נפתחו 11 שטחי חפירה (N–K ,GA; איור 1) משני צדי כביש 79, ובהם נחפרו כ-195 ריבועים (כ-4 דונם). נחשפו שרידים מהתקופות הניאוליתית הקדם-קרמית ב', ג', הכלקוליתית הקדומה והמאוחרת, הברונזה הקדומה 1ב' ו-2, הברונזה הביניימית, הברונזה התיכונה, הרומית, הביזנטית והצלבנית.

 
התקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ב'. במזרחו של שטח N נחשפו רצפת טיח וכלי צור שמרביתם הופקו בטכנולוגיה הנביפורמית, האופיינית לתקופה הנאוליתית הקדם קרמית ב', ובהם להבי מגל וראשי חצים מטיפוסי יריחו וביבלוס. שרידים דומים התגלובעבר בקרבת מקום (ברזילי ומילבסקי 2010: שטח A), ונראה שבחלק זה של האתר שכן אזור תעשייה שהיה חלק מיישוב נרחב בן התקופה.
 
התקופה הנאוליתית הקדם-קרמית ג'. בתחומים מצומצמים בשטחים B ,A ו-C התגלו כלי צור, ובהם בלטו להבי מגל להם שינון עמוק וראשי חצים מטיפוס עמוק. נראה שלשכבה זו שייך גם ראש חץ עשוי מאובסידיאן. בשטח A נחשף בור עגול חצוב בסלע, וייתכן שהייתה זו מערה שקרסה.
 
התקופה הכלקוליתית הקדומה (המחצית השנייה של האלף הו'–המחצית הראשונה של האלף הה' לפסה"נ). ברוב שטחי החפירה התגלו שרידי בנייה רבים, והובחנו שלושה שלבי משנה. לשלב הקדום יוחסו שרידי בנייה עשירים מתרבות ואדי רבה. לשלב האמצעי יוחסו שרידי בנייה עשירים הדומים לאלה משכבה VIII ביריחו. לשלב המאוחר יוחסו שרידי בנייה, שהתגלו בשטח K ובחלק מצומצם משטח C, המאפיינים אתרים פרה-ע'סוליים מסוף התקופה הכלקוליתית הקדומה, כגון בית שאן והבאר בתל צף. שרידי הבנייה הרבים הושתתו בדרך כלל על יסודות שנבנו מנדבך אחד או שניים של אבני גוויל, ומעליהם נבנו, כנראה, קירות מלבני טין שלא השתמרו ברובם. בשטחים C ו-K התגלו ריכוזי לבנים שטוחות-קמורות צרופות. רוב שרידי הבנייה מהתקופה מקוטעים ואי אפשר לערוך תכנית ברורה שלהם בכל אחד משלבי הבנייה. להלן יתוארו כמה מהמבנים בשכבה. בשטח C נחשף מבנה שקירותיו רחבים ולאחת מפינותיו ניגשים קירות ארוכים שתחמו כנראה חצרות רחבות (איור 2). בפינה אחרת של המבנה התגלתה קערת אבן באתרה תחת מפולת של לבנים צרופות. בתוך המבנה נחשף קטע קטן של רצפת טיח. בשטח B נחשפו שרידים של שני מבנים, שנבנו זה מעל זה (איור 3). מן המבנה הקדום השתמרו רצפת טיח וכן שרידי טיח שכיסה כנראה את קירות המבנה שלא השתמרו. מן המבנה המאוחר השתמרו יסודות אבן וכנראה גם חלק מרצפת טיח. בשטח E נחשפו שרידי מבנה, שיסודותיו נבנו באבן (איור 4). אל הקיר הדרומי-מערבי של המבנה נסמך תא קטן, שעל קירו הדרומי נשענות שלוש אבנים שטוחות ששימשו כנראה מצבות.
בשטחים B, C ו-E התגלו קברים, המלמדים על מגוון מנהגי קבורה. התגלה קבר של שני נקברים בוגרים שהונחו בתנוחה מכווצת, ומעליהם הונחו שלוש מצבות (איור 5). כן התגלה קבר של תינוק שכוסה בחצי פערור (איור 6). במרחק של כ-1.5 מ' מקבר התינוק הוטמנו קערית אבן ומחרוזת שבה יותר מ-200 חרוזים (איור 7). בשטחים B ו-E התגלו שלדי בעלי חיים מוטמנים: בקר, כבש, חזיר וארנבת. שלד הבקר התגלה על רובד אבנים שחלקן שרופות (איור 8), ואפשר שהבקר נצלה במקום. אפשר גם שהשלדים שהוטמנו היו חלק מטקס.
בחפירה התגלו שברי כלי חרס, כלי צור, כלי אבן, מאות פריטי אובסידיאן, צלמית ושבר לוחית אבן (פלטה). שברי כלי החרס מהשלב הקדום בתקופה מיוחסים לתרבות ואדי רבה, ובהם בולטים חרסים מעוטרים בחריתות ובדיקור (איור 9). בממצא מהשלב האמצעי בתקופה בולטים שברי כלי חרס שחופו בחיפוי בהיר שעליו פסים רחבים בצבע אדום (איור 10). בשני שלבים אלה בולטים שברי כלי חרס כהים ממורקים (Dark-Face Burnished Ware). בכלי הצור בולטים גרזנים שהוכנו מצור לווחי (איור 11) ולהבי מגל להם גב וקטימות ובמקרים רבים גם שינון עמוק. כן התגלו להבי מגל להם גב, קטימות אלכסוניות ושברור עדין, האופייניים לסוף התקופה הכלקוליתית הקדומה. כלי האבן כוללים אבני קלע (איור 12) וקובעות בזלת שבסיסן מלא (איור 13). מאות פריטי האובסידיאן כוללים להבונים, כלים, גרעינים ופסולת (איור 14), המעידים על קשר עם אנטוליה. הצלמית שהתגלתה עשויה מאבן בדמות אדם סכמטית (איור 15), ועל שבר לוחית האבן נחרתו שתי יענים ואולי גם דמות אישה (איור 16; גצוב תשע"א: איור 12).
 
