פתח המערה נפער כארובה אנכית בתוך דולינה קטנה בין סלעים ובולדרים. מעבר נמוך בתחתית הארובה מוביל מערבה אל חללים נמוכים (B ,A) שקרקעיתם משתפלת הלאה מערבה ולמטה, לכיוון החלל העיקרי של המערה (C, כ-18 × 21 מ', מעל 4 מ' גובה) – אולם גדול שמתארו מעוגל, המחולק למרחבי משנה בעקבות שינויים במפלס התקרה והרצפה וכן עמודים טבעיים וערימות מפולת. קרקעית האולם מכוסה סדימנט בוצי כהה, אבנים רבות וסלעי מפולת. בכל חלקי האולם נמצאו ממצאים ארכיאולוגים רבים המעידים כי מרחב האולם היה החלל המרכזי בפעילות האנושית במערה, בהם שברים רבים של קנקנים מטיפוס הקרמיקה הגלילית הגסה (איור 2), ראש גרזן מברזל ומטבע ברונזה.

בחלקו המערבי של האולם נבנה דרגש מלאכותי מוגבה מאבני שדה מקומיות ונראה כי פולס והוגבה מעל סלעי מפולות גדולים המכסים את רצפת החלל כדי לאפשר שהייה נוחה לקבוצת אנשים. בקרקעית האולם, סביב הדרגש, נמצאו כמה בסיסי קנקנים גדולים (איור 3) שהוצבו בין סלעי המפולת ומתחת לנטיפים פעילים, וייתכן כי שימשו את הנמלטים למערה לאגירת מים.
בחלקו המזרחי של מרכז האולם מדרגה רציפה בתקרה יוצרת הפרדה ברורה בין מרחב האולם למכלול חללים סבוך שממזרח לו (E). מתחת למדרגה זו, בין סלעי מפולת גדולים, נמשך חלל מוארך וקשה מאוד לתנועה מתחת לקרקעית מזרח האולם (L103). בתוך החלל נמצאו בקבוקון חרס שלו שתי ידיות אופקיות, האופייני לשלהי התקופה הפרסית ולראשית התקופה ההלניסטית, שברי נר פתוח וראש חץ. המפלס העליון של מרחב E, שלצד האולם המרכזי, נמוך מן האולם. בתוך סדק צר בדופן הצפונית של מפלס זה (L104) נתגלתה הטמנה של נר הלניסטי ובתוכו שמונה חרוזים עשויים מאבן אגט בצבעי שחור ולבן (איור 4). החרוזים היו חלק ממחרוזת, אולי צמיד, אולם החוט המקשר ביניהם לא שרד. טיפוס נר זה נפוץ בארץ-ישראל מאמצע המאה הד' לפסה"נ עד המאה הב' לפסה"נ. בקרקעית המפלס העליון שני פירים אנכיים רחבים מאפשרים מעבר אל המפלס התחתון – חלל מוארך המכוסה בסלעי מפולת. צדו הדרומי של החלל תחום בדופן המערה, שם פעור סדק אופקי טבעי (L102). על גבי סלע בתוך הסדק נמצא המטמון שעליו דיווחו המטיילים. במטמון (איור 5) שני עגילי כסף עגולים, שלושה עגילי כסף דמויי סירה, שתי טבעות כסף, חמישה צמידי כסף, טבעת ברונזה, חותמת אבן וחותמת זכוכית. תכשיטים מטיפוסים אלו נמצאו בעבר במכלולים מהמאות הה' והד' לפסה"נ והם נפוצים מאוד בכל רחבי האימפריה הפרסית. על גבי התכשיטים נשארו שרידים של אריג צמר עשוי שתי וערב, עדות לכך שהמטמון היה צרור בתוך בד. בין התכשיטים נמצאו שני מטבעות טטרדרכמה שנטבעו בשם אלכסנדר מוקדון, המאוחר נטבע בשנים 305–311 לפסה"נ לערך.
