נחפרו שישה שטחים ממערב לכביש 66 ולאורכו (FA; איור 1). בשטח A (כ-25 מ"ר) נחשף מפלס חיים של יישוב ובאר מים מהתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג'. בשטח B (כ-50 מ"ר) נחשף משטח סלע ובו קברים חצובים ובנויים ולצדם קנקנים (מנחות קבורה?) מתקופת הברונזה התיכונה. כן נחשפה מערת קברים ובה ממצא שתוארך לתקופות הברונזה הביניימית והמאוחרת. בשטח C (כ-75 מ"ר) נחשפו קברים בנויים וחצובים שלא תוארכו. בשטחD  (כ-25 מ"ר) נחשפה מערת קבורה עם כוכים שתוארכה לתקופה הרומית. בשטח E (כ-50 מ"ר) נחפרה בחלקה מערה שתקרתה קרסה. ההצטברויות שנחפרו מחלל המערה תוארכו לתקופה הביזנטית. בשטח F (כ-50 מ"ר) נחשף מפלס חיים של יישוב מהתקופה הכלקוליתית המאוחרת.

 
שטח A. נחפר ריבוע  אחד ונחשף מפלס יישוב ובאר מהתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג'. בשכבה העליונה נמצאו חרסים אחדים מהתקופה הרומית וממצא בן זמננו. בעומק של כמטר אחד מתחת לפני השטח, מעל סלע האם, נחשף מפלס של אבנים קטנות ורסק גירי, שזוהה בו מפלס חיים פרהיסטורי המשתרע מחוץ לגבולות החפירה. נחפר חתך במפלס האבנים ונמצאו בו כלי צור ובהם להבי מגל עם שינון עמוק וכילפות, המתוארכים לתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג' (איור 2). במרכז מפלס החיים, שנחפר בחלקו, נחשפו שתי אבנים גדולות, ניצבות זו לזו, ששימשו חלק מהתקן הפתח בראש הבאר (איור 3; להלן, פי הבאר). האבנים (ברום 127 מ' מעפה"י) הונחו על גבי קיר סגלגל, אחוזות זו בזו ובתשתית אבני גיר. האבנים בולטות כ-0.2 מ' מעל מפלס החיים הפרהיסטורי. ממערב לבאר ובגובה מפלס החיים, נחשף מתקן, הבנוי מלוחות שטוחים מסלעי בזלת וגיר, שמשני צדיו הונחו על צדם לוחות המקנים לו צורת תעלה; ייתכן ששימש יסוד לקיר עליון שלא שרד (איור 4). השרידים הארכיטקטוניים תוארכו לתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג'.
הבאר (איור 5) בנויה בחלקה העליון וחלקה התחתון חצוב בסלע גיר רך עד לשכבת קִרטון פריכה ואטימה למים בעומק 8.5 מ' (118.5 מ' מעפה"י). בהתקנת הבאר הובחנו ארבעה מרכיבים: פיר חצוב, בנייה מעל קרקעית הבאר, קיר בנוי בראש הפיר ואבני 'פי הבאר' בראשו.
1. הפיר החצוב נחלק לארבעה מרכיבים לפי צורתו ובהתאמה למסלע: הראשון, מפני השטח ועד לעומק של כ-3 מ', חלקו העליון רבוע (איור 6) והוא נחצב בהתאמה לסלע. חציבתו לא אחידה ונראה שנעשתה לאורכם של חריצים אנכיים ואופקיים, חלקם אולי סדקים שהורחבו בסלע הגיר (איור 7). השני, הצרת הפיר בחלקו התחתון של הפיר הרבוע, במעבר לסלע רך יותר. השלישי, בחלקו התחתון של הפיר עד לעומק של 7.5 מ', הפיר סגלגל ומידותיו מצטמצמות בהדרגה. גם כאן החציבה לא אחידה ונעשתה לאורכם של חריצים בסלע. המרכיב הרביעי, קרקעית הפיר, שנחצבה בסלע פריך (כ-1.5 מ' נוספים לעומק), צורתה קעורה ומתכנסת. על דופן הבאר, מעל נקודת ההצרה, נחשפה חציבה עגולה ומעליה ארבעה חריצים קשתיים (2 ס"מ עומק מרבי; איור 8).
