פעילות ממזרח לתל ההיסטורי מוכרת למן תקופות הברונזה והברזל ועד לתקופה העות'מאנית (Peilstöcker and Burke 2011); בתקופות ההלניסטית הקדומה, הביזנטית, הצלבנית והעות'מאנית המאוחרת נוצל האזור באינטנסיביות. בחפירות השוק היווני נחשפו שרידים בעיקר מהתקופות הצלבנית, הממלוכית–העות'מאנית הקדומה והעות'מאנית המאוחרת, אף שנתגלו גם חרסים מהתקופות ההלניסטית, הביזנטית והאסלאמית הקדומה. בשרידים קטעי מבנים, חלקם מקומרים, תעלות השקיה וניקוז, בארות, בורות ספיגה, בורות סיד וקברים. נתגלו כלי חרס, חרסינה וזכוכית, מטבעות, ראשי חצים, כדורי מוסקט, שברים של כדורי תותח ותכשיטים מנחושת ומזכוכית.

 
החפירות הנוכחיות נערכו במתחם הגובל במערב בכיכר השעון, בצפון ברחוב מרזוק ועזר, בדרום ברחוב בית אשל שבשוק הפשפשים ובמזרח ברחוב שמעון הצדיק. נפתחו שמונה שטחים (איור 2): שטח A ברח' פנחס בן יאיר, שטח B ברח' 3341, שטח C ברח' אבטליון, שטחים D ו-G ברח' יועזר איש הבירה, שטח E ברח' הגימנסיה העברית, שטח F ברח' יהושע בן פרחיה ושטח H ברח' 3338. גודל הריבועים ועומקם מפני השטח (1–3 מ') נקבעו בהתאמה לתכניות הפיתוח, לבטיחות ולמיקום תשתיות.
 
שכבה III – התקופה הצלבנית (המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ)
בשטח C נחשף קטע של קיר רחב יחסית, החורג בממדיו מהבנייה המקובלת ששרדה ביפו מתקופה זו; נתגלו ראשי חצים וקרמיקה צלבנית המתייחסים לקיר. קיר דומה נמצא גם בשטח B ושולב בו פתח (איור 4). הקיר בשטח B יוצר פינה ישרה עם קיר נוסף הפונה צפונה; בתקופה העות'מאנית שימש הקיר מסד לתעלת השקיה. ייתכן שהקירות הם  של מבני ציבור, בתי אמידים או מחסנים גדולים. בקצה הדרומי של שטח A נחשף חלק מקמרון. מדרום לו נחשפו שרידי בנייה ששולב בהם בסיס עמוד שיש (איור 5). שני בסיסי קמרונות, קטעי קירות ורצפות נחשפו בקצה המערבי של שטח F, סמוך לכיכר השעון (איור 6). קטע קיר נוסף נחשף בשטח H המקביל לשטח F מצפון. אין אפשרות לשחזר תכניות ברורות של המבנים מקטעי קירות אלה.
 
שכבה II – התקופה הממלוכית–העות'מאנית הקדומה (המאות הי"ד–הי"ז לסה"נ)
בקצה המערבי של שטח F נחשפו 11 קברי שוחה בתוואי מערב–מזרח, שבעה מהם נחפרו. הקברים קורו בלוחות אבן חול (beachrock) וכורכר. חלק מהפרטים היו מונחים על צדם, פונים דרומה, ואחרים על גבם, פניהם פונות דרומה (איורים 7, 8). בקברים לא הונחו מנחות קבורה. מאפיינים אלה ותוואי הקברים תואמים את הקבורה המוסלמית. כל שבעת הפרטים היו זכרים שגילם 20–40. המיקום הסטרטיגרפי של הקברים – בין שרידי הבנייה הצלבניים לבין תעלת ההשקיה והמבנים העות'מאניים המאוחרים – מתארך אותם לתקופות הממלוכית או העות'מאנית הקדומה, בדומה לקברים מתקופה זו שנמצאו ברחוב בית אשל הסמוך (Nagar 2011). על סמך מקורות היסטוריים רבים אפשר לזהות בנקברים את אנשי המשמר הממלוכי שהוצבו ביפו לאחר חורבן העיר הצלבנית, לשם פיקוח על הנמל.
 
