בחודש ינואר 2008 נערכה עונת חפירות שישית בנווה עין גדי (רישיון מס' G-1/2008; נ"צ — רי"ח 23708/59690; רי"י 18708/09690; חדשות ארכיאולוגיות 118). החפירה, בחסות האוניברסיטה העברית בירושלים ובמימון תרומות פרטיות וקרנות בארץ ובחו"ל, נוהלה על ידי ג' הדס, בסיוע ר' מרחב (מנהלה), ד' פורוצקי (מדידות ושרטוט), א' מזר (רפאות), א' דה-וינסנט (עיבוד כלי חרס) ובהשתתפות מתנדבים מהארץ ומחו"ל, רובם השתתפו בעונות קודמות.
הבית הדרומי. נחשפה חצר גדולה (לוקוס 6001; איורים 1, 2) ובה פתח לשני חדרים מצפון. ליד הפתח לחדרים נמצאו כיריים ובפינה הצפונית-מערבית של החצר נתגלו שני תנורים. מתחת לרצפת החצר, בעומק כחצי מטר, נחשפו ראשי קירות השייכים למבנה קדום שתוכניתו שונה מעט מזו של הבית הדרומי. נראה כי אבני קירות הבית הדרומי נלקחו מן המבנה הקדום שתחתיו.
הושלמה חפירת החדר המערבי (לוקוס 6011; איור 3) שנמצאו בו כתריסר כלי בישול: סירים ופכים, וכן קנקן גדול קבור ברצפה, שכמוהו נמצא בעונה הקודמת בחדר המזרחי הסמוך.
בחדר המזרחי נחפרו כמה רצפות שמתחתן קירות הקשורים ככל הנראה למבנה הקדום (לוקוסים 6031, 6044). הממצא מתחת לרצפות כלל הרבה עצים מפוחמים, אפר ועצמות בעלי חיים.
בית המפתח. מצפון לבית הדרומי נמשכה חשיפת רצפת החצר הפנימית של בית המפתח (לוקוס 6026) על רצפת החצר נמצא גוש בזלת שטוח ששימש כנראה שולחן עבודה. סמוך לתנור שבפינה הדרומית-מערבית של החצר נמצאו כמה קנקנים מרוסקים. בפינה הדרומית-מזרחית של החצר נחשף ריכוז גדול של עצים מפוחמים וסמוך לו, ליד גוש הבזלת, נמצאו כמה סירי בישול, חוליית צינור חרס ושני שברי קלל גדולים עשויים מאבן גיר רכה. ליד פתח החצר אל החצר הקדמית (לוקוס 5024), נמצאו מסמרי ברזל רבים.
בית צוקים (לוקוס 6029). הושלמה חשיפת הרצפה. נמשכה חשיפת הסמטה שכיוונה צפון–דרום, בין הגוש של בית צוקים לשורת הבתים המערבית. החלה חשיפת מבנים בשטח המדרוני שממזרח לסמטה (איור 4).
בחפירה נאספו כ-60 מטבעות, נמצא שבר עוגן עופרת זעיר שכמותו נמצא בעונה הקודמת, שבר קערית קוסמטית מבהט ושברי כלי אבן גיר רכה האופייניים לתקופה. שני שברי הקלל הגדולים מבית המפתח נוספו לשברי קלל קטנים שנמצאו בבית זה בעונה הקודמת. כל הממצאים מתארכים היישוב לשלהי תקופת הבית השני. החפירה לוותה בשימור.