2. כמטר מעל קרקעית הבאר, נמצא אלמנט בנוי משתי אבנים גדולות ושטוחות, החצובות מסלע גיר קשה. האבנים, טרפזיות ומסותתות בחלקן, הונחו בהתאמה למידות הפיר (איור 9). בניית מפלס אבנים בקרקעית בארות משמשת עד ימינו לסינון מים מבוץ ומלכלוך שמצטבר על קרקעיתן. נראה כי אלמנט ארכיטקטוני זה שימש מסנן למי האקוויפר. 
3. בראש הפיר החצוב נמצא קיר סגלגל, הבנוי מאבנים קטנות ובינוניות, ששרד לגובה 4–10 נדבכים. הקיר בנוי לאורכם של שקעים טבעיים ברום הפיר החצוב עד למפלס אחיד בראשו. בחלקו הצפוני-מזרחי של הקיר הסגלגל אפשר להבחין בנטייה קלה פנימה של נדבכי האבן, ונראה כי נבנה כך במכוון, כדי להצר את פתח הפיר (איור 10).
4. אבני 'פי הבאר' ניצבות זו לזו, אחוזות במילוי של אבנים קטנות סביבן ומושתתות על גבי הקיר הסגלגל. מהפתח המקורי שרדו שתי אבנים בחלקו הדרומי-מזרחי. אבן אחת גדולה (1.45 מ' אורך, 0.45 מ' רוחב), מעוגלת בחלקה הפנימי, ואפשר להבחין בשלושה חריצים אנכיים, שנוצרו כנראה מפעולת חיכוך של משיכת חבלים נושאי כלי אגירת מים מתחתית הבאר (ר' איורים 3, 5).
 
בחפירת הפיר הוצאו אדמה ואבנים (כ-15 מ"ק) שחולקו לארבע שכבות, להלן.
1. הצטברויות של קרקע בוצית רטובה על קרקעית הבאר, תחת האלמנט הבנוי המסנן (מס' 2 לעיל). בחפירה הופרדו פחם, כלי צור מטיפוס שקערורית, עצם אחת של בקר וגושי טין. שכבה זו משויכת לתקופת השימוש בבאר.
2. הצטברות של קרקע פריכה מעל האלמנט הבנוי (מס' 2 לעיל); הרטיבות יורדת ככל שעולים בגובה הפיר. השכבה הכילה אבני גיר רבות, אבני קִרטון בינוניות וכן לוחות אבן אחדים מסלע בזלת (הדומים לאלה שנמצאו במתקן הבנוי במפלס החיים מחוץ לבאר). בחפירת שכבה זו נתגלה ממצא ארכיאולוגי רב, שכלל עצמות בעלי חיים, עצמות אדם, שרידי פחם, חומר אורגני, כלי צור ובהם להבי מגל משוננים שינון עמוק ושבר ראש חץ מטיפוס עמוק. כן נמצאו כלי אבן ובהם שבר קערה, מקבות מאבן גיר, כלי טחינה מבזלת וכלי נוסף מפומיס. מכלול עצמות בעלי החיים כולל עצם אחת של לסת חזיר. ממכלול עצמות האדם זוהו שלושה פרטים: אישה כבת 19–20 שנה, גבר כבן 30–40 שנה ופרט נוסף שלא זוהה (איור 11). בראש השכבה נמצאו שתי מצבות אבן: אחת גלילית (איור 12) ואחרת מלבנית. למרות שהשלדים לא נמצאו בארטיקולציה, הממצא הארכיאולוגי ובעיקר מצבות האבן מרמזים על קבורה.
