השטח החפור של 'בית חלפי' הורחב צפונה (איורים 1, 2) אך עדיין טרם נחשף הקיר הצפוני של המבנה. במרכז המבנה חצר גדולה, שממזרחה 'החדר השרוף', 'חדר הסטוקו', ו'חדר המחטב' בהתאמה, וממערבה נמצאים 'חדר הבריכה' ו'חדר האספלט'. 

נמצאו מפולות של לבני בוץ מיובשות בשמש שבהן נבנו הקומה העליונה וחלק מקירות הקומה התחתונה. הגגות נבנו מקורות דקלים שהונחו לרוחב החדרים, עליהן בניצב הונחו קנים שעליהם יצקו טיט בוץ בעובי ניכר. קירות החדרים והרצפות מטויחות בשכבות טיט עדין, לעתים עם תוספת של גרגרי סיד  לבן. בחצר נמצאו כמה אבני שחיקה מבזלת ושברי אבני רחיים של חמור בשימוש משני כאבני בנייה.
חלקה הדרומי של החצר נחפר כבר בשנות השבעים ובמרכזה נמצאה אומנה מרובעת אחת. בשנות התשעים, בהכנת האתר לפתיחתו למבקרים, פונו שרידי המחיצות שנשארו באתר מאז שנות השבעים, הושלמה חשיפת 'החדר השרוף' ונחשפו בחצר אומנה נוספת ופינת בישול ליד המדרגות שמימין לפתח הכניסה לחצר. נראה כי המדרגות הובילו לקומה השנייה דרך המרפסת שנישאה על האומנות.
על רצפת 'חדר הסטוקו' נמצאו גזעי דקלים שרופים שנשאו את תקרת החדר. כן נמצאו שבר לוח שיש עגול ופיסת טיח סטוקו גדולה מעוטרת בדגם ביצה ורומח שמקורם במבנה אחר.
במהלך החפירה התברר כי שני הנדבכים העליונים מארבעת נדבכי הקיר הדרומי בחדר נבנו במהלך שימור/שחזור האתר בשנת 1995. מקומו של פתח הכניסה לחדר שהיה בקיר המערבי הפונה לחצר נחסם בעת יציקת עוגן האוהל בשנות התשעים.
בשני בורות ביקורת שנחפרו במרכז החדר התברר כי מתחת לרצפה (0.3 מ' עומק) יש שכבת חיים קודמת ולה רצפה הצמודה לקיר נוסף, שם נמצאו מעט חרסים רומיים.
'חדר המחטב' הוא חדר צפוני שקירו הצפוני עדיין לא נחשף. גם כאן נמצאו קורות דקלים שרופות מעל רצפת החדר העשויה שכבת טיט בז' עבה המונחת על תשתית חלוקים. בצד המזרחי של החדר, על הרצפה, נמצא קנקן מנופץ. במרכז החדר, מעל הרצפה נמצא מגל חטיבה, מחטב, עשוי ברזל ונר נעל שלם.
'חדר הבריכה', החדר הדרומי-מערבי, מרובע ורובו ככולו נחפר בשנות השבעים. הוסרה שכבת עפר דקה ונחשף הפן הדרומי של הקיר הצפוני שהיה מטויח בטיח סידי אפור, טיח בריכות הידראולי. בפינה הצפונית-מזרחית של החדר נתגלו שרידי טיח הקיר המשתפלים מן הקיר אל הקרקע ובהם טבועים שברי קנקנים רומיים. זהו אם כן הקיר הצפוני של בריכת אגירה מן התקופה הרומית שאליו ניגשים הקירות המערבי והמזרחי מן התקופה הביזנטית.
גם בחדר זה לא נראה פתח, אולם בפן הפנימי של הקיר המזרחי נראים שני קווי בנייה אנכיים של מזוזות הפתח. נראה כי גם כאן נחסם הפתח בעת השחזור בשנות התשעים.
'חדר האספלט' הוא חדר גדול אורכי עם פתח לחצר; קירו הצפוני טרם נחשף. בבור הביקורת שנחפר נמצאו כמה אבני פסיפס חלקות מאוד וצמדת מטבעות. בכל חדרי המבנה נמצאו פירורי אספלט אך כאן נמצאו הרבה מאוד פירורים וגם גוש גדול במשקל כ-3 ק"ג.
התברר כי 'בית חלפי' הוא המבנה הגדול ביותר שנמצא עד כה בכפר הביזנטי של עין גדי, שטחו כבר עתה גדול משטח בית הכנסת והתקיים בו יישוב בתקופות הרומית, הביזנטית והממלוכית (הירשפלד 2007). נמצאו כלי חרס, שברי זכוכית, עצמות והרבה שרידי עץ מפוחמים, אספלט ומעט מטבעות בכל חדר.
'בית חלפי' נהרס, כמו יתר בתי הכפר בשרפה עזה באמצע המאה הו' לסה"נ (הדס תשס"ה: 69). מטרת העונה הבאה תהיה להשלים את חשיפת 'בית חלפי', הבית הגדול הצמוד אליו והסמטאות הגובלות בו ממערב ומצפון. 
 

 
בר"ג ד' ופורת י' תש"ל. בית הכנסת בעין גדי. קדמוניות 11: 97–100.
בר"ג ד', פורת י' ונצר א' תשל"ב. עונת החפירות השניה בבית הכנסת של עין גדי. קדמוניות 18: 52–54.
הדס ג' תשס"ה. החפירות בכפר עין גדי 1993–1995. עתיקות 49: 41*–71*.
Hirschfeld Y. 2007, En Gedi Excavations II: Final report 1996–2002. Jerusalem.