המערה ממוקמת בגליל המערבי, באזור המאופיין בגבעות גיר נמוכות מתצורה של קנומן מאוחר (כ-300 מ' לעל פני הים) ובמקורות מים. בסביבה צמחיית חורש ים-תיכוני וכמות המשקעים השנתית היא 600–700 מ"מ. במערה, כ-10 ק"מ מצפון למערת היונים וכ-50 ק"מ מצפון-מזרח לאתרי המערות בכרמל (איור 2), אולם מאורך (80 מ' אורך, 10–25 מ' רוחב) ושני חדרים במפלס נמוך יותר המתחברים לאולם מצפון ומדרום (איור 3).

האולם המרכזי מחולק לשלושה אזורים: טלוס מערבי, מישור וטלוס מזרחי. מפולת סלעים וזקיפים פעילים חסמו ככל הנראה את הכניסה הראשית למערה בקצה הרחוק של הטלוס המערבי. חסימה זו חתמה את המערה למשך זמן ארוך של לפחות 15,000 שנים, שכן הממצא הארכיאולוגי הצעיר ביותר שזוהה במערה תוארך לראשית התקופה האפי-פליאוליתית.
 
הסקר משנת 2008
הסקר במערה היה קצר ונמשך יום עבודה אחד בלבד בשל תנאים לוגיסטיים קשים: חוסר חמצן במערה והיעדר מקור אור. הסקר התמקד באפיון הכללי של האתר. ההבחנה החשובה התייחסה לחסימת המערה במפולת אבנים ולפיכך ייתכן שהיו בה שתי כניסות, על פי עדות שני הטלוסים; כניסה קטנה ומתונה במזרח וכניסה תלולה מאוד במערב. אותרו ומופו 12 נקודות ממצא ארכיאולוגי ובהם פריטי צור דיאגנוסטיים, שרידי פחם ועצמות אדם ובעלי חיים. בפריטי הצור יש לציין במיוחד כלים וגרעינים מהתקופות הפליאוליתית התיכונה והעליונה (איורים 4, 5). בפליאולית התיכון כלים כגון חוד לבלואה (איור 4: 1), האופייני לתרבות המוסטרית (Hovers E. 2009. The Lithic Assemblages of Qafzeh Cave. New York ). המרכיב מהפליאולית העליון כולל נקרים (איור 5: 1), להבונים (איור 5: 2, 3), להבים בהתזת יתר (איור 5: 5). ראויים לציון כלים אורניאקים (Belfer-Cohen A., and O. Bar-Yosef. 1981. The Aurignacian at Hayonim Cave. Paléorient 7/2:19–42), כמו מגרדים מזווים וחרטומיים (איורים 5: 4, 6). ייתכן שגם נטיפת עצם שנתגלתה שייכת לתרבות זו (איור 5: 7).
השתמרות בעלי החיים במערה ראויה לציון. הובחנו חלקי שלדים שלמים של יונקים גדולים (איור 4: 2), כגון יחמור, אייל אדו, צבי, סוס, בקר, צבועים ודובים, וכן יונקים וזוחלים קטנים (מיקרו-פאונה).
מיקומה של כיפת גולגולת האדם במערה זוהה אף שהוצאה מהמערה טרם הסקר. עבודת מעבדה ראשונית זיהתה אותה כאדם מודרני.
 
עונת החפירה משנת 2010
החפירה נערכה בשלושה שטחים שנפתחו סמוך לנקודות הממצא שזוהו בסקר של 2008. משימות אחרות שמולאו בחפירה כללו סקר שטח מקיף של פנים המערה ומחוצה לה, תיעוד ואיסוף נתונים משבע נקודות ממצא שבהן זוהו הצטברויות של עצמות בסקר 2008 על ידי צוות של ארכיאוזואולוגים, מחקר ותיעוד הגיאולוגיה של המערה, כולל דיגום של הנטיפים והזקיפים לצורך אנליזות מעבדה נוספות, ומחקר סדימנטולוגי במערה, בין היתר בשטחי החפירה, כדי לעמוד על תהליכי היווצרות ובתר-הרבדה.      
 
