נפתח ריבוע (4 × 4 מ') מעל הפינה הדרומית-מערבית של המבנה במטרה לחשוף את צדיו הפנימי והחיצוני. בפינה הפנימית (L201 ,L200; מידות 2×2 מ') נחשף רובד של חול איאולי קשה (כ-0.4 מ' עומק). מתחת לרובד זה הפכה האדמה לקשה מאוד ולא ניתן היה לחפור אותה בכלים שגרתיים. עם זאת, סמוך לקיר 2 נמצאו חלקי קנקן ממשפחת עקבה הנבטית (איור 15:5) המתוארך לראשית המאה הב' לסה"נ ושברים שלו נמצאו גם במפלס החול הגבוה יותר וגם באדמה הקשה שמתחת וכן שברי שפות של קערה צבועה מחומר איכותי וקערה מחומר פשוט, שתיהן מהתקופה הרומית הקדומה (איור 2:5, 11).

 
לאורך צדו החיצוני של קיר 2 (L301 ,L300) נמצאו שרידי טבון חרס הרוס ברובו (F1; איור 6), אך שרידי פיח וקטעים מדיפון החומר של הטבון מעידים על מיקומו. החרסים בקרבת הטבון כללו שפת קדרה (איור 14:5) וסיר בישול נבטי (איור 18:5). הטבון סמוך לקיר פנימי נמוך (W3a) הנמשך מהפינה הדרומית-מערבית של המבנה. ייתכן שהשטח מדרום לקיר זה (L320) היה חלק מחצר חיצונית.
הריבוע שנפתח מחוץ לפינה הדרומית-מערבית של המבנה מולא ונסתם לאחר תום החפירה כדי להגן על שלמות הקירות.
 
בעונת 2006 נפתחו שני ריבועים בפנים המבנה: L500 (מידות 4 × 4 מ') בפינה הדרומית-מערבית ו-L600 (מידות 4 × 5 מ') מעט צפונה יותר; ריבוע 500 נפתח מעל החתך (200, 201) שנחפר בשנת 2005. בחפירה בשני הריבועים נחשפה המפולת של קומת הבניין העליונה. נחשפו אבנים קטנות ושטוחות שעל חלקן היו שרידי שרפה וניתן לראותן בברור בחתך המזרחי של L600/L601. קערה מטיפוס סיגילטה מזרחית A (איור 12:5) ושברים של קנקן ממשפחת עקבה נבטית הדומים לקנקן מ-200/201 (איור 15:5) נמצאו על פני שטח מפולת הקומה העליונה ב-L600 (איור 7). השכבה המקבילה ב-L500 הכילה כמות רבה של קונכיות שבלולים ממים מתוקים ושחריר הנחלים וכן עצמות בעלי חיים רבות. שני מטבעות נבטיים נמצאו בחלק העליון של L501 ו-L601, כנראה ממפולת הקומה העליונה. המטבע הראשון שייך כנראה לשנים הראשונות של ארטאס IV  (כ-9 לפסה"נ–40 לסה"נ; ר"ע 115290). המטבע השני מתוארך כללית לתקופה של 25–106 לסה"נ (ר"ע 115291). ממצא אחר מ-L501 כלל קערות לא מעוטרות מחומר איכותי (איור 10:5, 13), אמפורה (איור 17:5) ושברי עצמות גדולות של חיה (גמל?).
 
באמצע ריבוע 601 נמצאו עומדים כמעט אנכית לוחות אבן תקרה (F2; איור 8). ריבוע 500 חולק לשניים וחציו הדרומי (501) נחפר עד למשטח טבעי קשה. נחשפו קירות שהיו שייכים לקומת הקרקע של המבנה, בהם קיר W4 שבמזרחו היה פתח והוא ניגש לקיר 3 (איור 9) וקיר נוסף במרכז הריבוע שכיוונו מערב–מזרח ובאמצעיתו היה כנראה פתח
(W5; איור 10). קירות אלה נבנו מאבן גיר קשה ואבנים שהיו קטנות יותר מהאבנים בקירות ההיקף.
 