3. הצטברויות בחלקו המרכזי של פיר הבאר, בחלקו הסגלגל תחת נקודת ההצרה. נחפרה קרקע דחוסה ובה אבנים רבות במגוון גדלים. הממצא מועט וכלל פחם, חומר אורגני וכמה כלי אבן, בהם שתי מקבות מאבן גיר. הממצא המשמעותי משכבה זו הוא עצמות בעלי החיים, בעיקר צאן. על חלק מהעצמות נמצאו סימני ביתור.
4. הצטברויות שנחפרו מחלקו העליון והרבוע של הפיר החצוב עד ראש הקיר הסגלגל שמעליו. נחפרה קרקע דחוסה, קשה לחפירה, ונתגלו בה אבנים רבות במגוון גדלים ולוחות מבזלת, בדומה לממצא מהמתקן שבמפלס החיים העליון. בתחתית שכבה זו נמצאו שברים של אבני גיר גדולות, כנראה מאבני 'פי הבאר' שקרסו לתוך הפיר. נמצאו פחם, חומר אורגני וכלי צור, בהם כמה להבים עם שינון עמוק (איור 13) וראש חץ מטיפוס עמוק.
 
לסיכום, הבאר בעינות ניסנית נחצבה בסלע הגיר הרך, עד לשכבת קרטון פריכה האטומה למי התהום. הבאר מקבלת את מימיה מאקוויפר, מאגר מי תהום באזור בלתי רווי, מעל שכבת סלע נושאת מים. בארות מסוגה, שנחצבו לתוך אקוויטרד (שכבת סלע המאפשרת מעבר אִטי של מים) ומאופיינות בספיקה מועטה יחסית של מים ובתנודות עונתיות גדולות, הספיקו כנראה לצרכים של תושבי האתר. מהחפירה עולה כי הבאר שימשה יישוב חקלאי בתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג'. תיארוכה נסמך, בשלב הנוכחי של המחקר, על מכלול כלי הצור והעדר כלי חרס. הקבורה מעל קרקעית הבאר, המילוי שנחפר בשכבה התחתונה וההצטברויות בחלקה האמצעי מתוארכים לאותה העת. ממצאי החפירה מאפשרים להניח כי האתר המשיך להתקיים גם זמן מה לאחר נטישת הבאר. כמו כן נראה כי השכבה העליונה שנחפרה מההצטברויות בפיר מתוארכת לשלהי ימיו של האתר, או לאחר נטישתו בתקופה זו.
 
שטח B. קברי ארגז וקברים חצובים שלא תוארכו נחשפו בשני ריבועים, שנפתחו בניצב לכביש ובכיוון כללי מצפון-מזרח לדרום-מערב. ריבוע אחד, תחתון, נחפר בשולי תעלת ניקוז מודרנית, החפורה לצד הכביש, וריבוע אחר, עליון, נחפר במדרגת סלע גבוהה יותר. בריבוע העליון ובמחיצה שבין שני הריבועים נחשפו ראשי קברים אחדים שלא נחפרו. בהצטברויות סביב הקברים נתגלו חרסים המתוארכים לתקופות הברונזה הביניימית, התיכונה והמאוחרת, וכן לתקופות הרומית והביזנטית. במפלס עליון נאסף ממצא בן זמננו ובו סיכת מפקד מחלקה עם סמל 'ההגנה'. פריטים אלה מתוארכים לאמצע המאה הכ' לסה"נ, לזמן מעברת מנסי. כמו כן נחשף משטח סלע קשתי, אולי גג מערה שקרס. בחלקו הדרומי של הריבוע נחשפה חציבה מלבנית, שבתחתיתה מפלס אבנים ולצדה קבר ארגז מכוסה בלוחות אבן. בחלקו הצפוני של הריבוע נתגלה קבר נוסף, חפור ובנוי, מכוסה באבנים, שנחשף עד אבני הכיסוי. נתגלו שני קנקנים שתוארכו לתקופת הברונזה התיכונה, אחד מהם שלם (איור 14) ונמצאו בו חרוז