בחודשים יוני–אוגוסט 2006 נערכה חפירת הצלה בראש פינה, סמוך למתחם המשוחזר (הרשאה מס' 4800-A; נ"צ — רי"ח 25027/76403; רי"י 20027/26403), בעקבות תוכנית בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון מ' זר, נוהלה על ידי מ' הרטל (צילום), בהשתתפות ע' מוקארי וא' זינגבוים (ניהול שטח), י' יעקובי (מנהלה), א' האג'יאן וט' קורנפלד (מדידות ושרטוט) ופועלים ממע'אר ומאיילת השחר.
בחפירות קודמות שנערכו במתחם המשוחזר של המושבה (חדשות ארכיאולוגיות 120) התגלו שרידי מבנים מתקופות הברזל, ההלניסטית, הרומית, הביזנטית והאסלאמית הקדומה. בחפירה שנערכה בחלק הגבוה של המושבה (הרשאה מס' 4357-A) נחשפו ממצאיםמהתקופות הביזנטית והממלוכית.
בחפירה הנוכחית שנערכה בשני מגרשים (9, 11) נחשפו מבנים מתקופת הברזל 1 שחרבו בשרפה עזה. כן נחשפו שרידי בנייה מהתקופות הרומית והביזנטית ושברי כלי חרס מהתקופה הממלוכית.
שטח החפירה משתרע על מדרון סלעי תלול. ההשתמרות בחלקו העליון דלה למדי אך ככל שיורדים ההשתמרות טובה יותר.
מגרש 9
נחפרה רצועה (כ-2×20 מ'; ריבועים E–A; איורים 1, 2) שבה יורד הסלע ממערב למזרח בתלילות במדרגות אחדות. על מדרגות הסלע ובניצב לכיוון המדרון נבנו קירות שיצרו תאים (W934 ,W930 ,W924). באדמה שמילאה את התאים נמצאו חרסים רבים מתקופת הברזל 1. מעל התאים נחשפו מסדי אבני גוויל שעליהם ניצבו כנראה קירות לבנים. נמצאו שברי טיח רבים המעידים כי הקירות היו מטויחים בטיח אדום. באחד ממסדי הקירות (W951) משולבת אבן עגולה ששימשה אולי עמוד (איור 3). במבנים הצטברה שכבת אדמה שרופה ואפר (כ-1.5 מ' עובי; איור 4) המעידה על חורבנם בשרפה עזה. שכבת השרפה הכילה כלי חרס רבים מתקופת הברזל 1.
בתקופה הרומית המאוחרת נבנה מעל חורבות המבנים מתקופת הברזל מבנה גדול. בחלקה המזרחי של החפירה נמצא קיר (W902; כ-3.25 מ' גובה השתמרות) שיסודותיו הועמקו עד לסלע. אל הקיר ניגש קיר נוסף (W912) ועליו אומנה מאבן גזית (איור 5). ייתכן שקיר 912 נבנה במסורת הבנייה הפניקית. אל הקירות ניגשת רצפה ועליה מפולת אבנים וכלי חרס מהתקופה הרומית המאוחרת.
בקצה המערבי של שטח החפירה, מיד מתחת לפני השטח, נחשף סלע הקירטון שנחצבו בו שני בורות פעמון מחוברים (איור 6). תקרת הבור הצפוני נשמרה בשלמותה ובה פתח חסום באבנים ואילו תקרת הבור הדרומי התמוטטה או הוסרה במכוון. בבורות לא נמצאו שרידי טיח ונראה כי לא שימשו לאגירת מים אלא ממגורה או יקב. הממצא מהבורות כלל שברי כלי חרס מהתקופות הרומית עד הממלוכית.
במרכז שטח החפירה נמצא משטח מרוצף אבני גוויל (לוקוס 922), קרוב לוודאי חצר בית מהמאה הי"ט לסה"נ.
מגרש 11
נחפרה רצועה (2.5×20.0 מ'; ריבועים E–A; איורים 7, 8) שבה משתפל הסלע ממערב למזרח. השיפוע מתון יחסית לשיפוע הסלע במגרש 9.
נחשפו קירות מבנים מתקופת הברזל 1 אך מפאת השטח המצומצם תוכניתם אינה ברורה (W133 ,W131; איור 9). נחשפה שכבת אדמה שרופה שצבעה אדום ושכבות אפר (לוקוסים 127, 132) שנמצאו בהן כלי חרס רבים מתקופת הברזל 1, המעידות על תמונת חורבן דומה לזו שבשטח 9.
בתקופה הרומית המאוחרת התחדש היישוב ועל הריסות המבנים מתקופת הברזל נבנו מבנים חדשים. אחד הקירות בנוי עם אומנות גזית במסורת הבנייה הפניקית (W105; איור 10).
בקצה המערבי של השטח, בראש מדרגת סלע, נחשפו שני קירות (W114 ,W111) היוצרים פינה. הממצא בין הקירות תוארך לתקופה הביזנטית.
בבור רחב שחדר עד לשכבה הרומית (לוקוס 124) התגלו אבנים קטנות וכלי חרס רבים מהתקופה הממלוכית, אך לא התגלו שרידי מבנים מתקופה זו.
בחלקו המזרחי של שטח החפירה נמצא ריצוף אבן (לוקוס 113) הדומה לזה שנמצא במגרש 9. הריצוף הונח ישירות על שרידי התקופה הרומית וסמוך אליו נמצא ריכוז כלי עבודה ופרסות ברזל, ככל הנראה של תושבי המושבה מהמאה הי"ט לסה"נ.
נראה כי ראשית היישוב בשטח שנחפר בתקופת הברזל 1. שכבת השרפה והכלים הרבים שנמצאו בהריסות המבנים מעידים כי היישוב חרב בשרפה עזה ופתאומית. תמונה דומה התגלתה גם בחפירות הקודמות שנערכו סמוך (חדשות ארכיאולוגיות 120). היישוב בשטח זה חודש כנראה רק במאה הג' או הד' לסה"נ. ייתכן שבתקופה זו אף נחצבו בורות הפעמון. מן התקופה הביזנטית נמצא בחפירה הנוכחית רק מבנה אחד וייתכן שבתקופה זו נדד היישוב לחלק העליון של המדרון. חרסים המתוארכים לתקופה הממלוכית עשויים להעיד כי גם בתקופה זו שכן היישוב במעלה המדרון.