בחודשים מאי-יוני 2003 נערכה חפירת הצלה בתוואי כביש מס' 1, המזרחי, של אזור התעשייה חבל מודיעין (הרשאה מס' 3914-A*; נ"צ — רי"ח 19650/65735; רי"י 14650/15735) בעקבות חפירות בדיקה שחשפו שרידים עתיקים. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ע' עד, בסיוע ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), פקחי מחוז מרכז והחברה הכלכלית לפיתוח חבל מודיעין.
החפירה נערכה בשוליים המזרחיים של ח' בורנאט (ר' חדשות ארכיאולוגיות 114: 53-52) ונחשפו בה מערה וקיר (איור 1).
במערה (12 × 14 מ') נפתחו שלושה ריבועים ונחשפו בהם שלוש שכבות מילוי: העליונה
(20 ס"מ עובי) הכילה ממצא מהתקופה העות'מאנית (לוקוסים 102, 108). תחתיה בעומק 50 ס"מ נמצאה שכבת אפר שחור (לוקוסים 103, 109), כנראה שרידי מוקד או שכבת שרפה מהתקופה הביזנטית. במילוי מתחת לשכבת השרפה נתגלו חרסים שחוקים מהתקופות הפרסית עד הביזנטית. בריבוע המערבי בעומק של 20 ס"מ מתחת לשכבת האפר נמצאו חרסים מעטים ככל הנראה מן התקופות הכלקוליתית והברונזה הקדומה 1.
רצפת המערה נחשפה בעומק של 1.1–2 מ'. בתקרת המערה שחלקה המערבי קרס נחשף פתח מרובע (לוקוס 106, 40 × 80 ס"מ) שנסתם באבן.
את המערה מקיף קיר שנחשף לאורך 20 מ' מדרום ומדרום-מערב, בנוי אבני גוויל גדולות, עד מטר אחד אורך, שהונחו על הסלע. משני צדי הקיר נפתחו שני ריבועי בדיקה (לוקוסים 104, 105) ונתגלה בהם מעט ממצא, ביזנטי ברובו.
נראה כי המערה שימשה למחסה או למגורים לתקופות קצרות, החל מהתקופה הכלקוליתית וכלה בתקופה העות'מאנית. הקיר שימש כנראה גדר או קיר התוחם את אזור המערה.