בחפירה נתגלו שני ריכוזי קברים (שטח A בצפון ושטח B בדרום; איורים 1–7), בהם נחפרו 18 קברים מטיפוס דו-מקמר (ארקסוליום) וארבעה קברים שחציבתם לא הושלמה. הקברים, שנחפרו חלקית, נחצבו בסלע הגיר בכיוונים שונים; הם כוללים פיר מלבני רדוד, שמשני צדיו מקמרים שבתוכם חצובה שוקת קבורה (איורים 8–10). פתח הפיר נחתם בלוח כיסוי גדול ועבה, לעתים מקומר, או בכמה לוחות קטנים יותר, לעתים הוצמדו הלוחות אל הסלע בעזרת טיח. בחלק מהקברים לא השתמרה התקרה, ונראה כי היא הוסרה במהלך עבודות הכנת שטח לקראת חפירות שנערכו בשנים קודמות (ר' למשל באיורים 10, 11). הקברים התמלאו בהצטברות של אדמה חומה והשתמרות הממצאים בתוכם הייתה ירודה מאוד. אחת הסיבות העיקריות לכך היא שוד קברים בתקופה קדומה.

בשטח A נתגלו בתשעה קברים עצמות אדם המייצגות 20 פרטים לפחות, כלומר לפחות שני פרטים בקבר. למרות מצב ההשתמרות הגרוע והבדיקה החפוזה של הממצאים בשטח החפירה בלבד, זוהו שלושה ילדים (4–5, 4–8, 9–10 שנים) ו-16 פרטים בוגרים, ומהם זוהו שני פרטים ממין זכר ופרט ממין נקבה.
בשטח B נתגלו עצמות אדם בשלושה קברים. בכל קבר נחפר רק משכב קבורה אחד. בשני קברים נמצא פרט בוגר אחד. בקבר השלישי נמצאו תשעה פרטים, מהם חמישה ילדים ועובר, שמרביתם הונחו בשכבת הקבורה העליונה של המשכב והיו האחרונים להיקבר בו. כן נחשפו שלושה פרטים בוגרים, שהונחו על קרקעית המשכב והיו הראשונים להיקבר בו. מבין הבוגרים זוהו שתי נקבות וזכר אחד. פיזור דמוגרפי רחב במדגם כל כך קטן מאפשר לקבוע שזהו בית קברות של אוכלוסייה אזרחית רגילה.
בתוך הקברים נמצאו שברי כלי חרס, כלי זכוכית ומגוון חפצי מתכת. רוב הממצאים שנתגלו היו חפצים אישיים של הנקברים, כגון צמידים ועגילים. ראוי לציון תליון צלב שנתגלה באחד הקברים ויכול לרמז על דתו של הנקבר. בהתבסס על הממצאים שנתגלו, אפשר לתארך את הקבורה לתקופה הביזנטית (סוף המאה הד' לסה"נ–ראשית המאה הה' לסה"נ).
נוסף על כך נמצאו בתוך הקברים כלי חרס אחדים המתוארכים לתקופת המעבר מהתקופה הביזנטית לתקופה האומיית (שלהי המאה הז' לסה"נ) וכלי חרס אחדים המתוארכים לתקופה העבאסית (המחצית השנייה של המאה הח'–המחצית השנייה של המאה הי' לסה"נ).
בארבע נקודות נתגלו קברים שחציבתם רק החלה ולא הושלמה מסיבות שאינן ברורות (איור 11).
 
הקברים שנחפרו מתוארכים לתקופה הביזנטית (סוף המאה הד'–ראשית המאה ה' לסה"נ) והם חלק מהנקרופוליס של היישוב בחורבת זכרין. טיפוס קבר הדו-מקמר מוכר מאתרים נוספים מהתקופה הביזנטית בארץ ישראל. חציבת הקברים בתקופה הביזנטית נעשתה במסודר, הקברים נחצבו זה לצד זה ללא פגיעה בקברים אחרים, וכן מידותיהם אחידות. מכך אפשר להסיק כי הקבורה באתר הייתה באחריות גוף שטיפל בחציבת הקברים. בקברים שנחפרו נמצאו מעט מנחות קבורה, בשל שוד קברים בתקופות מאוחרות. ייתכן כי כלי החרס המתוארכים לתקופות האומיית והעבסית מעידים על שוד הקברים או על שימוש בקברים הקדומים לקבורה מאוחרת. סוגיה זו תיבדק בהמשך המחקר. תוצאות החפירה ותוצאות של חפירות קודמות באתר מצביעות על כך שהנקרופוליס של חורבת זכרין התפרש עד 300 מ' מדרום ליישוב.