בחודש יוני 2013 נערכה חפירת בדיקה באתר עין חניה (הרשאה מס' 6830-A; נ"צ 214965/627908), בעקבות עבודות שימור ופיתוח, לקראת פתיחת האתר לקהל. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון רשות הטבע והגנים, נוהלה על ידי א' זילברבוד, בסיוע נ' נחמה (מנהלה), א' האג'יאן, מ' קונין וא' בלשוב (מדידות וסרטוט), א' פרץ (צילום), ד' סנדהוס (כלי חרס) וא' לידסקי-רזניקוב (ציור כלי חרס).
האתר נמצא בהרי יהודה, בגבולות הדרומיים-מזרחיים של ירושלים (איור 1), בגובה 620 מ' מעל פני הים, מעל אפיק נחל רפאים. בלב האתר נובע מתוך מערה מעיין עין חניה (עין אל-חניה). בשטח נראים שרידי נימפאון מהתקופה הרומית, שרידי בריכות אגירה, מערכת של תעלות השקיה, ששימשה עד לשנת 1948, וקירות תמך חקלאיים. בשנת 1932 נחפרה באתר בזיליקה ובה פסיפס מרשים מהתקופה הביזנטית (Baramki 1933). בשנת 2004 נמצא שבר של כותרת קורינתית במילוי אבנים בשימוש משני (מזרחי 2005).
החפירה נערכה סמוך לפתח המערה (איור 2). השטח שמצפון ומדרום-מערב לפתח המערה מפולס ונתחם בשני קירות תמך (W2 ,W1; כ-3 מ' גובה), שנבנו מאבני שדה על סלע האם. סמוך לפתח המערה נראים לוחות אבן שטוחים, שכיסו תעלת מים היוצאת מן המעיין. ממערב לפתח המערה, מעט צפונה ומעט דרומה לו, נפתחו שני ריבועי בדיקה. בריבוע הצפוני, מתחת למילוי של אבנים גדולות ועפר חום כהה (L110; כ-0.5 מ' עובי), נחשף קמרון בטון (L114; כ-5 מ' אורך חשיפה, כ-1.3 מ' רוחב), המכסה את תעלת הניקוז הנמשכת מהמעיין (איורים 3, 4). במרכז הקמרון יש פתח עגול קטן (L119; כ-0.1 מ' קוטר) למניעת יתר לחץ בנתיב הזרימה. אל הקמרון מוליך בצד מערב מרזב רבוע (L116; כ-0.5 × 0.5 מ', כ-1.5 מ' גובה; איור 5). מדרום-מערב למרזב נחשפה תעלה קטנה, שדרכה זורמים עד היום מי הגשמים מהמדרון למרזב (L107; כ-0.8 מ' אורך, 0.2 מ' רוחב, 0.15 מ' עומק). בריבוע הדרומי, שנחפר סמוך למערה, מתחת לשכבת עפר בצבע אפור כהה, נחשפה תעלת מים חצובה בסלע ומטויחת (L115; כ-3 מ' אורך חשיפה, כ-0.15 מ' רוחב, כ-0.1 מ' עומק; איורים 6, 7), הנתחמת מצפון בקיר חצוב (W3) ומדרום בקיר בנוי (W4), שרק חלקו המזרחי שרד. סמוך לתעלה, משני צדיה, נתגלו שרידי רצפת אבן (L118 ,L117).
ממצא כלי החרס מהחפירה מתוארך לתקופות הברזל, ההלניסטית (ימי החשמונאים) והרומית המאוחרת, ובעיקר לתקופה הביזנטית. מתקופת הברזל המאוחרת נתגלו בעיקר שברים של קנקנים פערוריים (איור 1:8, 2). רוב הממצא מהתקופה ההלניסטית (ימי החשמונאים) כולל קנקנים שלהם שפת צווארון מעובה (איור 3:8, 4). כן התגלה מתקופה זו, בשכבת עפר מעל רצפת האבן (L117), שבר פכית (איור 5:8), המזכיר כלי אלבסטרון. כן נמצא שבר קדרה, שלה שפה מעוצבת וידית מרוכסת, המזכירה כלים מהתקופה הרומית המאוחרת (איור 6:8). במכלול מהתקופה הביזנטית קערות שלהן שפת מדף משוכה מעט למטה (איור 1:9–4), קערות ששפתן מעוצבת או מעובה והן עוטרו בעיטור מקדה (איור 5:9, 6), קערות גדולות שלהן שפה נוטה החוצה (איור 7:9–10), צלחות (איור 11:9), סיר בישול שלו שפה פשוטה (איור 12:9), אמפורה שלשפתה מגרעת פנימית (איור 13:9) ופכית שצווארה מרוכס (איור 14:9). ייתכן שחלק מהקערות שלהן שפת מדף הן מהתקופה הרומית.
נראה שתעלה 115 ורצפת האבן הסמוכה אליה שייכות לשלב קדום של ניצול מי המעיין. מעל רצפת האבן התגלה שבר פכית מהתקופה ההלניסטית, אך פרט לכך אי אפשר לתארך שלב זה לתקופה ההלניסטית. לשלב מאוחר של השימוש במי המעיין שייכים כנראה הקירות, המרזב ולוחות הכיסוי שמעל התעלה, והם המשיכו לשמש, לצד קמרון הבטון, עד לעת החדשה.
Baramki D.C. 1933. An Early Christian Basilica at ‘Ein Hanniya. QDAP III:113–117.