נפתחו שני שטחים (2 ו-3) המרוחקים כ-30 מ' זה מזה. נחפרו שמונה ריבועים צמודים (4 × 4 מ') בשטח 2 ושני ריבועים צמודים (4 × 4 מ') בשטח 3. החפירה בשני השטחים לא הגיעה לקרקע בתולה שנראתה בחתך עמוק ממזרח לשטח 2 במפלס 49.24 מ' מעל פני הים (3 מ' תחת פני השטח הנוכחיים) והיא תלכיד נחלים מתקופת הפלייסטוקן המורכב מחלוקים מעוגלים ממוינים היטב. ראש התלכיד נחשף בשנת 2003 בבדיקות בשטח 1, כ-70 מ' מדרום לשטח 2 (חדשות ארכיאולוגיות 118). גם בעונה זו, כמו בשטח 1 בעונה הקודמת נחפרו בשטח 2 כמה בורות לתוך אדמה אלוביאלית שכיסתה את תלכיד הנחלים. אדמה זו נחשפה בכל הבדיקות שנחפרו בשטחים 2 ו-3, ללא ממצא ארכיאולוגי.

 

בשבע בדיקות בשטחים 2 ו-3 (0.2-0.1 מ' עומק תחת פני השטח, מפלס 51.5 מ' מעל פני הים) הובחנה פזורת מקוטעת של חלוקים בגודל בינוני (12-10 ס"מ קוטר) המעידה על מפלס חיים. בחינה מדוקדקת הראתה כי חמש פזורות חלוקים היו ככל הנראה החלק העליון של מילויים של בורות סגלגלים גדולים (3 מ' אורך; 2 מ' רוחב; 1.5 מ' עומק) או של שקעים טבעיים רדודים. במילוי חמשת הבורות כמות גדולה של חרסים, כמות ניכרת של עצמות בעלי חיים, רבות מהן שרופות, כלי צור: בעיקר להבי מגל משוננים או מחורצים ואבני שחיקה ופסולת ייצור כגון נתזים, גושים וליבות וכן כלים. חרסים וצור נטויים או אופקיים שנמצאו בכל המפלסים והעומקים בתוך הבורות מעידים כי נשטפו לתוך הבורות לאחר שאלה נעזבו מיושביהם. מחפירת שלושה בורות עולה כי הם שימשו במקורם את יושבי האתר למטרות ביתיות והם אינם בורות אשפה. בתחתית שני בורות נמצאו חרסים מונחים אופקית. בתחתית המילוי (20 ס"מ תחתונים) נמצאו ממצאים קטנים בעלי אופי ביתי: צדפות מנוקבות שנתלו כתליונים, חרסים מנוקבים עגולים ששימשו ככל הנראה פלכים, פקקים מחרס שנעשו משברי חרסים וקרס אחד מעצם. על קרקעית אחד הבורות נמצא מערך של כמה חלוקי נחל גדולים, אחד מהם שימש רחיים, המעידים על הכנת מזון, אולי טחינת תבואה. בתחתית בור אחר נמצאה עדות ברורה להנחת שתי שכבות של חומר אורגני – קווים שחורים בחתך הרוחב המערבי של הבור מעידים אולי על מחצלת קנים.

 

החפצים שנמצאו בבורות מתארכים אותם לשלב ואדי רבה מהתקופה הכלקוליתית הקדומה. אופי הממצאים בשטחים 2 ו-3 שונה לחלוטין מאלה של שטח 1 שנחפר בעונה הקודמת. מחסרונם של בורות גדולים ומיעוט חרסים ועצמות בעלי חיים בשטח 1 עולה שהשטח היה כנראה בשולי היישוב ואילו הממצאים בשטחים 2 ו-3 מצביעים על קרבתם לליבה של יישוב חד-תקופתי. ההתיישבות ניכרת בחמשת הבורות שבמקורם שימשו למטרות ביתיות ומאוחר יותר, לאחר שנעזבו, מולאו בפסולת יישוב שנסחפה אליהם. עצמות בעלי החיים, כלי הטחינה ולהבי המגל המשוננים הרבים רומזים לשילוב של משק חי וחקלאות.