בחודש ינואר 2013 נערכה חפירת בדיקה בשוליים הצפוניים של חורבת מגדל אפק (הרשאה מס' 6688–A; נ"צ 196030-276/665418-56) לאחר שנפגעו עתיקות במהלך הנחת קו מים. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד השיכון והבינוי, נוהלה על ידי א"ש טנדלר, בסיוע א' בכר ור' אבו ח'לף (מנהלה), מ' קונין (מדידות ושרטוט), א' פרץ (צילום), ח' טורגה ופ' גנדלמן (ממצא כלי חרס) ומ' שויסקיה (ציור ממצא).
נפתחו שלושה ריבועי חפירה (4 × 4 מ') בשוליים הצפוניים של חורבת מגדל אפק, באוכף שבינה לבין בית קברות שעל הגבעה ממול, צמוד לשביל המוביל למחצבות ראש העין (איורים 1–3). התגלו שרידי בנייה ושברי כלי חרס המתוארכים למן תקופת הברזל ועד לתקופה הממלוכית. מרבית הממצאים תוארכו לימי הבית השני, ובהם כלי אבן קירטון האופייניים לאוכלוסייה יהודית. כתוצאה מתנועה ערה של משאיות בשביל שבשוליו נערכה החפירה צומצם שטח החפירה.
המצודה בראש חורבת מגדל אפק היא המצודה הצלבנית מירבל, שנבנתה בראשית המאה הי"ב לסה"נ והפכה למרכז רוזנות עצמאית. המצודה נכבשה בשנת 1187 על ידי אל-אדיל א' האיובי. במאות הי"ח והי"ט לסה"נ המצודה שוקמה והורחבה (Pringle 1997:67). סמוך למצודה שכן הכפר מג'דל יבא למן המאה הט"ז ועד שנת 1948.
המצודה בנויה מעל אתר רב שכבתי המכונה מגדל אפק. בסקר מפת ראש העין תועדו בסביבה שרידי היישוב מגדל יבא, קברים רבים, חציבות, מתקנים חצובים וחרסים מהתקופות הברונזה הקדומה, הברזל 2, הפרסית, הביזנטית והאסלאמית הקדומה (כוכבי ובית אריה תשנ"ד, אתרים 132–136). על הגבעה שמצפון למצודה מצויים קברים מהתקופה העות'מאנית ומימי המנדט, נראה שהם חלק משרידי הכפר מג'דל יבא. בנוסף, תועדו בגבעה זו כמה מערות קבורה מתקופת הבית השני, בהן התגלו שברי גלוסקמאות המעידים על אוכלוסיה יהודית (צוק תשנ"ד; שדמן 2014). שטח החפירה צמוד לקבוצת קברים מהתקופה העות'מאנית ומימי המנדט הבריטי, שעל אחד מהם מצוינת השנה 1365 להג'רה (1945 לסה"נ).
בחלק המזרחי של שטח החפירה נחשפה רצפה (L101; כ-0.2 מ' עובי) עשויה גיר כתוש מהודק ואבני גיר קטנות. בבור בדיקה שנחפר בפינה הצפונית-מזרחית של הרצפה התגלה מילוי אדמה (L104; כ-1 מ' עובי), שמעורבים בה אבנים קטנות ושברים רבים של כלי חרס, המתוארכים למן תקופת הברזל ועד לשנת 70 לסה"נ. כלי החרס כוללים קערה שומרונית (איור 1:4) וקנקן (איור 3:4) מתקופת הברזל 2, מורטריום (איור 4:4) וקנקנים (איור 5:4, 6) מהתקופות הפרסית וההלניסטית הקדומה וקדרת בישול (איור 8:4), סירי בישול (איור 9:4, 10) וקנקנים (איור 11:4–13) מהתקופה הרומית הקדומה. זמנם של כלי החרס מלמד כי רצפה 101 מאוחרת לשנת 70 לסה"נ. מתחת מילוי 104 נחשפה מפולת אבנים (L106; איור 5) מעל סלע האם.
