שלב I. נחשף בית חווה, ובו חצר המוקפת בחדרים. צמוד לקיר המערבי (W50.013) של החצר נחשפו ארבעה חדרים. החדר הצפוני-מערבי נחפר בשלמותו ולו שני פתחים. פתח אחד (0.8 מ' רוחב) הוביל מהחדר צפונה, אל מחוץ למתחם החווה, ומיקומו סמוך לקיר (W50.015) שחילק את החדר לשני מרחבים (L560 ,L511; איור 4). מיקום הפתח בצד הקיר ולא במרכזו חוזר גם בכניסות אחרות שנחשפו בבית החווה. במרכז קיר W50.015 זוהו שתי אבנים מסותתות היוצרות סף כניסה רחב (1.05 מ' רוחב). המרחב המזרחי של החדר רוצף באבנים. במרחב המערבי זוהה מפלס חיים באדמה מהודקת. מדרום היו שלושה חדרים צמודים (L548 ,L550 ,L554). אי אפשר לקבוע בוודאות אם הם היו מרחבים גדולים או, בדומה לחדר הצפוני-מערבי, חולקו לשני מרחבים. בחדר 550 נחשף מפלס חיים באדמה מהודקת. החפירה הסתיימה טרם הגעה לרצפות של שני החדרים האחרים. לאורך הקיר הדרומי של חצר (W50.019) היו חדרים נוספים. מכלול החדרים לא נחפר בשלמותו, לפיכך אי אפשר לקבוע במדויק כמה חדרים היו. צמוד לקיר הצפוני של החצר (W50.005) נחשף חדר, שהכניסה אליו ממזרח, והוא מחולק לשני מרחבים: קטן (L531) וגדול (L533; איור 5). למרחב הקטן היו כנראה שני פתחים: פתח אחד הוביל אל החצר, גודלו המקורי אינו ברור, מכיוון שכוסה במפולות אבנים; פתח אחר, בקיר המזרחי (W50.009), צר יחסית (0.5 מ' רוחב), הוביל אל מחוץ למתחם החווה. למרחב הגדול מתאר דמוי האות ר' והוא רוצף בלוחות אבן. הריצוף נמוך ב-0.13 מ' מבסיס הקיר הצפוני (W50.000) של החדר. הבדל הגבהים בין הריצוף לבין פני השטח סביבו מצביע על כך שחלק מחדרי החווה היה חפור למחצה. מסתמן שהחצר המרכזית בחווה הייתה במפלס הסביבה, ואילו לחלק ממפלסי החדרים ירדו במדרגה או שתיים (שלא התגלו). קטעי קיר (W50.021) שנחשפו מצפון לחצר מרמזים על חדר או חדרים נוספים, שלא נחפרו. שני חדרים (L553 ,L527) נבנו בתוך מתחם החצר. לחדר L527 היו שתי כניסות, אחת בקיר המזרחי (W50.002; רוחב הפתח 1.07 מ'), ששימשה כנראה כניסה ראשית למתחם החווה, ובה סף בנוי, ואחרת בקיר הצפוני (W50.008; רוחב הפתח אינו ברור בשל מפולות אבנים), ללא סף בנוי, שהובילה אל תוך מרחב החצר. בחדר נחשף מפלס חיים באדמה מהודקת. במבט כללי על שלב הבנייה הקדום בחווה אפשר לראות כי גובה הרצפה בחצר ובחדרים אינו אחיד, וכן אין אחידות בגובה רצפת החדרים. גובה מפלס הפעילות בחצר היה כנראה מפלס פני השטח בזמן הקמת המבנה. מהחצר המרכזית הייתה ירידה של כ-0.5 מ' לתוך החדרים הצפוניים. רצפת החדרים הדרומיים-מערביים נמוכה מהחצר בכ-0.35 מ', ורצפת חדר 553 נמוכה מהחצר בכ-0.1 מ'. הבדלים אלה במפלסי הרצפות מחזקים את ההשערה כי הכניסה הראשית למתחם החווה הייתה דרך חדר 527.

 
שלב II. בשלב המאוחר נבנו שלושה חדרים צמודים ממזרח לחצר המרכזית. קירות החדרים בנויים משילוב של אבני שדה ואבנים מסותתות, הגדולות מהאבנים ששולבו בקירות הקדומים. בשני החדרים הצפוניים נמצאו כמה מתקנים בנויים או חפוריםבקרקע (איור 6). בניית נדבך מעל קיר W50.002 מעידה כי החדרים נבנו לאחר שהקיר נהרס. מפלסי חיים שזוהו בחדרים המזרחיים גבוהים ממפלס החצר (כ-0.15 מ'), בניגוד למפלסי החיים מן השלב הקדום, שהיו נמוכים ממפלס החצר. אופי המתקנים וגובה המפלסים מצביעים על כך שהחדרים הם תוספת למבנה החווה הקיים. בחיבור קיר W50.002 הקדום עם קיר מאוחר (W50.003) נמצא מטבע, פלס אומיי (פוסט-רפורמי), המתוארך למחצית הראשונה של המאה הח' לסה"נ (ר"ע 154639). שרידים אחרים המשויכים לשלב הפעילות האחרון של החווה נמצאו במערב החצר — שרידי טבון (L546) ולצדו שרידי מתקן (L552), ובחדר הצפוני (L532) — שכבת אפר ואדמה מהודקת, כ-15 ס"מ מעל מפלס ריצוף האבנים; אלה מעידים על המשך שימוש במבנה החווה הקדום בשלב המאוחר. 
 