שכבהIb  – התקופה העות'מנית המאוחרת, שלב א' (המאה הי"ט)
בשטחים E ,D ,B ,A ו-F נתגלו קטעים של תעלות השקיה מטויחות השייכות לחלקות החקלאיות שעליהן נבנה השוק היווני. בחלק מהתעלות צמתים לוויסות מים, ושולבו בהן צינורות חרס (איור 9). בקצה הצפוני של שטח A נחשפה באר שנסתמה כנראה כאשר נבנה השוק היווני (איור 10). בצומת בין שטח A לשטח B באר נוספת. תוואי התעלות מעיד בסבירות גבוהה על בארות נוספות שנותרו חתומות מתחת למתחם השוק. למרחב החקלאי שייכים גם קטעי מבנים צנועים הבנויים אבני כורכר מלוכדות בטין (שטחים B ו-F), שיטת בנייה אופיינית לתקופה העות'מאנית המאוחרת ביפו. שרידים של מבנה גדול משלהי התקופה העות'מאנית נמצאו בשטח G. מהמבנה נחשפו הקיר הדרומי (9.5 מ' אורך) וקטע קצר מהקיר המזרחי; לאחר פירוק נדבכיו העליונים שימש הקיר יסוד לאחד המבנים של השוק היווני (איור 11). הקירות (1 מ' עובי) עשויים מאבני גיר מסותתות היטב ומלוכדות במלט. ייתכן שהשרידים שייכים למבנה המצוין במפה משלהי המאה הי"ט כ'מחסן הדואר הטורקי'. בקצה הצפוני של שטח E התגלו שלושה קירות משתלבים ממבנה אבן נוסף מתקופה זו. באחד הקירות קבוע פתח. הממצא כולל מגוון חרסים מהתקופה העות'מאנית המאוחרת, רובם ככולם מהמאות הי"ח והי"ט.
 
שכבה Ia – התקופה העות'מאנית המאוחרת, שלב ב' (סוף המאה הי"ט ותחילת המאה הכ' לסה"נ)
שלב זה מייצג את ראשית השוק היווני. לתהליך הבנייה של השוק מייחסים כמה בורות סיד שנתגלו בחלק הדרומי של שטח A ובצומת בין שטח G לבין שטח E (איור 12). בשטח B נחשפו קשתות יסוד (איור 13) שאפיינו מבני אבן גדולים בתקופה זו. בקצוות הצפוניים של שטחים A ו-E, וברחוב שמעיה הסמוך, נמצאו בורות ספיגה, שתעלות ניקוז הובילו אליהם. אחת התעלות פגעה במבנה העות'מאני שקדם לה בקצה שטח E, וכיסתה את שרידי הקירות (איור 14). בארבע נקודות באתר נתגלו בורות אשפה ובהם ממצא מגוון מתקופה זו. בבור אשפה בשטח D נמצאו עשרות פרטים, חלקם כמעט שלמים, של בקבוקי סודה מסוג Codd Bottles, בעלי מנגנון פקיקה מיוחד שהיה נפוץ באותם ימים. על דופן הבקבוקים חותמות של חברת Foster and Barnett הבריטית, מפעל לייצור בקבוקי זכוכית שפעל במחצית השנייה של המאה הי"ט ותחילת המאה הכ' לסה"נ. בבור שני בקצה הצפוני של שטח A נתגלו מאות שברים של צלחות חרסינה זהות, פשוטות וללא עיטורים, בתחתיתן חותם זהה. בבור אשפה שלישי בצומת בין שטח F לשטח E נמצאו בקבוקי זכוכית שלמים, או כמעט שלמים, ליין או לסודה, וכן ריכוז של ספלי חרסינה זעירים. בבור רביעי, בשטח H, נמצאו שברי ברזל ובקבוקים, בהם שבר בקבוק יין ובו חותמת מיקב Chateau Lafite בבורדו. ממצא יחיד במינו הוא בולה מעופרת, שעליה השתמרה כתובת מקוטעת; ייתכן שהיא קשורה לחברת Lafarge הצרפתית, שהיה לה חלק בפרויקט תעלת סואץ, וכיום קונצרן בינלאומי לחומרי בנייה.
 
החפירות בשוק היווני תורמות מידע חדש על תולדות יפו באלף השנים האחרונות. שרידי הבנייה הצלבניים נתגלו בעיקר בשוליים המערביים והדרומיים של השוק היווני. לצד העדר שרידי בנייה מתקופה זו בחלקים אחרים של האתר, הם מסייעים בהתוויית גבולות ההתפשטות העירונית של יפו הצלבנית לצפון-מזרח.
קברי הגברים מהתקופות הממלוכית או העות'מאנית הקדומה מחפירות השוק היווני, נוסף על הקברים ברחוב בית אשל הסמוך, מחזקים את ההשערה כי הם שימשו לקבורה של אנשי חיל המשמר, שהוצבו במגדלים הצופים אל הנמל בתקופה שבה העיר לא הייתה מיושבת. משמר כזה נזכר הן במקורות כתובים הן באיורים רבים מתקופות אלה (זאבי 1985: 49; Tolkowsky 1924:130–135).
פעילות הקבורה בשטח זה הסתיימה לכל המאוחר במחצית המאה הי"ח, עם התחדשות העיבוד החקלאי בשטחים שממזרח לתל. התעלות והבארות שנמצאו ברחבי השוק, וכן שברים רבים של כלי אנטיליה, מעידים על התפתחות זו.
החפירות הוסיפו מידע על חיסול החלקות החקלאיות עם הקמת השוק היווני, על טכניקות בנייה שנעשה בהן שימוש, וכן מידע על חלק ממגוון המוצרים שנמכרו בחנויותיו בשנותיו המוקדמות – תקופת המעבר לעיר המוכרת כיום.