באגף המערבי שלושה חדרים בנויים בטור. החדר האמצעי (2.0 × 3.2 מ') שימש חדר מבוא לשני החדרים האחרים: מצפון שרידי חדר קטן (2.3 × 3.2 מ'), ששימש כנראה את אב המנזר, ומדרום חדר מלבני (3.3 × 6.7 מ'), שיסודותיו חצובים (1.2 מ' גובה מרבי) וחללו מלא במפולת אבנים מקירותיו (איור 3); ייתכן ששימש חדר אוכל. בפינה הדרומית-מזרחית של חדר המבוא, בתוך חציבה רדודה בקיר, אולי כספת, נמצאו שלושה מטבעות זהב המתוארכים למאה הו' לסה"נ.

 
באגף הצפוני שורה של ארבעה חדרים שרצפותיהם מסותתות בסלע האם. החדר המערבי (2.8 × 4.3 מ') שימש מבואה פתוחה בין האגף המערבי לצפוני, שדרכה הייתה גישה לבור מים גדול (להלן). ברצפת החדר נחצבה תעלה רדודה שניקזה את מי הגשמים מהחצר לבור המים. בקיר המזרחי פתח שהוביל למדרגת אבן חצובה, שדרכה התאפשרה ירידה (כ-0.5 מ' גובה) לחדר רבוע (4.7 × 4.8 מ'; איור 4) שבשלושה מקירותיו חצובים ובנויים ספסלים (0.5 מ' רוחבם); ייתכן ששימש להתכנסות. גם בחדר זה נמצאה מפולת אבנים גדולות שמקורה בקירות המבנה. הכניסה לחדר הסמוך (4.0 × 4.4 מ'; איור 5) הייתה דרך סף דלת (1.4 מ' רוחב) שנפתחה מהחצר המרכזית. במרכז החדר קבר חצוב ומטויח, שכוסה בארבעה לוחות אבן ובתוכו נמצא שלד של זכר בוגר, אולי של אב המנזר. ממזרח לקבר זוהה סיתות נמוך וישר שהיה כנראה בסיס לקיר שסגר את החדר. משטח הסלע שממזרח לחדר התמוטט ונחת על חלל של קריפטה (להלן). במקום זה הייתה כנראה כנסיית המנזר; בחדר שהוביל אליה נחצב קבר ומתחתיה נחצבה הקריפטה.  
 
באגף המזרחי חדר בודד שרוב קירותיו נשדדו לאחר נטישת המבנה. מעל תשתית רצפת החדר נמצאו אבני פסיפס לבנות גדולות. יסוד הקיר המערבי טויח היטב, כנראה למניעת נזקי רטיבות. ייתכן שהיו חדרים נוספים באגף זה, אך אי אפשר להבחין בהם בגלל שוד אבני המבנה לאחר נטישתו.
 
החצר המרכזית מלבנית (10 × 20 מ'), חצובה, אך לא מפולסת, שימשה כנראה לפעולות היום-יומיות במנזר. במזרח חצוב גרם מדרגות תלול (איור 6), היורד מפני השטח אל פתח בנוי שלו שתי מזוזות וסף המוביל לחלל מערה חצובה ולקריפטה. הקיר שתחם את המנזר מדרום נשדד, למעט הפינה הדרומית-מזרחית המאפשרת לשחזרו. מחוץ לתחום המשוער של המנזר נותרו שרידי מחצבות ששימשו לחציבת אבני הבנייה של המתחם.
 
המערה נחפרה רק בחציה המערבי ולכן לא ברור לְמה שימשה, מעבר להיותה מעבר מהחצר אל הקריפטה.
 
הקריפטה מלבנית (3.7 × 8.5 מ') ותחומה בשלושה קירות. בקיר המזרחי אפסיס חצוב ובנוי ובמרכזו קבר חצוב ריק (איור 7). הקריפטה הייתה מתחת לכנסייה שבמפלס פני השטח ושימשה מבקרים שנכנסו אליה דרך פתח בצדה הצפוני, התפללו סמוך לקבר, ויצאו דרך גרם המדרגות דרומה אל מחוץ למנזר. בקבר, שנשדד או פונה עם נטישת המנזר, היה כנראה טמון מייסד המנזר.    
 
גת משוכללת נבנתה צמוד לחומת המנזר ממזרח. לגת משטח דריכה רבוע (3.05 × 3.05 מ'; איור 8), מרוצף בפסיפס לבן תעשייתי, המתנקז אל בור איגום מטויח (1.45 × 1.45 מ', 2.2 מ' עומק מרבי) שבפינתו הצפונית-מזרחית שקוע אגן מחרס, האופייני לתקופה הביזנטית, שנועד לניקוז שאריות התירוש. מדרום לבור האיגום נחצב בור עגול (0.78 מ' קוטר, 1 מ' עומק), שהוצב בו מתקן סחיטה בלחץ ישיר שלו בורג למיצוי תירוש נוסף מהזגים שנדרכו במשטח הדריכה. שימוש במתקן סחיטה בלחץ ישיר אופייני לבתי בד בתקופה הביזנטית ונדיר מאוד בגתות.    
 
מערכת המים. כל הגשמים שירדו על גגות המכלול ובחצר הפתוחה נאספו, כמקובל במנזרי מדבר יהודה, אל בור מים גדול. בפינה הצפונית-מערבית של החצר, במקביל לקיר האגף הצפוני, חצובה תעלה רדודה המובילה לתעלה עמוקה יותר, מקורה בחלקה, שהוליכה את המים אל בור שיקוע (1 מ' קוטר). משם גלשו המים ומילאו בור פעמוני גדול (9 מ' קוטר, 4 מ' עומק; איור 9) שנמצא מחוץ לפינה הצפונית-מערבית של המנזר. תקרת הבור התמוטטה ורק רצפתו ויסודותיו נחשפו.
 
על אף ההשתמרות הגרועה של המכלול ושוד מרבית אבני הבנייה, אפשר לקבוע כי שימש מנזר בתקופה הביזנטית והשתרע על שטח של כחצי דונם. תכניתו הרבועה, יסודות קירותיו החצובים בסלע, הזוויות הישרות בפינות חדרי המכלול והשימוש החוזר במידת הרגל הביזנטית (0.32 מ') מעידים כי המנזר תוכנן ונבנה כיחידה אחת, כנראה בפרק זמן קצר. הממצא החומרי (שברי כלי חרס וזכוכית, מטבעות ואמצעי הייצור החקלאיים) תוארך כולו לתקופה הביזנטית (המאות הו'–הז' לסה"נ). הממצא המועט יחסית וכן סתימת חלק מכניסות החדרים רומזים כי האתר ננטש בצורה מאורגנת. המנזר נוסף לקבוצת המנזרים מהתקופה הביזנטית שבין ירושלים לבית לחם המוכרים ממחקרים קודמים.