בחודשים ינואר-פברואר וספטמבר-אוקטובר 2000 נערכו שתי עונות של חפירת הצלה בגדה הצפונית של נחל רפאים (הרשאה מס' 3187-A; נ"צ — רי"ח 21665-700/62790-900; רי"י 16665-700/12790-900) בעקבות פגיעה בעתיקות במהלך הסדרת הניקוז בנחל. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת גיחון, נוהלה על ידי ש' וקסלר-בדולח. בעונה הראשונה סייעו פועלים מכפר יטא, והיא הופסקה בשל תנאי מזג האוויר. בעונה השנייה סייעו ש' כהן (ניהול שטח) ט' קורנפלד, א' האג'יאן וו' פירסקי (מדידות), ק' עמית (צילומי שטח), ג' נגר, ר' אבו-דיאב ונ' דוידוב (טיפול ברצפת הפסיפס והעברה למוזאון רוקפלר), א' קמייסקי (רפאות כלי חרס), כ' הרש (ציור כלי חרס), א' אלטמרק (ניקוי מטבעות) וד"צ אריאל (נומיסמטיקה). רצפת הפסיפס וציורי הקיר שעיטרו את בית האמידים הרומי שנחשף באתר נחקרו על ידי ר' טלגם וס' רוזנברג ויפורסמו על ידיהן בדוח החפירה הסופי. תודה לא' ועקנין ועובדי אתר עין יעל הסמוך על הסיוע.
עבודות של כלי מכני יצרו תעלה עמוקה כ-10 מ' מצפון לגדת הנחל ולאורך עשרות מטרים. נחפרו ארבעה ריבועים עד לסלע האם, שניים בתוך התעלה ושניים מצפון לה. נחשפו ממצאים משלוש שכבות עיקריות: קדומה (שכבה III) שבה נחשפו שרידי מבנה או מתקן מהתקופה ההלניסטית/הרומית הקדומה, תיכונה (שכבה II) שבה נחשף חלקית חדר ובו רצפת פסיפס השייך לבית אמידים מהתקופה הרומית המאוחרת ועליונה (שכבה I) שאליה שייך כבשן יוצרים מהתקופה הרומית המאוחרת/הביזנטית, ולצדו ערמת פסולת ובה שברי כלים רבים.
שכבה III. נחשף חלק ממבנה או מתקן שנשתמרו ממנו שני חלקי קירות לגובה נדבך אחד היוצרים פינה (איור 1). הקירות בנויים ישירות על הסלע, ולהם שני פנים של אבני גוויל בינוניות בבנייה יבשה. רצפת המבנה לא שרדה. מילוי העפר מעל הסלע הכיל שברי כלים שהמאוחרים בהם תוארכו לתקופה ההלניסטית או הרומית הקדומה. לשכבה זו מיוחסים גם ארבעה מטבעות הלניסטיים שנתגלו (ר"ע 96277, 96278, 96279, 96285), שלושה מהם נטבעו בימי אלכסנדר ינאי.
שכבה II. נחשף חדר מרוצף פסיפס השייך לבית אמידים מהתקופה הרומית המאוחרת
(3.2 × 3.2 מ' מידות פנימיות משוערות). חלקו המזרחי של החדר נפגע פעמיים: פעם אחת בעת התקנת כבשן היוצרים בעת העתיקה (שכבה I להלן) ופעם שנייה בעת פעילות הטרקטור הנוכחית.
הכניסה לחדר היתה מדרום, דרך פתח כניסה רחב (כ-1.4 מ' רוחב). בפינה הצפונית-מערבית של החדר נחשפו שלוש מדרגות שהובילו צפונה. רצפת החדר עשויה פסיפס לבן, ובו שני שטיחים עשירים בדגמים וצבעים. הראשון, גדול וסמוך לפתח הכניסה הראשי והשני קטן יותר, מצפון לו בחזית המדרגות (איור 1).
בשטיח המרכזי הגדול (1.5 מ' אורך, 2.5 מ' רוחב משוחזר) ניתן להבחין בפנל מלבני
(0.55 מ' רוחב) ובו דגם של צדפה בעלת שתי קשוות, או אולי קערת מתכת, ומעליה צמד פירות(?) הנראים כאצטרובלים או ארטישוקים וממזרח להם אולי ראש דג(?). הדגם המרכזי מוקף מסגרת אדומה (0.45 מ' רוחב) שסביבה מסגרת נוספת בדגם סליל רץ
(0.1 מ' רוחב) החוזרת על עצמה ברצועת השוליים של השטיח. בין שתי רצועות הסליל הרץ מופיעה רצועה רחבה של מאנדר (0.2 מ' רוחב). דגם המאנדר תלת-ממדי בגווני אפור, צהוב, אדום ולבן ואילו הסליל הרץ בגווני אדום בלבד. ראשי הסלילים בשתי רצועות הסליל הרץ – הפנימית והחיצונית פונים כלפי דגם המאנדר ובסיסם יוצר קו רציף.
השטיח הצפוני רבוע (0.6 × 0.6 מ'), תחום במסגרת שחורה דקה, מעוטר בעיטור גיאומטרי עשוי במחוגה ובו תשליב וורדות בנות ארבעה עלים, היוצרות מעגלים. במרכז כל מעגל עיטור קטן דמוי פרח. פנים השטיח אדום, והעיטורים מוצגים בלבן.
קירות החדר הצפוני, המערבי והדרומי עוטרו בסקו צבעוני שנשמר חלקית ושרדו לגובה אחד עד שלושה נדבכים מעל הרצפה.
על פי סגנון הפסיפס, עיטורי הקיר ומעט שברי כלי חרס במכלולים הקשורים לבית האמידים, ניתן להציע לתארך את המבנה לתקופה הרומית המאוחרת, ככל הנראה למאה הג' לסה"נ.
שכבה I. נחשף כבשן יוצרים לכלי חרס. חלקו הדרומי נפגע מטרקטור לפני החפירה. לכבשן צורה אובלית (3.3 מ' אורך, 1 מ' רוחב מרבי, כ-2 מ' גובה השתמרות), הוא בנוי על משטח סלע שנוקה, הוחלק ונחצב בו בור לחלקו התחתון ששימש תא בעירה. חלקו העליון שימש תא כלים. הכבשן הוקף קיר (1.5 מ' רוחב) הבנוי אבני גוויל בינוניות ללא השתמרות חומר מלכד. סביב דופנו הפנימית של הכבשן נבנו לסירוגין אומנות רבועות הבולטות פנימה לחלל הכבשן. דומה שאוויר חם עלה מתא הבעירה לתא הכלים דרך הפתחים הצרים שבין האומנות הרבועות. על רצפת תא הכלים של הכבשן ובמילוי העפר שמעליה נתגלו כלים שלמים שבורים, בעיקר טסים עם בסיס רחב ושטוח (איור 2) ומכסי קנקנים (איור 3) וכן שברי כלי חרס מטיפוסים אחרים. תא הכלים היה חתום בלבנים אדומות ואבנים שמקורן ככל הנראה בקריסת גג הכבשן. סביב הכבשן נחשפה שכבה בעובי של כ-3 ס"מ עשירה מאוד בשברי כלי חרס ופסולת ייצור.
מכלול הכלים שנתגלה בתוך הכבשן ובערימות הפסולת וכן חמישה מטבעות שזמנם 408-335 לסה"נ לכל המאוחר מאפשרים להציע את תיארוך זמן פעולתו של בית היוצר למחצית השנייה של המאה הד' או ראשית המאה הה' לסה"נ לכל המאוחר.