התקופה הכלקוליתית המאוחרת. התגלו ממצאים אחדים. נראה כי בשטח החפירה עצמולא התקיים יישוב בתקופה זו, אך בקרבת מקום, בגדה הצפונית של נחל ציפורי, התגלו לאחרונה שרידי יישוב מתקופה זו שהשתרע כנראה רק מצדו הצפוני של הנחל (זידאן 2014).
 
תקופת הברונזה הקדומה 1ב'. התגלו שרידי מבנים רבים ברוב שטחי החפירה, ובחלקם הובחנו שלושה שלבי בנייה. מרוב המבנים השתמרו רק יסודות אבן, ששימשו כנראה בסיס לקירות לבנים שלא השתמרו. רק בשטח G השתמר חלק מקיר לבנים של מבנה (איור 17). לעתים הושתתו יסודות המבנים על סלע שיושר, כך שהיו גבוהים מהרצפה. התקרות של רבים מהמבנים נשענו על עמודים, כפי שמלמדים בסיסי אבן שהתגלו לאורך הצירים המרכזיים של המבנים. הובחנו שלושה דגמים של מבנים: מבנים דמויי קפסולה, שלהם שני קירות מקבילים ישרים ושני קירות מעוגלים (איור 18), מבנים עגולים (ממגורות? מגדלים?) ומבנים מלבניים, שלהם פינות מעוגלות. הפינות המעוגלות מאפיינות את המבנים בני התקופה. הבנייה בשלושת השלבים יצרה מבננים צפופים שכל מרחב בהם נוצל (איור 19).
בשטחים D ו-N, בגבול המזרחי של השרידים בני התקופה, התגלתה חומה צרה (75 מ' אורך חשיפה, 1.9 מ' רוחב; איור 20), שהיסוד שלה נבנה משלושה נדבכים של אבני גוויל. נראה שמעל היסוד היה בנוי קיר לבנים שלא השתמר. בחומה נחשף מעבר צר (0.8 מ' רוחב), הדומה למעברים רבים שהתגלו בחומות משלבים מאוחרים יותר בתקופת הברונזה הקדומה. זו הפעם הראשונה בארץ שבה נחשף מעבר בחומה משלב זה של התקופה. סמוך לחומה ובמקביל לה נחשף חלק ממבנה שלו פינה מעוגלת (איור 20, בחלק העליון), המאפיין את מבני התקופה. בבדיקה מגנטומטרית שנערכה מצפון לשטח D זוהו שרידי בנייה מצפון-מערב לחומה וקו בנייה הפונה בצורה חדה לכיוון מערב.
בכלי החרס שנחשפו בשכבה בולטים כלים, שנפוצים במכלולים מאגן הכנרת, ובהם קערות שחיפוין סדוק ופיטסים שלהם שפה מעובה ומעוגלת ועליה עיטור חרות (איור 21). רבים מכלי האגירה שנחשפו בשכבה מעוטרים בעיטור משח פסים. עוד נחשפו בשכבה כלים שנפוצים במכלולים מעמק יזרעאל, ובהם פיטסים, שלהם צוואר קשת, וקערות אפורות ממורקות. כן התגלו שתי טביעות חותם על חרסים. הטביעות בדגמים גאומטריים האופייניים לתקופת הב"ק 2, אך החרסים אופייניים לתקופת הב"ק 1ב'. כלי האבן שהתגלו בשכבה כוללים שברי קערות בזלת שלהן ארבע ידיות; קערה כמעט שלמה התגלתה על רצפת מבנה בשטח L (איור 22). כלי הצור שהתגלו בשכבה כוללים להבי מגל כנעניים, שהם אחוז קטן מהמכלול. בשכבה נחשפו גם צלמיות טין, שרובן דמויות בעלי חיים, ובהם שכיח ביותר הפר.
 
