בחודש מרס 2007 נערכה חפירה בתל יבנה (הרשאה מס' 5092-A; נ"צ — רי"ח 17570-89/64160-70, רי"י 12570-89/14160-70), לאחר שנפגעו שרידים עתיקים. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת החשמל, נוהלה על ידי פ' וולינסקי, בסיוע ש' יעקב ג'ם (מנהלה), ד' פורוצקי (מדידות ושרטוט), מ' שויסקיה (ציור חרסים) וכן מ' עג'מי ומ' פיילשטוקר.
החפירה נערכה בשיפולים המערביים של תל יבנה. נפתחו שלושה ריבועי חפירה (C ,B ,A; איור 1) בציר מזרח-מערב. ריבועים B ו-C צמודים זה לזה והם מרוחקים כ-20 מ' ממזרח לריבוע A. נחשפו שרידי בנייה מהתקופות האסלאמית הקדומה, הממלוכית, העות'מאנית ומימי המנדט הבריטי. בחפירות שנערכו באתר בעבר נחשפו שרידי יישוב וקברים המתוארכים למן תקופת הברזל ועד לתקופה האסלאמית הקדומה (הרשאות מס' 1613-A ו-1798-A ו-3757-A).
ריבוע A (איור 2). נחשפו שרידים של מבנה מגורים, שנבנה בציר כללי צפון-דרום. מן המבנה השתמרו קיר (W4) ורצפת טיח אפור הניגשת אליו ממערב (לוקוס 119). קיר 4
(2.2 מ' אורך חשיפה, כ-0.3 מ' רוחב) נבנה באבנים מסותתות ואבני גוויל בינוניות והשתמר לגובה של חמישה נדבכים (כ-0.7 מ'). סמוך לקיר ומתחתיו התגלה מילוי אדמה שמעורבים בו חרסים מן התקופה האסלאמית הקדומה, ובהם קערה גסה (איור 3: 1). במאה הכ' נבנה מבנה חדש על שרידי המבנה הקדום (לוקוס 109).
ריבוע B (איור 4). בחלקו המערבי של הריבוע נחשפו שרידי קיר (W3), שנבנה בכיוון צפון-דרום באבני גוויל בינוניות ללא חומר מליטה (2.3 מ' אורך חשיפה, כ-0.45 מ' רוחב) והשתמר לגובה של ארבעה נדבכים (כ-0.4 מ'). ליד יסודות הקיר התגלה מילוי אדמה שמעורבים בו חרסים המתארכים את הקיר לתקופה הממלוכית, ובהם קערה גסה (איור 3: 2), קערה מזוגגת (איור 3: 3) וקנקן ללא צוואר (איור 3: 4). בחלקו המזרחי של הריבוע נחשפה רצפה (לוקוס 117), שנבנתה באבני גוויל בינוניות. מעל הרצפה התגלו חרסים רבים המתוארכים לתקופה העות'מאנית. רצפה זו נפגעה כתוצאה מפעילות בת זמננו.
ריבוע C (איור 5). הובחנו שלושה שלבי בנייה. בשלב הקדום נבנה קיר (W2) בכיוון מזרח-מערב באבני גוויל בינוניות ללא חומר מליטה (2.7 מ' אורך חשיפה, כ-0.4 מ' רוחב); הוא השתמר לגובה ארבעה נדבכים (כ-0.35 מ'). סמוך לקיר ומתחתיו נחשף מילוי אדמה שמעורבים בו חרסים המתארכים את הקיר לתקופה הממלוכית, ובהם קנקן (איור 3: 5) ושבר גוף מעוטר בעיטור גיאומטרי (איור 3: 6). בשלב האמצעי נבנה קיר (W1;
כ-3.9 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב), שבנייתו וכיוונו דומים לאלה של קיר 2. הקיר נפגש בצד מערב עם קיר אחר (W5), שנבנה באופן דומה בכיוון צפון-דרום (2.3 מ' אורך חשיפה, 0.4 מ' רוחב). ליד שני הקירות התגלו חרסים המתארכים אותם לתקופה העות'מאנית. בשלב המאוחר, בשלהי התקופה העות'מאנית-ימי המנדט הבריטי, כוסה השטח במילוי אדמה ועליו נבנה מתקן (לוקוס 105) עשוי מטיח צבוע באדום. נראה שהמתקן שימש לאגירת נוזלים.