחות קירוי נחשפו במפולות בחדרים, וביניהם הצטברה אדמת לס. על אחת מאבני הקשת ניכרים שרידי עיטורים וצלבים בצבע אדום. סימני אש על קירות החדרים ורצפת החצר מעידים ככל הנראה על שרפה. המפלס העליון מצומצם בהיקפו וזוהה לפי שרידי אומנות שנשאו חדרים בקומה העליונה וכן לפי גובה הקירות בחלקו הדרומי-מזרחי של המבנה.

המבנה נבנה בתקופה הביזנטית (המאה הה' לסה"נ) וננטש במהלכה או בסופה. בתקופה האסלאמית הקדומה הוגבהו הרצפות, נבנו מתקנים ונאטמו פתחים של חדרים סביב החצר. באחד החדרים נחפרה ערמת אשפה מהתקופה האסלאמית הקדומה, המעידה שהחדר לא שימש למגורים בתקופה זו. ממצאי החפירה מעידים כי המבנה ננטש סופית במאה הח'–ראשית המאה הט' לסה"נ. מעט מאוחר יותר קרסו תקרות האבן בחלק מהחדרים. נראה כי בעת המודרנית שוקם בחלקו בור המים ושימש נוודים שפקדו את המקום.

במבנה נחשפו שברים של כלי חרס וכלי זכוכית מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה, שברים של כלי מתכת, מטבעות, חותם מתכת בשפה הלטינית (טרם פוענח), פריטי אבן מעוטרים בצלבים, כלי אבן ובהם קערות וכלי שחיקה וטחינה, שרידים בוטניים ועצמות בעלי חיים. כן נאספו דגימות קרקע לסינון רטוב ויבש במטרה להשלים את התמונה המחקרית מעונת החפירה הקודמת במבנה ולסייע בתיארוך שלבים כרונולוגיים בתולדותיו בשיטות מדויקות (פחמן 14 ו-OSL).
 
שטח B. נחפר מאגר המים הדרומי. בשנות השלושים של המאה הכ' הוא נחפר לעומק 2.0–2.5 מ' על ידי משלחת קולט, ונחשפו בו שני גרמי מדרגות, צפוני ודרומי (Baly 1935). בחתכי בדיקה שנחפרו בעונת 2017 נחשפו רצפה לצד גרם המדרגות הצפוני ותשתית לצד גרם המדרגות הדרומי (Tepper et al. 2018). בחפירה הנוכחית הוסרה בכלי מכני שכבה של אדמת לס שהצטברה בחלקו העליון של המאגר; בחלקו המזרחי הוסרה השכבה עד למפולת שנחשפה תחתיה, ובחלקו הדרומי היא הוסרה כמעט עד לרצפת המאגר כדי לאפשר שימור. בחתך שנחפר לצד גרם המדרגות הדרומי, מראש מפולת ועד הרצפה, נחשפו קיר והמדרגות עד לעומק של כ-5 מ'. חתך נוסף נחפר בפינה הדרומית-מערבית של המאגר, ונחשפה בו הרצפה בעומק דומה. על הרצפה הצטברו אבנים קטנות, בחלקו התחתון של החתך, ומפלסי לס, בחלקו העליון; בתווך זוהו רבדי אדמה עשירים בחומרי מליטה אפורים. בשני חתכים שנחפרו בחלקו הצפוני-מערבי של המאגר נחשף קיר עקלתוני שנבנה ממערב למזרח לרוחב המאגר, ומחלק אותו לשני מפלסים, עליון ותחתון. בקיר נחשף גרם המדרגות הצפוני, היורד למפלס הרצפה התחתון של המאגר (כ-5 מ' עומק). על המדרגות נחשפו כלי מתכת מתחילת המאה הכ' לסה"נ, ככל הנראה מימי פעילותה של משלחת קולט. כן נפתחו חמישה ריבועי חפירה לאורך הקירות הדרומי והמערבי של המאגר ובמרכזו. במרכז המאגר נחשפה בריכת שיקוע (2.5 × 4.5 מ', 1 מ' עומק; איור 3). קירות המאגר, רצפתו ובריכת השיקוע טויחו בטיח אפור, שהונח על תשתית של אבנים קטנות ומלט אפור. במפולות ובהצטברויות אדמה בריבועי החפירה התגלה ממצא מועט, ובו מטבעות ושברים של כלי חרס מהתקופה הביזנטית (המאה הז' לסה"נ לכל המאוחר). חקר המפולות והצטברויות האדמה בחתכים ותיארוכם בשיטות מדויקות (פחמן 14 ו-OSL) יסייע להבין את תהליך ההרס של המאגר.
 
