החפירה התרכזה בשני ריבועים צמודים: A דרומי ו-B צפוני שנחפרו לעומק 1.75 מ', עד הופעת הסלע הטבעי או קרקע סטרילית. החתך הסטרטיגרפי דומה בשניהם ומצביע על שכבה ארכיאולוגית אחת בין הסלע הטבעי לפני השטח. השכבה הומוגנית הן מבחינת הרכבה הסדימנטולוגי הן מבחינת הממצא. הסדימנט חרסיתי בצבע חום כהה ובו אבנים קטנות ומזוות שצפיפותן גבוהה בחלק העליון ובינונית בחלק התחתון.

בריבוע B הצפוני, בעומק 1.5 מ' נחשפה רצפת מבנה מלבני שקירותיו לא השתמרו. אופי החפירה לא אפשר חשיפה מלאה של המבנה אך מהחלקים שנשמרו ניתן לשחזר את מידותיו (כ-8 מ' אורך, 4 מ' רוחב). הוא בנוי בציר צפון–דרום, בהתאמה למבנים אחרים שנחפרו במרכז האתר (איור 2). למבנה רצפה עשויה טיח משובח, מושתתת על גבי מצע אבנים צפופות, חלקה העליון מוחלק. המצע הוכן כתשתית ועליו הונחה שכבה אחידה של טיח (3 ס"מ עובי). ברצפה הפרעות רבות, חלקן קדום, מתקופת השימוש של המבנה ואחרות מודרניות, עד לאלו שנגרמו מחפירת תעלות הצינור. באחת ההפרעות הקדומות ניתן היה להבחין בשכבה דקה של טיח מתפורר (1 ס"מ עובי). עובי הטיח ומצב השתמרותו מצביעים על הוספתו לאחר ההפרעה. הפרעה אחרת היא שקע רדוד בטיח, כנראה בסיס לעמוד. הטיח בקצות הרצפה מתעבה ומטפס לגובה של 2–3 ס"מ על בסיס הקיר. הקירות כאמור, לא השתמרו ובמקומם נמצאו גושי טין שרוף המעידים כי קירות המבנה נבנו מבוץ צרוף, טכניקה שכיחה בתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית ב'. לא נמצאו קבורות מעל או מתחת לרצפה כמנהג תושבי התקופה אך בחתך התעלה שחתכה את הרצפה נמצאה עצם ירך של אדם.
הממצא העיקרי בשכבה הוא צור עם עצמות בעלי חיים ומעט כלי אבן. בפריטי הצור ניתן להבחין בגרעינים ולהבים רבים, תוצרי הטכנולוגיה הנביפורמית הידועה בתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית ב'. זוהי טכנולוגיה מפותחת שמטרתה להפיק להבים מגרעינים דמויי סירה (איור 3). מלהבי הצור הכינו בעיקר ראשי חץ ולהבי מגל, כלים אופייניים לתקופה (איור 4). בעצמות בעלי החיים בלטו עצמות צבאים וחזירים. עצמות בקר בר נמצאו בשכיחות נמוכה.
 
מהחפירה המצומצמת עולה שהיישוב הניאוליתי הקדם-קרמי השתרע מזרחה, מעבר לתוואי כביש 79. השרידים הארכיאולוגיים בחפירה מעידים שהיישוב הניאוליתי של יפתחאל השתרע על שטח גדול יותר משמונים הדונמים שנקבעו לאחר חפירות 2008. חשיפת שרידים ארכיטקטוניים נוספים תאפשר אומדן נכון של היקף האתר והבנת הדינמיקה בתוכו. הממצא החומרי ובעיקר הצור מתארך את שכבת היישוב לשלב התיכון של התקופה הניאוליתית הקדם-קרמית ב'.