ממצא חומרי. בחלקים מהחצר שנחפרו כמעט ולא נמצאו ממצאים. עיקר הממצא מחדרי החווה שנחפרו, אך הוא דל, וכולל מעט חרסים (להלן) וזכוכית (לא צויר). נמצאו שברים של קערות במגוון גדלים (איור 1:7–11), מכסה של כלי בישול (איור 12:7), פכים (איור 1:8–8), קנקנים (איור 9:8–15), נר (איור 16:8) וכלי מפג'ר (איור 17:8, 18). כלים אחדים אופייניים לתקופה האסלאמית הקדומה, כגון כלי מפג'ר (Whitcomb 1988:53) וקנקנים שלהם צוואר גבוה (Cohen-Finkelstein1997:31*–32*) וכלים עשויים מטין בהיר שגונו קרם-צהוב (איורים 1:7, 6–8; 1:8). קבוצת כלים נוספת היא כלי הגשה שלהם דופן דקה, טין מפולם, צריפה 'מתכתית' וליבה כהה (איורים 2:7–4, 9; 6:8). לרבים מהכלים יש חיפוי מט (אדום, לבן ושחור, איור 4:8), שנעשה לאחר צריפתו. לעתים צוירו דגמים במכחול על החיפוי (איור 19:8). כלים מטיפוס זה מכונים Marble Ware (ר' Arnon 2007:39–40, 49). הנר עשוי מטין בהיר ולו ידית 'לשון' העולה כלפי מעלה וסביב הפיה מרזב; הוא מעוטר בדגם צמחי שנעשה בתבנית; הנר מטיפוס נרות דמויי שקד שהופיעו לראשונה לקראת סוף המאה הז' לסה"נ (Cohen-Finkelstein 1997) או, כפי שעולה מחפירות בית שאן, מאמצע המאה הח' לסה"נ (Hadad 1999:212). מלבד שבר אחד של קערה משלהי התקופה הביזנטית (איור 13:7) שכנראה 'התגלגל' מהחווה הביזנטית הסמוכה (הרשאה מס' 7026-A), המכלול אינו מכיל טיפוסי כלים ביזנטיים. מעניין לציין כי גם קרמיקה מזוגגת, שהתחילה להופיע במרחב הגיאוגרפי בסוף המאה הח' לסה"נ (Taxel 2014:119), לא נמצאה באתר. עוד נמצא מגוון כלי אבן לעיבוד מזון (איור 1:9–5), ובהם אבני שחיקה מאבן חוף (איור 2:9) ומאבן גיר (איור 3:9). שימוש באבן חוף כחומר גלם לאבני שחיקה הוא תופעה המוכרת מהתקופה האסלאמית הקדומה (Kletter 2005:91). עוד נמצאו שבר של אבן רחיים של חמור מבזלת (איור 5:9) ושבר של פריט ארכיטקטוני, כנראה בסיס עמוד (איור 6:9).
 
אפשר לתארך את שני שלבי הבנייה ואת השימוש בחווה לסוף המאה הח' לסה"נ. בנווה מנחם נחשפה חווה מאוחרת לחוות שנחפרו בשכונת רמות נוף בבאר שבע (Ustinova and Nahshoni 1994), היחידה שנחשפה באזור המתוארכת לתקופה העבאסית, שמתחתיה אין שרידים של חווה ביזנטית. חוות אחדות המתוארכות לתקופה האסלאמית הקדומה נחפרו בשנים האחרונות בצפון הנגב: בחורה (פרץ 2012) ובלהבים (דרום; הרשאה מס' 7415-A); אלה מתאפיינות במבנה בודד של חווה שלה חצר מרכזית וסביבה חדרים, וזוהו בהן שני שלבי בנייה. זמן בניית החווה בנווה מנחם מאוחר לזה של חוות חורה, אך מתאים לשלב השני בחוות חורה, שבו נוספו חדרים למבנה חצר קיים. חוות אלו מתווספות לכפרים אסלאמיים קדומים שנחפרו בנגב הצפוני (פרץ 2015; הרשאות מס' 6304-A-7178 ,A-7243 ,A).