בחלק המערבי של שטח החפירה נחשף קיר (W1; איור 6) שנבנה משני נדבכים של אבנים גדולות מהוקצעות. הקיר נבנה על הצטברות אדמה (כ-0.8 מ' עובי) מעל סלע האם. ממזרח לקיר 1 נחשף קיר מחיצה צר (W2). במילויי אדמה צמוד לקירות (L110 ,L109 ,L103 ,L102) התגלו חרסים, המתוארכים למן תקופת הברזל ועד לתקופה הצלבנית, ובהם פערור מתקופת הברזל 2 (איור 2:4), פך מהתקופה הפרסית (איור 7:4), פכיות מהתקופה הרומית הקדומה (איור 14:4, 15), קערה מטיפוס LRC מהתקופה הביזנטית (איור 16:4), קערת סגרפיטו מזוגגת בצהוב מהתקופה הצלבנית (איור 17:4), וכן שני שברים של ספלי מדידה מאבן קירטון (L102), האחד שבר בסיס (איור 18:4) והאחר שבר שפה עם ידית אנכית רבועה שבמרכזה נקב (איור 19:4). שני שברי בסיס נוספים של כלי אבן קירטון (איור 20:4, 21) נחשפו בחפירה שנערכה במרחק כ-1.5 ק"מ ממזרח לאתר, על מפולות שכיסו מבנה משלהי התקופה הפרסית (נ"צ 198304/665782; שדמן 2014). ארבעה שברים אלה של כלי אבן קירטון מצטרפים לכלים דומים שהתגלו ב-251 אתרים ברחבי הארץ (אדלר תשע"א). באזור ראש העין התגלו בעבר כלי אבן קירטון באפק-אנטיפטריס (Magen 2002:168) ובחורבת זיכרין (אדלר תשע"א:370, מפה 10). כלים מאבן קירטון אופייניים לאוכלוסייה יהודית המקפידה על הלכות טומאה וטהרה; הם שימשו החל מהמחצית השנייה של המאה הא' לפסה"נ ועד לדיכוי מרד בר כוכבא בשנת 135 לסה"נ.
סמוך לחתך הצפוני של ריבועי החפירה נחשפו אבני כיסוי של כמה קברי ארגז. נראה שקברים אלה הם חלק ממקבץ קברים מהתקופה העות'מאנית ומימי המנדט הבריטי שתועדו סמוך לכאן. קברים דומים התגלו בעבר בראש הגבעה הסמוכה והם תוארכו לשלהי התקופה העות'מאנית ולימי המנדט הבריטי (שדמן 2014: שטח F1).
למגדל אפק חשיבות גיאוגראפית רבה שכן האתר שוכן בקצה המזרחי הגבוה של מעבר אפק. הממצאים מימי הבית השני מחזקים את זיהוי האתר עם מגדל אפק, הנזכר אצל יוסף בן מתתיהו לפיו בשנת 66 לסה"נ קסטיוס גאלוס "המשיך במסעו ונכנס עם כל חילו לאנטיפטריס, ובהיוודע לו כי חיל גדול של יהודים נאסף במגדל הנקרא אפק [] שלח לשם חיילים כדי לתקפם" (יוסף בן מתתיהו, מלחמת היהודים ברומאים ב: יט א [513]). א' אלט היה הראשון שעמד על כך שאת אפק-אנטיפטריס יש לזהות בתל הגדול הסמוך למעיינות ראש העין ואילו את מגדל אפק יש לזהות בהרים שממזרח לו (Frankel and Kochavi 2000:14). קרבתו של האתר למערות הקבורה מימי הבית השני וממצא כלי האבן מקירטון שהתגלה בחפירה הנוכחית מעידים על נוכחותה של אוכלוסייה יהודית במקום בשלהי ימי הבית השני.
לממצאים מהחפירה חשיבות רבה בשל מיעוט החפירות שנערכו באתר. נראה כי באתר חבויים שרידים מתקופות קדומות יותר שטרם נחשפו.
אדלר י' תשע"א. הארכיאולוגיה של הטהרה: עדויות ארכיאולוגיות לשמירת הלכות טהרה בארץ ישראל מהתקופה החשמונאית עד סוף תקופת התלמוד. עבודת דוקטור, אוניברסיטת בר אילן. רמת גן.
יוסף בן מתתיהו. מלחמת היהודים ברומאים (תרגום ל' אולמן). ירושלים. תש"ע.
כוכבי מ' ובית אריה י' תשנ"ד. מפת ראש העין (78) (סקר ארכיאולוגי של ישראל). ירושלים.
צוק צ' תשנ"ד. הישוב היהודי במערב השומרון בימי בית שני לאור מחקר מערות קברים במגדל צדק. נקרות צורים 67:19–76.
Frankel R. and Kochavi M. 2000. Identification of the Site. In M. Kochavi, ed. Aphek-AntipatrisI: Excavations of Areas A and B, the 1972–1976 Seasons (Tel Aviv University, Institute of Archaeology Monograph Series 19). Tel Aviv. Pp. 67–70.
Magen Y. 2002. The Stone Vessel Industry in the Second Temple Period. Jerusalem.
Pringle D. 1997. Secular Building in the Crusader Kingdom of Jerusalem. Cambridge.