אבן, מעט עצמות שלא זוהו וכן עצמות בעלי חיים קטנות, בהן גם צבתות סרטנים. נראה כי הקנקנים היו חלק ממנחות לוואי של קבר שנהרס ונפגע מהתקנת קברים בתקופות מאוחרות. כן נחשפו שרידי בנייה נוספים, שלא נחפרו, וסביר כי שימשו לקבורה. בריבוע התחתון נחשף בחלקו חלל סגלגל, חצוב בסלע הקרטון הרך. נראה כי חלל זה שייך למערה שתקרתה חסרה ואפשר כי הוסרה בעת עבודות פיתוח (איור 15). חלל זה שימש לקבורה למן תקופת הברונזה הביניימית ועד תקופת הברונזה המאוחרת. מהשלב הקדום, נחשף מפלס ובו כלי חרס — קערות, קומקום ממורק אדום וקנקניות — שתוארכו לתקופת הברונזה הביניימית. מהשלב המאוחר, נחשפו שברי כלים, בהם חלקי פך מיובא מקפריסין, מטיפוס 'בילביל', שתוארכו לתקופת הברונזה המאוחרת.
 
שטח C. נחפרו ארבעה חצאי ריבועים בכיוון כללי מדרום-מזרח לצפון-מערב, לפי תנאי התכסית בשטח (חורשת עצים). בדרום-מזרח השטח, נחשף כמעט בשלמותו חלל סגלגל, חסר תקרה, חצוב בסלע הקרטון הרך. בחלקו המזרחי נחשפה קשת בנויה מאבני גזית. אומנות הקשת הוצמדו לסלע ובחלקה התחתון נמצאו אבני גזית גדולות מסלע גיר קשה. בהצטברויות שנחפרו מתוך החלל נמצאו חרסים המתוארכים לתקופה הרומית הקדומה. למרות שלא נמצאו עדויות לקבר או עצמות, אפשר כי החלל שימש לקבורה. בצפון-מערב השטח נחשף חלל סגלגל דומה נוסף, שנחפר חלקית ובשל מגבלות החפירה לא נחשפה רצפתו. חתך החלל, שנחפר כמעט מפני השטח, כולל פסולת חציבה של אבני קרטון קטנות. לתוך פסולת החציבה נחפר ונבנה קבר ארגז, שכיוונו מזרח–מערב, שלא נחפר. קיר בנוי, כנראה שייך לקבר נוסף, נמצא בשוליים המזרחיים של החלל החצוב. שני הקברים מאוחרים יחסית לפסולת החציבה. בין שני החללים נחשפו ולא נחפרו כ-14 אלמנטים שזוהו כקברים. הקברים, שכיוונם מזרח–מערב, חלקם חצובים בסלע, כקברי שוחה, וחלקם בנויים ומכוסים בלוחות אבן. הממצא סביב הקברים מעורב ובו חרסים שזמנם למן תקופת הברונזה ועד ימינו. על סלע האם נמצאו חרסים המתוארכים לתקופות הברונזה הקדומה והתיכונה.
 
שטח D. נחפר ריבוע אחד ונחשפה מערת כוכים סגלגלה, חצובה בסלע הקרטון הרך. תקרת המערה חסרה, אולי קרסה או הוסרה בשלב קדום. תועדו חמישה כוכים, שפתחם: לצפון, לצפון-מזרח, לדרום, לדרום-מערב ולמערב; מיקומם מלמד על התאמתם לחלל קיים (איור 16). הכוכים לא נחפרו, אך נראה שאורכם אינו מספיק להכנסת ארון או נפטר, ולכן סביר כי שימשו לקבורה משנית, אולי בגלוסקמאות. בחלל המערה נמצאו חרסים המתוארכים לתקופה הרומית; בתקופה זו נהגו לקבור בקבורה משנית וזה מתאים לתכנית המערה. מעל המערה, בחלקו הדרומי של הריבוע, נחשף בחלקו חלל סגלגל חצוב. במפלס העליון של חלל זה ובחלל הפנימי של מערת הכוכים נמצאו עצמות אדם וחפירתם לא הושלמה. 
