בחודשים אוקטובר–נובמבר 2004 נערכה חפירת הצלה בחלק הדרומי-מזרחי של כרם א-ראס (הרשאה מס' 4263-A; נ"צ — רי"ח 231605/739420; רי"י 181605/239420) לקראת בנייה פרטית. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חוכר השטח א' דאוד, נוהלה על ידי י' אלכסנדר בסיוע י' יעקבי (מנהלה), ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות), ה' סמיטליין (צילום), א' בלשוב וא' ברין (שרטוט) וח' טחן (ציור חרסים).
בחפירה (כ-50 מ"ר; איור 1) נחשף רצף סטרטיגרפי עם שרידים אדריכליים מרשימים מהתקופות ההלניסטית (שכבות V ,VI), הרומית הקדומה והתיכונה (שכבות III ,IV) והביזנטית (שכבה I). שכבת הקרקע העליונה (כ-0.3 מ' עומק) הוסרה באמצעות מחפרון עד להופעת קירות.
שכבה IX. החפירה הגיעה לסלע האם בשני שטחים קטנים (לוקוסים 359, 360) בעומק של כ-2 מ' תחת פני השטח, לאחר הסרת שכבת הקרקע העליונה. התגלה מתאר של בור חצוב בסלע (לוקוס 360), אך הוא לא נחצב ולכן לא ניתן היה לתארכו. החרסים על פני סלע האם היו בעיקר מהתקופה ההלניסטית, אף שניתן היה לתארך אחדים מהם לתקופת הברזל 2ב.
שכבות V ,VI. בשני ריבועים משני עברי המחיצה נחשפה רצפת עפר כבוש (לוקוסים 350, 351), 0.3 מ' מעל לסלע האם, שהיתה כנראה שייכת לקיר אבן (W352) ולנדבך התחתון של קירות אבן נוספים (W338b ,W326b). לא התגלתה תוכנית ברורה משום שהשרידים הקדומים היו מכוסים בקירות מאוחרים וברור שהשכבות הרומיות המאוחרות עשו שימוש חוזר בקירות ההלניסטיים, עם שינויים מסוימים. את הרצפות כיסתה שכבת שרפה עבה עם אפר רב וכמות ניכרת של שברי קנקנים וסירי בישול מהתקופה ההלניסטית הקדומה וכן עצמות רבות של בעלי חיים שעליהן סימני חיתוך. הממצאים מצביעים על חורבן אלים של הבית בתקופה ההלניסטית הקדומה. את רצפת לוקוס 251 כיסתה רצפה נוספת של עפר מהודק (לוקוס 349) שגם עליה הייתה כמות גדולה של חרסים הלניסטיים. תאריך חורבן השכבה ההלניסטית יוגדר לאחר לימוד הקרמיקה.
שכבות III ,IV. הובחנו כמה שלבים. הוקם מבנה גדול עם חדרים אחדים. קיר ראשי נמשך לאורך כל השטח (10 מ' אורך; W329/W326a; איור 2). בניצב לקיר נבנו קירות אחדים (W362 ,W338 ,W337) וכן תעלת מים מקורה (לוקוס 348) שנבנתה מאבני נארי מסותתות שניצבו לאורך קיר 328a וחצתה אותו. תעלה נוספת (לוקוס 357) נבנתה באופן זהה ונמשכה לאורך הצד המערבי של קיר W328/W328a, השתלבה עם תעלה 348 והוליכה מים בכיוון מזרח אל מעבר לשטח החפירה. צמוד למבנה השתמר כמעט בשלמותו מקווה גדול מרשים. חלקו חצוב, חלקו בנוי אבן (4.3 מ' אורך; 2.3 מ' רוחב; 2.2 מ' גובה השתמרות מרבי; איור 3). הובילו אליו שש מדרגות רחבות והוא היה מטויח כולו בשכבת טיח עבה. על פי הקירות הייתה למקווה תקרת קמרון שהתמוטטה פנימה. למרות גודלו הרב הכניסה למקווה הייתה מתוך המבנה, ייתכן כי היה שייך למשפחה, ככל הנראה משפחה מורחבת. בקירות החיצוניים של המקווה הובחנו תיקונים ובשלב מסוים במהלך התקופה הרומית התיכונה הוא יצא משימוש ומולא במכוון בכמויות ניכרות של אבנים, בחלקן מהתמוטטות התקרה. ברוב חדרי המבנה שנחפרו נמצאו שתי רצפות רציפות שניגשו לקירות והן מצביעות על שני שלבים לפחות בשימוש במבנה. מגבלות החפירה לא אפשרו לחשוף תוכנית מלאה של המבנה שננטש בשלב כלשהו. בהעדר קרמיקה יש לשער שהיה פער בהתיישבות בשטח זה, ככל הנראה במאה הד' לסה"נ.
שכבה I. לאחר תקופת נטישה התחדשה ההתיישבות באתר בהיקף מוגבל. השרידים של שכבה זו כוללים קטע של קיר יחיד (W322) ורצפת עפר מהודק (לוקוס 321) המונחת כ-0.2 מ' תחת פני השטח. הממצאים כוללים עצמות בעלי חיים וחרסים מהמאה הה' לסה"נ.
בחפירות שטח S נחשף חלק ממבנה רומי שכיסה שרידי בית מהתקופה ההלניסטית. הבית הרומי כלל כמה חדרים וחשוב מכול, מקווה גדול. זוהי החפירה השלישית בכרם א-ראס המציגה בית פרטי עם מקווה. מקווה חצוב נוסף, שככל הנראה אינו שייך לבית הובחן כ-100 מ' מצפון לשטח זה. מקוואות אלו וכן גילוים של כמה כלי אבן גיר מעלים בבירור שלתושבי כרם א-ראס באזור זה היו מנהגי טהרה, כפי שהיה אופייני למשפחות כהונה. מעבר משפחות כהונה מיהודה לגליל לאחר מרד בר-כוכבא משתקף בכתובות מבית כנסת מאוחר שלפיהן הכפר קנה היה קרוב לוודאי ביתה של אלישיב—משמרת הכהונה האחת-עשרה. בשל חשיבות הממצאים לא התירה רשות העתיקות לבנות באתר זה.