תקופת הברונזה הקדומה 2 (ראשית האלף השלישי לפסה"נ). נחשפו שרידים דלים של מבנים, שפינותיהם ישרות זווית, בשטחים E ,C ,B ו-K (איור 23). נראה כי היישוב הצטמצם מאוד בתקופה זו. כן, נחשפו שברי כלי חרס ברבים מריבועי החפירה, ובהם בעיקר טסים וקנקנים ממשפחת הכלים המתכתיים וסירי בישול פסוקי צוואר. בשטח C התגלתה מעין פינת עבודה, ובה עשרות כלי כתישה באתרם (איור 24). בשטח A התגלתה קבורת תינוק בפערור, שפתחו נסגר בחרס. הפערור הונח סמוך לקיר, כנראה כמנחת יסוד (איור 25). ממצא מעניין הוא שבר של צלמית חמור, שהייתה מותקנת על כלי ממשפחת הכלים המתכתיים.
 
תקופת הברונזה הביניימית. בקצה המזרחי של שטח N נחשפו שרידי קירות אבן של מבנה, בסיס אבן, אולי של מתקן, וכמה חרסים וכלי צור.
 
תקופת הברונזה התיכונה. בתחום מצומצם בשטח D נחשפה הצטברות אדמה, ובה מעט חרסים משלב מאוחר של התקופה. כן התגלו קטע של קיר וכמה בורות שפגעו בחומה מתקופת הב"ק 1ב' ובמבנה הסמוך לה.
 
התקופות הרומית והביזנטית. ברוב שטחי החפירה נחשפו חרסים רבים, רובם שחוקים וקטנים, ומעט שברי כלי זכוכית ופסולת תעשייה; נראה שממצאים אלה הובאו לאתר כחלק מפסולת יישוב לדישון שדות. כן נחשפו סימני חציבה של אבני בנייה ומעט שרידי בנייה. בשטח F התגלתה גת משוכללת מהתקופה הביזנטית (איור 26), שרוצפה בפסיפס גס שעוטר בדגם גאומטרי מאבנים שחורות. בבור האיגום של הגת נחשפו שלוש מעגלות וכותרת של עמוד קטן (איור 27).
 
התקופה הצלבנית. התגלו חפצי מתכת רבים, ובהם בעיקר מסמרים ששימשו לפרזול סוסים וראשי חצים אחדים (איור 28), ושני מטבעות שנטבעו בירושלים בתקופה הצלבנית (המאה הי"ב לסה"נ). כן התגלה קבר של בוגר שהונח פרקדן וידיו משולבות. ממקורות היסטוריים ידוע שאתר עין ציפורי שימש כבסיס להערכות של צבאות במאות הי"ב והי"ג לסה"נ וכי במקום גם ניטשו קרבות. האירוע הבולט ביותר במקום היה חניית הצבא הצלבני ערב קרב קרני חיטין. מסמרי הפרזול הרבים שהתגלו במקום וראשי החצים מחזקים מידע זה.