שטח C. בעונת 2017 נחפר חתך אחד בפינה הדרומית-מערבית של מאגר המים הצפוני, ונחשפה בו רצפה מטויחת בעומק 3.5 מ'. בעונה זו נחפר חתך אחד לצד גרם המדרגות הצפוני של המאגר, והתגלה שהחלק הצפוני-מערבי של הקיר ההיקפי של המאגר הוא מודרני ונבנה כנראה כחלק מפעילות שימור שנערכה בעבר. החפירה במאגר הצפוני הופסקה בשל מגבלות טכניות.
 
שטח D. נחפר כיסוי שהונח לפני כ-30 שנים על גבי רצפת הפסיפס בקפלה שבכנסייה הצפונית, בין אולם הבפטיסטריום לאולם המרכזי. בפסיפס, שנחפר בשנות השלושים של המאה הכ' על ידי משלחת קולט, כתובת בנייה ביוונית שתוארכה לשלהי התקופה הביזנטית ודגמים גיאומטריים במגוון צבעים המוכרים מהתקופה הביזנטית (סגל תשמ"ו; איור 4). בפערים בפסיפס במרבד המרכזי וממערב לקיר הסורג נחפרו חתכים עד סלע האם, והתגלו בהם ממצאים המעידים כי רצפת הפסיפס קדומה לבניית קיר הסורג והאפסיס וכי היא שימשה במכלול גדול יותר שהוקטן. עבודות שימור מלווה חפירה שנערכו בפסיפס מיד עם חשיפתו התמקדו בייצוב השרידים והגנתם. ממצא כלי החרס והמטבעות שהתגלו תוארך לתקופה הביזנטית. דגימות חומר אורגני משכבות התשתית של הפסיפס שנאספו לצורך תיארוך בשיטת פחמן 14, עשויות לסייע בדיוק מועד בניית הכנסייה או שיפוץ רצפתה.
 
שטח E. צמוד לכנסייה הצפונית ומדרומה נחפרה תעלה ראשית (איור 5), ששימשה ככל הנראה לאיסוף ולהובלה של מי נגר מן המדרונות שמצפון-מזרח לאתר אל בורות מים שבקרבת הכנסייה. התעלה הראשית נבנתה מלוחות אבן והובילה אל בריכת חלוקה רבועה מטויחת שבקירותיה פתחי שתי תעלות. התעלה האחת הוליכה מים אל בור הנמצא בגב הבפטיסטריום שבאגף הדרומי של הכנסייה, ואילו התעלה השנייה הוליכה לדרום-מערב, אולי אל בור מים ציבורי בכיכר הצפונית או אל בור אחר שטרם אותר. לצד בור המים שאליו הוליכה התעלה האחת התגלתה בריכה מטויחת ששימשה לחלוקת מים אל תעלות משנה; המים שנשאבו מהבור זרמו דרך נקב בקיר הכנסייה לתוך אגן הבפטיסטריום שבה. מדרום לבריכת החלוקה נחפר קטע נוסף של תעלה ולצדה התגלו משקוף אבן הנושא חריתת צלב ושני מגופים ששימשו לוויסות מי הנגר והזרמתם. משני צדי התעלה הראשית נחשפו תעלות משנה נוספות, בנויות ומטויחות, ששימשו להולכת מים באמצעות מערכת של צווארי אמפורות בשימוש משני; אמפורות אלה מתוארכות לשלהי התקופה הביזנטית (המאה הו' לסה"נ). כלי חרס שנמצאו במילוי הקרקע משני צדי התעלה תוארכו אף הם לזמן זה. ממצאים אלה מעידים כנראה על גינת נוי שטופחה בין הכנסייה למכלול המבנים (אינסולה 1) שנחפר בחלקו על ידי משלחת קולט. בעבר הוצע כי שטח זה היה חלק מן המנזר שעמד בחלקו הצפוני של האתר (Hirschfeld 2003). דגימות קרקע שנאספו מחתכים בתעלות יסייעו לתארך את מערכת המים בשיטת OSL. דגימות נוספות שנאספו נשלחו לבדיקת פולן במטרה לזהות את מגוון הצומח שגודל בחלקה זו.
 