שטחי החפירה
שטח A, באזור מפולס למדיי בין שני הטלוסים, שהוא גם הקטע הנמוך ביותר באולם המערה (12 מ"ר; איור 3). פני השטח מאופיינים במפולות סלעים וזקיפים פעילים ששקועים בהצטברות עבה מאוד של בוץ. הממצא משטח זה כלל בעיקר פריטי צור ומעט עצמות שבורות. ניכר היה שצפיפות הממצא גדלה יותר ככל שהחפירה העמיקה. ממצא הצור כלל פריטים מהפליאולית התיכון והעליון. הממצא מהפליאולית התיכון מיוצג בנתזים ובכלים שעוצבו בטכניקת לבלואה ואילו הממצא מהפליאולית העליון כולל גרעיני להבים ולהבים האופייניים לתרבות האחמרית הקדומה.
שטח B, בחלק הגבוה ביותר של הטלוס המערבי, הקרוב לכניסה המשוערת למערה. השטח מאופיין בהצטברויות מסיביות של מפולות סלעים. עיקר העבודה התמקד בתעלת בדיקה צרה (כ-5 מ' אורך) שהגיעה לעומק של כ-2 מ' מתחת לפני השטח. אזור בדיקה נוסף (4 מ"ר) נחפר בתוך הרשת. הממצא משטח בדיקה זה כלל פריטי צור, עצמות בעלי חיים ואדם; ממצא הצור מורכב ממיקרוליתיים האופייניים לתקופה האפיפליאוליתית, לתרבות הכבארית.
שטח C, במדרון תלול לקראת קצהו של הטלוס המערבי, שבו זוהה אופק מהתקופה הפליאוליתית העליונה בסקר של 2008. פני השטח היו חתומים במשקע מערות שמקורו בזקיף מסיבי שנמצא מצפון לו (ריבועים 65–64/ON). נחפרו 5 מ"ר והתגלתה סטרטיגרפיה מורכבת שכללה לפחות שתי שכבות ומפלסים אחדים. הממצא עשיר מאוד וכולל פריטי צור, פריטי אבן, עצמות אדם ובעלי חיים ושרידי פחם. רוב הממצא נחשף במפלס העליון, אולם פריטים אחדים נמצאו בקטע חשוף של השכבה התחתונה. הכלים בשטח זה אופייניים לתקופה הפליאוליתית העליונה, לתרבויות האחמרית והאוריניאקית.
 
ממצא בעלי החיים
התופעה הבולטת בארכיאולוגיה של מערת מנות היא ההצטברויות הגדולות של עצמות בעלי חיים בהשתמרות טובה על פני השטח ולאורך קירות המערה. הריכוזים (להלן 'נקודות ממצא') שונים מאוד בגודלם ובטופוגרפיה שלהם; ברור שאחדים הם הצטברויות של חומר שהובל בזרם מים וכללו עצמות ופריטי צור, כנראה משכבות ארכיאולוגיות בתוך המערה ואילו הצטברויות אחרות ללא חומר ליתי ממוקמות טופוגרפית במקומות גבוהים יותר. שבע נקודות ממצא שכללו בעיקר שרידי פאונה תועדו ונדגמו בעונת 2010 כדי ללמוד את הטפונומיה שלהם ולהשוותם לדגימות של פאונה שנדגמו במכלולים הארכיאולוגיים שנחפרו.
הבחנות ראשוניות בשטח הדגישו את ההבדלים בממצא הפאונה שנלקט בנקודות הממצא לעומת ממצא הפאונה שמקורו בשכבות הסטרטיגרפיות מהפליאולית העליון, בעיקר בשטח C. העצמות בנקודות הממצא אינן קשורות לממצא ליתי ובדרך כלל נמצאות קרוב או על פני השטח, לעתים לאורך ערוצוני מים. ניכרים בהן סימני כרסום של טורפים. המינים של מפריסי הפרסה זהים לאלה בשטח (איילים, צביים, סוסיים, בקר), אבל נראה שבנקודות הממצא היו יותר שרידים של טורפים גדולים, ואילו חיות קטנות יותר (צב, ארנבת, שועל) נמצאו בשטח C. דומה שגם בני האדם וגם טורפים גדולים, אולי דוב ו/או צבוע (ר' איור 4: 2) מילאו תפקיד חשוב ביצירת מצבורי הפאונה במערת מנות. על פי העדויות בשלב זה, אפשר שאזורי הפעילות האנושית והטורפים במערה מחולקים לפי אזורים. נחוצה אנליזה טופונומית מפורטת והשוואה בין נקודות הממצא למכלולי הפאונה משטחי החפירה במנות כדי להבחין בתהליכי הצטברות בתר-הרבדתיים של ריכוזי העצמות. ניתוח זה יאפשר להסיק מסקנות על התזונה והאקולוגיה בתקופה הפליאוליתית העליונה.
 
עבודת השטח במנות צופנת בחובה פוטנציאל מחקרי נרחב. הממצא הארכיאולוגי שנחשף עד כה מעיד על מערה שהייתה מיושבת למן התקופה הפליאוליתית התיכונה ועד לתקופה האפי-פליאוליתית (250,000–15,000 לפני זמננו), כאשר המערה נחסמה באופן טבעי. האפיונים וההרכב של כלי הצור, עצמות בעלי החיים וכלי העצם מצביעים על כך שההתיישבות במערה הייתה אינטנסיבית בתקופה הפליאוליתית העליונה. למערה היו כנראה כניסה קטנה ושתי טרסות טבעיות שבהן התקיימה כנראה הפעילות האנושית. כאשר המערה לא הייתה מיושבת על ידי האדם, היא שימשה כנראה, לא בקביעות, חיות טרף, כפי שמעידים ריכוזים של עצמות גדולות לאורך הקירות.
נטיפים וזקיפים מצויים בכל המערה וכוללים ריכוזים מסיביים אחדים במרכז המערה הקודמים להתיישבות האדם בה. מחקר משקעי המערות חשוב לצורך תיארוך ההתיישבות האנושית במערה, על ידי סדרות אורניום ומחקר איזוטופי שיסייע בשחזור האקלים בסביבת המערה.
 
פרויקט החפירה במערת מנות עשוי להאיר את אחד השלבים החשובים ביותר בהיסטוריה האנושית, עולם החי, האקלים והסביבה שאיתם נאלץ האדם להתמודד באגן המזרחי של הים התיכון.