בשנים 2000–2001 נערכו בעכו חפירות ארכיאולוגיות מצומצמות (רשיון מס' 7/2000-G, הרשאה מס' 3375-A) לצד עבודות פיתוח תיירותי והנחת תשתיות. החפירות, מטעם רשות העתיקות ובמימון החברה לפיתוח עכו העתיקה – משרד התיירות נוהלו על ידי א' שטרן בהשתתפות א' טצר (ניהול שטח וקרמיקה הלניסטית), א' שפירו (רישום), ו' אסמן (מדידות), ה' סמיטליין (צילום), ל' פורת (רפאות), ח' טחן (ציור כלי חרס), ע' שטרן (קרמיקה צלבנית), ד' שיאון (נומיסמטיקה) וי' גורין-רוזן (זכוכית). בצוות השימור היו י' שפר (מנהל), ר' כסלו (תיעוד ואדריכלות), א' זזולינסקי וע' כהן (הנדסה).
הסראיה (ר' חדשות ארכיאולוגית 109: 19-15). נפתחו שלושה ריבועי בדיקה (2 X 2 מ') לאורך הקיר המערבי של חצר הסראיה הטורקית, לקראת הפיכת המבנה למתנ"ס קהילתי. לאחר הסרת רצפת בטון מודרנית התגלתה שכבת מילוי (2 מ' עובי) ובה מפולות אבנים, שברים של פריטי שיש וקרמיקה מהתקופות העות'מאנית והצלבנית. מתחת לשכבה זו התגלתה רצפת טיח מהודק היטב ובה דפוס של אריחי שיש (0.25 X 0.25 מ'), שמהם התגלו רק שברים אחדים באתרם. על רצפת הטיח התגלו שברי זכוכית של חלונות ויטרז' במגוון צבעים. במרכז הקיר התגלה סף של פתח בנוי אבן גרניט שחורה. נראה כי בחפירה נחשף מבנה הכניסה (הנרתקס) של כנסיית יוחנן הקדוש ברובע ההוספיטלרי. הבדיקה היתה מצומצמת מאוד ופיתוח המקום יחייב את הרחבתה.
המרכז ההוספיטלרי
חדר האוכל. בחלק המערבי של המבנה נחפר ריבוע. התגלתה מחצבת אבן כורכר שהשתמרה טוב ומתוארכת לתקופה ההלניסטית. בחלק המזרחי של המבנה נחשף מחדש ונוקה מאגר מים מטויח שנחפר בשנות השישים.
החפיר הצפוני. נחפרו שני ריבועי בדיקה בתוואי תשתיות. בעומק 2.5 מ' נמצאה אדמת מילוי אפרפרה עם ריכוז גבוה של חול ים ובה שרידים של גדרות מתכת, צלחות, מימיות ממתכת ועוד, ככל הנראה מבית הכלא המנדטורי. צמוד לפינה הצפונית-מערבית של מגדל האוצר (מגדל חזנה) נפתח ריבוע והתגלו שרידי מגדל עגול בנוי היטב מאבני גזית גדולות עם סיתות שוליים על שכבת סלע כורכר טבעי (2.8 מ' גובה השתמרות). בתעלת היסוד של המגדל (0.2 מ' רוחב חפירה) נמצאה כמות גדולה של קרמיקה מהתקופה הצלבנית. התברר כי מגדל האוצר, המתוארך לתקופה הטורקית, נבנה על שרידים של מגדל עגול מהתקופה הצלבנית.
הרחוב הדרומי. נמשכו עבודות פינוי העפר ברחוב הצלבני שמדרום למרכז ההוספיטלרי. לאחר הכיבוש הממלוכי של עכו בשנת 1291 נסתם הרחוב במפולות אבן ואדמה שנמצאה בהם קרמיקה צלבנית מן המאה הי"ג לסה"נ וקרמיקה עות'מאנית.