נעשה ניסיון להגיע למפלס הרצפה המקורית של קומת הקרקע, אך האדמה ב-L502 הייתה קשה מאוד ולא נותר זמן לחפירה. הסיבה לקשיות האדמה נעוצה כנראה בשילוב של נתונים גיאולוגיים: גובה מי תהום שמעליו הוקם המבנה עלה כנראה במשך מאות השנים והציף את קומת הקרקע של המבנה וכן אדמה וגבס איאוליים.
קנקן ממשפחת עקבה שנמצא ליד קיר 2 בלוקוס 200/201 הופיע לאורך הקיר גם בעומקים גדולים יותר במהלך שתי עונות החפירה. נמצאו כמעט כל חלקי הקנקן, צווארו ושפתו, הידיות ובסיס הטבעת הגבוה. טיפוס קנקן זה מתוארך לראשית המאה הב' לסה"נ. בחלקים אחרים של המבנה נמצאו כלי חרס נבטיים משלהי התקופה ההלניסטית ומהתקופה הרומית הקדומה.
 
המבנה שנחשף בחפירות היה כנראה מיושב משלהי המאה הב' לפסה"נ ועד לראשית המאה הב' לסה"נ. במבנה שהיה בן שתי קומות לא היו עדויות לבנייה בלבנים ולא נמצאו כל לבנים באתר. דומה שהמבנה היה בנוי כולו מאבן, גם הקירות וגם הרצפות (בקומה העליונה) ואולי גם התקרות, בדומה לבנייה בהרי הנגב או בפטרה. בניית לבנים הייתה ביוטבתה בתקופות אחרות, כך במצודה מהתקופה הרומית המאוחרת, בחאן מהתקופה האסלאמית הקדומה ובמבנים אחרים.
לקביעת מהות המבנה בעין יטבתה נדרש מחקר נוסף. אפשר ששימש מגדל שמירה או בית חווה שנבנה סמוך למעיין. אם היה זה בית חווה, בנייתו הייתה מעולה. אבני הבנייה של המבנה נשדדו כבר בתקופה העתיקה, אולי כדי לספק אבנים לבניית יסודות האבן של קירות הלבנים במצודה השכנה.
 
המבנה נהרס כנראה ברעידת האדמה שפקדה את האזור בראשית המאה הב' לסה"נ. עדות להרס זה ניתן היה לראות במפולת של הקומה העליונה בשני הריבועים, במפולת לוחות התקרה ובמפולת הקירות החיצוניים של המבנה. ועוד, חלקי קנקן ממשפחת עקבה הנבטית נמצאו הן במפולת הקומה העליונה הן בעומק רב יותר, מעל המפלס של קומת הקרקע. המטבעות שנמצאו במפולת הקומה העליונה הם מטבעות נבטיים מן המאה הא' לסה"נ. במכלול כלי החרס טיפוסים מהקרמיקה הנבטית הקדומה הצבועה מסוף התקופה ההלניסטית, קערות נבטיות צבועות מהתקופה הרומית הקדומה וכלים נבטיים פשוטים שמשך שימושם מהתקופה ההלניסטית המאוחרת ועד לתקופה הרומית הקדומה. כלי החרס המאוחר במכלול הוא הקנקן ממשפחת עקבה הנבטית המתוארך לראשית המאה הב' לסה"נ.
 
ההרס והנטישה של המבנה בראשית המאה הב' לסה"נ דומים לאלה שנמצאו צפונה יותר בעמק הערבה, במצודה הנבטית הקדומה בעין רחל (Krojenkov A.M. and Erickson-Gini T. 2003. The Seismic Origin of the Destruction of the Nabataean Forts of Ein Erga and Ein Rahel, Arava Valley, Israel. Archäologischer Anzeiger 2:39–50). למרות שהאירוע לא נזכר במקורות היסטוריים, העדויות הארכיאולוגיות הולכות ומתרבות ומצביעות על הרס נרחב מרעידת האדמה באתרים נבטיים בדרום הנגב ובירדן, בהם פטרה (Kolb B. 2002. Excavating a Nabataean Mansion. NEA 65/4:206–261), ח' תנור (Khirbet et-Tannur. NEAEHL 4, p. 1444. Jerusalem), עקבה (Dolinka, B.J. 2003. Nabataean Aqaba from a Ceramic Perspective: Local and Intra-Regional Trade in Aqaba Ware during the 1st and 2nd Centuries AD [Bar Int. Ser. 1116]. Oxford), חורבת דפית (Dolinka B.J. 2006. Arabia Adquistita? Ceramic Evidence for Nabataean Cultural Continuity during the Antonine and Severan Periods: The Aqaba Ware from Horvat Dafit. Unpublished Ph.D. Dissertation. The University of Liverpool), מויאת עוואד, נחל נקרות, שער רמון, מעלה מחמל, עבדת, ממשית וחורבת חצצה (Erickson-Gini T. 2010. Nabataean Settlement and Self-Organized Economy in the Central Negev [Bar Int. Ser. 2054]. Oxford).