בחודש נובמבר 2007 נערכה חפירת בדיקה בצור נתן (הרשאה מס' 5289-A; נ"צ — רי"ח 201114-42/683093-118; רי"י 151114-42/183093-118), לקראת הקמת בית מגורים. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון בעלי הקרקע, נוהלה על ידי ח' טורגה בעזרת א' בכר וש' יעקב-ג'ם (מנהלה), ט' מלצן ור' משייב (מדידות ושרטוט שטח).
שטח החפירה נמצא כ-50 מ' מדרום לחפירה שנערכה בח' מג'דל, שם נחשף יישוב מן התקופה הביזנטית (המאות הו'–הז' לסה"נ), ובו מתקנים רבים, מבני מגורים ומבנה ציבור גדול עם אפסיס, אשר זוהה כבית כנסת שומרוני (איילון א' תשס"ב. חורבת מגדל (צור נתן): כפר שומרוני קדום. בתוך א' שטרן וח' אשל (עורכים). ספר השומרונים. ירושלים. עמ' 272–288).
נפתחו שני ריבועי חפירה (כ-6 מ"ר; איור 1), המרוחקים כ-2 מ' זה מזה, במקומות שבהם נראו סימני חציבה בסלע הקירטון במהלך חפירת תעלות בדיקה באמצעות כלי מכני.
בריבוע הדרומי נראתה נקודת חציבה אחת: שקע מרובע ורדוד (1.8×2.0 מ', 0.13 מ' עומק מרבי), שדופנותיו השתמרו רק מדרום וממערב; בחלקו הצפוני משטח הסלע נמוך בכ-0.2 מ', ואילו במזרחו ניתן לראות את המגרעת בסלע שנחצבה לצורך ניתוק האבנים מן הסלע. אין בסימני החציבה כדי להעיד על גודל האבנים שהופקו במקום או על מספרן.
בריבוע החפירה הצפוני זוהו שתי נקודות חציבה. בחלקו הצפוני של הריבוע ישנה חציבה רדודה (2.0×2.5 מ', 0.18 מ' עומק), שבה נחצבו אבנים רבועות אחדות (0.2×0.3×0.3 מ' בממוצע). בחלקו הדרומי של הריבוע נותרו מדרגות עם סימני ניתוק של ארבע אבנים מוארכות (0.3×0.3×1.8 מ' לכל היותר), אך על פי עומק המחצבה נראה כי נחצבו בה אבנים נוספות.
דומה כי נקודות חציבה אלו הן חלק ממערך הבנייה של היישוב הסמוך. משטחים בולטים של סלע קירטון רך באזור זה הקלו על בוני היישוב ואפשרו חציבה של אבנים גדולות במחצבות קטנות.