 
שטח E. נחפרו שני ריבועים, שכיוונם מזרח–מערב. בריבוע המזרחי לא נמצאו ממצאים קדומים, כנראה בשל עבודות פיתוח שנערכו במהלך השנים. בריבוע המערבי נחשף בחלקו חלל תת-קרקעי חצוב בסלע הגיר שתקרתו קרסה. במילוי שנחפר תחת מפולת התקרה נאספו חרסים מהתקופות הרומית והביזנטית. החפירה לא העמיקה עד רצפת המערה, ולכן אי אפשר לקבוע את ייעודה או לתארכה.
 
שטח F. נחפרו שני ריבועים, שכיוונם הכללי מצפון לדרום. השטח קרוב לעין עוזי, השופע כל השנה, וכביש מפריד בין מקור המים לאתר עתיקות. בריבוע הצפוני, קרוב לכביש, נחפרה שכבת פני שטח, ונמצאו בה חרסים מהתקופה הרומית. תחת שכבה זו נחשף מפלס חיים ובו אבנים קטנות ובינוניות, חרסים, כלי צור ושברים של קערות מבזלת, שתוארכו לתקופה הכלקוליתית המאוחרת (השלב הע'סולי). בחלקו המזרחי של הריבוע נמצאו כמה אבנים גדולות, אולי חלק מקיר. מפלס החיים שנחשף ושרידי הבנייה נמשכים מחוץ לגבולות החפירה. בריבוע הדרומי, מתחת לשכבת פני השטח, נחשף מפלס חיים משופע ממערב למזרח ומצפון לדרום, המשתרע מחוץ לגבולות החפירה. המפלס הכיל אבנים קטנות, רסק גירי ואבנים שרופות. במרכז המפלס נחשף מתקן מלבני בנוי מאבני גיר (איור 17) ולצדו נמצא שבר משקולת מאבן. בחתך שנחפר בחלקו המזרחי של הריבוע נמצאו זו מעל זו שתי רצפות. בצפון, תחת הרצפה העליונה, נחשפו קירות בנויים ולצדם עצמות בקר וכן מעט עצמות אדם. בחלקו הדרומי של החתך, תחת מפלס הרצפה השנייה, נמצא מתקן חצוב בסלע שבחפירתו נמצאו גלעיני זית אחדים. מעל מפלס החיים שבין הרצפות ומתחתן נמצאו כלי צור, חרסים וכלי אבן המתוארכים לתקופה הכלקוליתית המאוחרת, בהם שברי קערות מבזלת עם ידיות נקב ועיטור זיגזג בחלקן הפנימי העליון.
