בחודשים יולי-אוגוסט 2006 נערכה חפירת בדיקה באל-ברג' (הרשאה מס' 4847-A; נ"צ — רי"ח 19071-86/59429-46; רי"י 14071-86/09429-46), בעקבות סלילת כביש 358 משומריה למושב שקף. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון מע"צ, נוהלה על ידי א' פרץ ופ' נחשוני (צילום וניהול שטחA ), בסיוע א' פרייברג (ניהול שטח B), ח' לביא וי' אוחיון (מנהלה), ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות), ק' עמית (צילום ממצא), א' שור (רפאות), כ' הרש (ציור ממצא), י' גורין-רוזן (זכוכית) ור' קול (נומיסמטיקה). כן סייעו ד' ורגה, י' ישראל וי' באומגרטן ממרחב דרום.
האתר נמצא בדרום שפלת יהודה, למרגלות הרי חברון, כשני קילומטרים מצפון-מזרח לשומריה וכקילומטר אחד מדרום לתל בית מירסים. המסלע באזור הוא גיר רך הנוח לחציבה.
האזור נסקר במאות הי"ט–הכ' לסה"נ ונסקר שוב לאחר מלחמת ששת הימים (כוכבי מ', תשכ"ח, סקר ארכיאולוגי ביהודה שומרון והגולן: אתר 203). תועדה מצודה צלבנית (קלונר ע' 1982, שני אתרים צלבניים בדרום שפלת יהודה, טבע וארץ כ"ד, עמ' 256). ב-2004–2005 נחפרו מתקנים רבים על מדרונות גבעה ליד קבר שיח' אבו טוק (הרשאה מס' 4270-A).
בחפירה הנוכחית נפתחו שני שטחים (A ו-B).
בשטח A הדרומי נחפרו כ-94 מ"ר. נחשף בית מרחץ ובו שרידים מהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית. מצפון לו התגלו שרידי בנייה נוספים. נמצאו כלי חרס מן התקופות הרומית, הביזנטית והממלוכית.
בית המרחץ מהתקופה הרומית היה מבנה גדול שנבנה מאבנים מסותתות גדולות וכלל שלושה מרחבים וקטע מבנה שנוסף לו מדרום בשלב מאוחר. החדר הדרומי היה ככל הנראה ההיפוקאוסט; התנור היה כנראה במרחב המרכזי; שימושו של החדר הצפוני אינו ברור.
בתקופה הביזנטית חלו שינויים במבנה. ההיפוקאוסט נהרס ושרידיו, שכללו חלקי ריצוף פסיפס, חלקי עמודים, צינורות חרס ושרידי טיח, הושלכו אל אזור התנור. בפינה הדרומית-מזרחית נוסף חדר או מגדל שנבנה מאבנים מהוקצעות.
מצפון למכלול נחשפו שרידים דלים של קיר נוסף. כן תועדו ממערב לבית המרחץ שרידי מבנה איתן אשר שימש ככל הנראה בריכה של באר אנטיליה ורוצף בפסיפס לבן. בית המרחץ יצא מכלל שימוש ככל הנראה עוד בתקופה הביזנטית. השרידים המאוחרים שנמצאו בשטח הם כלי חרס מהתקופה הממלוכית.
בשטחB , מצפון לשטח A, נחפרו כ-170 מ"ר. נחשפו שרידי שתי גתות ומערה או מתקן שנחצבו בסלע, בית יוצר לכלי חרס, שרידי כבשן סיד(?) ושרידים דלים של מבנה. כמו כן נבדקו גדרות חקלאיות. נמצאו חרסים מהתקופות הכלקוליתית, הברונזה התיכונה, הרומית הקדומה והביזנטית.
מהתקופה הרומית הקדומה נחשפה גת גדולה (9.4×5.3 מ') בראש גבעה בצפון-מזרח השטח שכללה משטח דריכה ושני בורות איגום. בתחתית בורות האיגום נמצאו גומות שיקוע פינתיות ובבור המערבי נמצא עמוד מרכזי חצוב ומטויח. הגת נבנתה בחלקה לתוך שרידי חלל מערה או מתקן קדום, חצוב בסלע. בורות האיגום ומשטח הדריכה טויחו בשלוש שכבות של טיח הידראולי. על סמך כלי החרס והאבן שנמצאו בגת היא יצאה מכלל שימוש בתקופה הרומית הקדומה. המתקן הקדום כלל גרם מדרגות מטויח וחלל מערה. נמצאו בו שברי כלי חרס ואבן מהתקופות הכלקוליתית, הברונזה התיכונה והרומית הקדומה.
מהתקופה הביזנטית נחשפו שרידי שלושה קירות של מבנה בנוי מאבני גוויל קטנות שהשתמרו לגובה נדבך אחד. המבנה בנוי על גבי שרידי הגת הרומית, ברובו על החלק המערבי של משטח הדריכה. הממצאים מתוך המבנה דלים מאוד. מדרום לגת, במדרון הדרומי של הגבעה, נמצא בית יוצר לכלי חרס שממנו נחשפו שרידי צמד קירות מתעקלים שככל הנראה שימשו פרוזדור שהוביל לתאי ההסקה של הכבשן.
בשוליים הצפוניים של שטח B נמצאה גת נוספת חצובה בסלע ובה משטח דריכה רדוד שתעלה רדודה הוליכה ממנו אל בור איגום מלבני. בפינה הצפונית של בור האיגום נמצא בור שיקוע מעוגל. על משטח הדריכה וממזרח לגת נמצאו כמה ספלולים במגוון גדלים. לא נמצא ממצא מתארך.
ממזרח לגת הרומית נתגלו שרידי קירות שחלקם שימשו גדרות חקלאיות.
כן תועדו (לא נחפרו) שרידי בריכה מטויחת, בור מים פעמוני ובאר מתקופת המנדט עם שרידי מתקן שאיבה שמשלב בניית אבן עם בטון ומוטות ברזל או פלדה.
ממצאי החפירה מוסיפים מידע רב על היישוב בסביבה בתקופות שקדמו לבניית המצודה מן התקופה הצלבנית בכפר המודרני של אל-ברג'. מיקום האתר בבקעת יבל, ליד מקורות מים, אפשר קיום יישובי קבע וההתיישבות במקום החלה כבר בתקופה הכלקוליתית; אולם רוב השרידים הם מן התקופות הרומית והביזנטית. הגת הגדולה ואולי גם הגת הקטנה מעידות על יישוב בתקופה הרומית הקדומה. באזור עברה הדרך הרומית מבית גוברין לבאר שבע ובית המרחץ נבנה בתקופה זו. בתקופה הביזנטית חלו שינויים בבית המרחץ ובמהלכה פסק מלפעול. מצפון לבית המרחץ נבנה בית יוצר לקנקני שק מן הטיפוס הדרומי. ייתכן שהגדרות החקלאיות הן מתקופה זו. בארות המים ובורות המים המשיכו לשמש בימי הביניים; חלקם הותאם לשימוש בתקופת המנדט והם משמשים עד ימינו.