שטח F. ממזרח לכנסייה הצפונית נחפרה תעלת מים ראשית, שהוליכה למרכז האתר (לכנסייה המרכזית ולבית המושל; איור 6). בחפירה שנערכה בשטח בעבר התגלה מתקן חלוקה בקצה תעלת עפר, שהובילה מי נגר מכתף שבטה אל תוך היישוב, והוצע כי המים הוזרמו באמצעות מגוף מרכזי, שהיטה אותם אל הכנסייה הצפונית מצד אחד ואל מאגרי המים בדרום האתר מהצד השני (צוק תשס"ג). בחפירה הנוכחית התגלה מתקן מגופים כפול, שאפשר לכאורה הזרמת המים גם לכיוון הכנסייה הצפונית, אם כי תעלה מהמגוף לכיוון צפון טרם אותרה. ממצאי החפירה מלמדים על מורכבותה של המערכת להובלת מי הנגר אל האתר ועל כמויות המים שנאספו מן המדרונות. נלקחו דגימות קרקע מחתך בתעלה כדי לתארך את זמן השימוש בה בשיטה מדויקת (OSL).
 
שטח G. נחפרו שני חתכים בשני חדרים סמוכים בדרומה של אינסולה 1 שמדרום לכנסייה הצפונית (סג"ל תשמ"ו), מדרום-מערב לגת ובקרבת בור מים. החתך הצפוני נחפר בחדר שפתחו נאטם בבנייה מכוונת (איור 7); בפתח הוצבו אבני גזית ואבני אומנות של קשת, שנתמכו מאחור באבנים בינוניות וקטנות שהוצבו בחצי מעגל. החתך הדרומי נחפר בחדר שפתחו לא נאטם. מטרת החפירה הייתה לעמוד על הבדלים כרונולוגיים-סטרטיגרפיים בין החדרים לפי ניתוח ההצטברויות שבהם. בשני החדרים תועדו הצטברויות עפר ממפלס פני השטח ועד הרצפות, וכן תחת הרצפות ועד סלע האם. בפני השטח בשני החדרים התגלו שברים של כלי חרס מהמאה הכ', עדות לנוכחות ארעית במקום, ככל הנראה בזיקה לבור המים הסמוך. המילויים תחת רצפות שני החדרים תוארכו לתקופה הביזנטית (המאות הה'–הו' לסה"נ), עדות לבניית המבנה כולו בעת זו. הצטברויות העפר בחדר שנאטם בבנייה זוהו כמילויים מכוונים, ובהם שכבת אפר שנחשף בה ממצא משלהי התקופה הביזנטית–ראשית התקופה האסלאמית הקדומה. הצטברויות העפר בחדר שלא נאטם תוארכו למן ראשית התקופה האסלאמית הקדומה ועד לעת המודרנית, ומכאן שלא הורבדו בקונטקסט ארכיאולוגי נקי. נאספו דגימות קרקע מהחתכים בשני החדרים, מעל לרצפות ומתחתן, במטרה לתארך את זמן הבנייה וההרבדה בשיטות מדויקות (פחמן 14 ו-OSL).
 
שטח H. תועדה רצפת פסיפס בחצר בצפון-מזרח אינסולה 2 שממערב לכנסייה הצפונית (סג"ל תשמ"ו; איור 8). בכניסה לחצר מכיוון הכיכר הצפונית התגלו בחלק המזרחי מדרגות ובחלק הצפוני-מערבי כניסות לשני חדרים צמודים. רצפת הפסיפס עשויה מטסרות לבנות גדולות (2 × 2 ס"מ), שהונחו על תשתית אבנים. בחלק המערבי של החצר נחפר חתך עד לסלע האם, והתגלתה בו תשתית הפסיפס, ובה שכבת פסולת מתעשיית פסיפס המכילה שברי זכוכית שמקורם ככל הנראה בהכנת פסיפס זכוכית. תחת רצפת החצר התגלה ממצא מהתקופה הביזנטית. ייעודה של החצר אינו ברור. עבודות שימור מלווה חפירה שנערכו בפסיפס מיד עם חשיפתו התמקדו בייצוב השרידים והגנתם.
 
שטח I. נפתח ריבוע חפירה מדרום לכיכר הצפונית וממזרח לכנסייה המרכזית, לרוחבו של שקע טבעי הנמשך מזרחה, לאורך קו התעלה המשוער שהוביל את מי השיטפונות שנוקזו מכתף שבטה לתעלה המרכזית שביישוב (שטח F, לעיל), במטרה לאתר את המשכה של התעלה במרחב הציבורי. התגלתה תעלה בנויה ומקורה בחלקה הנמשכת למערב (איור 9), אל עבר מבנים הצמודים לכנסייה המרכזית ולבית המושל, ממצא שאינו תומך בהנחה כי מי השיטפונות מכתף שבטה נוקזו אל  מאגרי המים בחלקו הדרומי של האתר (צוק תשס"ג). נלקחו דגימות קרקע מחתך בתעלה כדי לתארכה בשיטה מדויקת (OSL).
 