צדו הצפוני של האולם המרכזי (D) נראה כמרחב פתוח הנטוי צפונה ולמטה. בכל חלקי המרחב פזורים סלעי מפולת גדולים, שעל גביהם ותחתם נמצא מגוון של ממצאים ארכיאולוגיים. בקצה הצפוני של אזור D מוביל פיר אנכי רדוד לחדר נמוך (L107), התחום בשוליו בסדקים אנכיים צרים. זהו חלל ביניים המפריד בין מרחב האולם לחלקיה הפנימיים של המערה (H ,G ,F).
 
הממצאים שנתגלו במערה מצביעים על פעילות אנושית מועטה בתקופת הברזל 2 ועל פעילות אינטנסיבית בסוף התקופה הפרסית או ראשית התקופה ההלניסטית. ריבוי שברי הקנקנים, שנמצאו בעיקר בחלל C ובחללים הסמוכים לו (D ו-E), מעיד כי אזור השהייה העיקרי בתקופה זו היה באולם המרכזי, חלל שתנאיו הפיזיים אפשרו שהייה נוחה למדיי במערה, כך מעיד גם הדרגש המוגבה והמפולס שנבנה מאבני שדה מקומיות. 
הכניסה אל המערה אינה פשוטה, היא עוברת דרך חללים צרים ונמוכים. סביר כי כך היה אף בעת שהמערה שימשה בעבר. מספירת שברי שפיות הקנקנים עולה כי אל המערה הוכנסו יותר מ-100 קנקנים גדולים מטיפוס הקרמיקה הגלילית הגסה ונראה כי אלו שוברו במתכוון לאחר סיום השימוש בתכולתם כדי לחסוך במקום, ושבריהם נזרקו אל מחוץ לאזור השהייה המרכזי. לפיכך נראה כי המשתמשים במערה השקיעו מאמצים רבים הן בהכנת המערה לשהייה הן בציודה.
כפי שפורט לעיל, בתוך שני סדקים צרים באגף המזרחי של המערה (חלל E) הוטמנו שני מטמונים; האחד כלל מחרוזת אבני אגט שהוטמנה בתוך נר הלניסטי והשני של תכשיטי כסף יחד עם שתי טטרדרכמות בשם אלכסנדר מוקדון אשר הוטמן בתוך צרור בד. מטבע הברונזה שנמצא בחלל המרכזי ומתוארך לשנת 320 לפסה"נ לערך, קרוב מאוד לפרק הזמן שבו הוטמן צרור התכשיטים והמטבעות, ונראה כי השוהים בחלל המרכזי החביאו את חפציהם היקרים באגף הנסתר והקשה לגישה.
הכניסה הקשה, הפתח הנסתר יחסית, תנאי השהות ושני המטמונים מעידים כי המערה שימשה מקום מסתור לקבוצת פליטים למשך פרק זמן לא ידוע. כיוון שנתגלו במטמון התכשיטים רק שני מטבעות קשה לקבוע תיארוך מדויק למועד הטמנתו. מתאריך הטבעתו של המטבע המאוחר ביותר ברור כי המטמון הוטמן לכל המוקדם בשנת 311 לפסה"נ. בשנה זו כבש תלמי הראשון את ערי החוף הפניקי, כחלק ממלחמות הדיאדוכים, ובהמשך השנה נסוג חזרה למצרים מפני אנטיגונוס מונופתלמוס בהחריבו את העיר עכו.
נראה אם כן כי הפליטים ששהו במערה היו מהמרחב הכפרי שסביב העיר עכו, כ-23 ק"מ ממערב למערת כמון, והכינו את המערה למסתור בעת המלחמה שהתחוללה באזור בשנת 311 לפסה"נ. אפשרות אחרת היא של נמלטים שברחו למערה בשנת 306 לפסה"נ בזמן מסע מלחמה שערך אנטיגונוס לכיבוש מצרים בעוברו דרך מישור החוף של ארץ-ישראל. מכל מקום, הממצאים שנתגלו במערת כמון הם עדות נדירה לחוסר היציבות השלטונית ששררה בארץ-ישראל בזמן מלחמות הדיאדוכים.