 
בחפירה נחשפו מפלסי יישוב מתקופות פרהיסטוריות (שטחים F ,A) ובית קברות מתקופות היסטוריות (שטחים EB) ששימש את תושבי האתר וסביבתו הקרובה תקופות ממושכות. האתרים הפרהיסטוריים שנחשפו הם אתרי יישוב חד-תקופתיים. נראה כי תושביו הקדומים של האזור מצאו יתרון במיקום יישובי הקבע שלהם בקו התפר שבין העמק להר, ניצלו את מקורות המים הזמינים לצורכיהם (המעיינות שלצד שטחים A ו-F) ואף השכילו לחצוב באר מלאכותית, עד מי התהום (שטח A). היישובים התבססו על חקלאות, כפי שעולה משרידי הזיתים (שטח F), מכלי הצור ובעיקר מממצא הלהבים (שטח A). מניתוח ראשוני של עצמות בעלי החיים נראה כי תושבי האתר התפרנסו מגידול צאן ובקר. הבאר בשטח A מתוארכת לתקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג'. בארות מהתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית מוכרות עד כה רק בקפריסין ובשני אתרים בארץ ישראל הנמצאים בימינו תחת מפלס מי הים התיכון: עתלית ים וכפר סמיר. בארות נוספות מוכרות בארץ, אך הן מתקופות מאוחרות יותר: בשער הגולן, המתוארכת לתקופה הנאוליתית הקרמית; בתל צף, המתוארכת לתקופה הכלקוליתית; ובחלקו המערבי של מפעל המים בתל מגידו, המתוארכת לתקופת הברונזה המאוחרת או לראשית תקופת הברזל. הבאר מעינות ניסנית מלמדת על יכולות חציבה מרשימות ועל ידע נרחב בתחומים גיאולוגיים והידרולוגיים. אלה אפשרו את הכלת מקור המים בגבולות אתר הקבע, בתקופה שבה טרם החל השימוש בכלי חרס ובכלי מתכת. ההשקעה האדירה בחציבת הבאר, באזור שבו מוכרות נביעות טבעיות רבות, מעידה על החשיבות הרבה שיוחסה למשאב המים לצורכי הקהילה המקומית ופרנסתה. מרכיבי הבאר מעינות ניסנית מלמדים גם על חשיבות שמירת ניקיון המים מלכלוך של מי הנגר העילי (פי הבאר) ומי האקוויפר (מסנן). נראה כי מרכיביה של הבאר בעינות ניסנית הם אב טיפוס פרהיסטורי, הדומה בפרטיו לבארות מתקופות היסטוריות, כאלו שהיו בשימוש עד ימינו.
אתר הקבורה הנרחב ממוקם על שלוחה סלעית ובשוליה. נראה כי אופי המסלע הרך קבע את גבולות השתרעות האתר. הובחנו מערות קבורה וקברים בנויים וחצובים מכמה טיפוסים. על סמך החרסים שנאספו על פני הסלע יש לתארך את השלב הקדום לתקופת הברונזה הקדומה. בתקופת הברונזה הביניימית נחצבו לראשונה מערות קבורה שמתארן סגלגל. נמצא כי בחלקן נעשה שימוש חוזר בתקופת הברונזה המאוחרת ואולי גם בתקופה הרומית, לרוב לצורכי קבורה. בית הקברות שימש את תושבי האזור בתקופות היסטוריות ממושכות. קרבתו לתל מגידו, שהיה מרכז עירוני, אזורי וארצי חשוב בתקופות הברונזה והברזל, מאפשר להציע כי לפחות חלק מתושבי התל הסמוך נקברו בבית הקברות שבעינות ניסנית. הקברים מהתקופות הרומית והביזנטית קשורים אף הם למרכזים העירוניים באזור, כמו לגיו-מקסימיאנופוליס, וכנראה גם לקבורה לאורך הדרכים הראשיות שנסללו אליהם (טפר תשס"ג; Tepper 2002). גם בזמננו ניצלו את תנאי המסלע ואת מתקני הקבורה הקדומים בשימוש משני, ונראה כי אלה היו בשימוש עד ימיו של הכפר הסמוך אל-מנסי, באמצע המאה הכ' לסה"נ.
לסיכום, החפירה תרמה להבנת דגם היישוב הפרהיסטורי בשולי עמק יזרעאל והתפרוסות של הנקרופוליס של תל מגידו ולגיו-מאקסימיאנופוליס בתקופות היסטוריות ממושכות. ניתוח ממצאי הבאר, חקר הבוטניקה, המיקרופאונה, הפאונה, האנתרופולוגיה ומחקרים נוספים, יכולים להוסיף ידע רב על תולדות החי, הצומח והאדם באזור בתקופה הנאוליתית.