שטח J. נחפרו שני חתכים עד לסלע האם בכנסייה הצפונית: החתך המזרחי נחפר בחלקה הפנימי בפינת הנרתקס, ביסוד קירותיה המקוריים, והחתך המערבי נחפר בפתחה המערבי של הכנסייה, לצד קירות התמך המשופעים המקיפים אותה (איור 10). מטרת החפירה ללמוד את מבנה הקירות והתמיכות שהוצמדו אל הפן החיצוני שלהם בשלב בנייה מאוחר, לצורך תכנון עבודות השימור בכנסייה. נמצא כי קירות הכנסייה המקוריים הושתתו על סלע האם, והקיר המשופע המקיף את המבנה מצדו החיצוני הושתת על גבי שכבת מילוי. בחפירת החתך המזרחי התגלו שברי טיח ועליו שרידי צבע אדום. הממצא משכבות התשתית והמילויים בשני החתכים תוארך לתקופה הביזנטית. דגימות חומר אורגני מהמילוי שהורבד תחת קיר התמך יתוארכו בשיטה מדויקת (פחמן 14) ויסייעו בתיארוך מועד בניית הקיר.
 

החפירות בשבטה בעונת 2018–2019 תרמו רבות להבנת האתר ותולדותיו. מרבית השרידים האדריכליים שנחשפו מתוארכים לתקופה הביזנטית לכל המוקדם, ומעט מהם מתוארכים לתקופה האסלאמית הקדומה; לא התגלה ממצא אדריכלי מאוחר יותר. הניתוח האדריכלי-סטרטיגרפי של בית המגורים בשטח A והנתונים הכרונולוגיים העולים מחפירתו מאפשרים לשרטט את רצף ההתיישבות במרכז האתר בקרבת מאגרי המים של שבטה. נוסף על כך, תרמה החפירה להבנה של היקף ההתיישבות בשבטה ותהליך נטישתה במעבר מהתקופה הביזנטית לאסלאמית הקדומה. נראה כי חלק מתהליכי ההרס במבנה, ואולי גם במבנים ציבוריים אחרים שנחפרו, הושפעו מאירוע או אירועים של רעידות אדמה שפקדו את האתר.

החפירות שנערכו בכנסייה הצפונית ובקרבתה, כמו גם באינסולות 1 ו-2, הן הראשונות מאז חפירותיו של קולט שהותירו שאלות רבות בקשר לרצף ההתיישבות באתר, התפתחותו וזיהוי השרידים. המשך המחקר וניתוח הממצאים הביולוגיים במעבדה יוסיפו ידע על הפעילות הכלכלית והחקלאית שהתקיימה סביב הכנסייה. תיארוך הסדימנטים שהצטברו יאפשר לקבוע את מועד ההרס והנטישה של המבנים ובכך יתרום להבנת שלבי ההתפתחות והדעיכה של צפון היישוב. מערכת התעלות שנחשפה בגב הכנסייה ייחודית ומעידה על טכנולוגיה גבוהה, תכנון הידרולוגי ושימוש מושכל במים לצורכי חקלאות במרחב הפנימי של האתר. המשך המחקר הבוטני-ארכיאולוגי יכול לשפוך אור על מאפייני חקלאות זו שפעלה ככל הנראה בחסות הכנסייה או המנזר.

בניסיון ללמוד את מערכת איסוף מי הנגר אל האתר ובתוכו, נחפר מאגר המים הדרומי ונמצא כי עומקו ונפחו גדולים מאלה שהוערכו בעבר. בחפירה תועד אופן בנייתם והפעלתם של מאגרי המים בשבטה, אך לא נמצאו עדויות כלשהן לאישוש ההצעה כי מתקנים אלה היו מקורים בבנייה. החפירה לאורך תעלות המים בחלקים הצפוניים של האתר סיפקה מידע חדש בנוגע לאופן הפעלת מערכת איסוף מי הנגר מהמרחב שסביב היישוב אל מרכזו ואופן הטיית מי הגשמים ואגירתם. נראה כי איסוף מי הנגר שהובלו מן המדרונות הוסט מתעלות חפורות ופתוחות מחוץ לאתר אל תעלות בנויות ומקורות בתוך האתר. המים כוונו אל בורות ציבוריים באמצעות בריכות ששימשו לאיסוף משקעי הקרקע ומערכת מגופים שהותקנו לאורך התעלות. מערכות אלה מעידות על ניהול משק המים בשבטה בידי מנגנון של מנהל ושלטון ציבוריים, ככל הנראה כנסייתי, וכן על כמויות המים הגדולות שנקלטו במאגרים תת-קרקעיים ביישוב. בחפירה לא נמצא עד כה קשר בין המערכת שבצפון האתר למאגרי המים הפתוחים שבדרומו.